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- PDB-6zr7: X-ray structure of human Dscam Ig7-Ig9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zr7
タイトルX-ray structure of human Dscam Ig7-Ig9
要素Down syndrome cell adhesion molecule
キーワードCELL ADHESION / neuronal self-avoidance / N-glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


post-embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / camera-type eye photoreceptor cell differentiation / netrin receptor binding / retina layer formation / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / negative regulation of cell adhesion / dendrite morphogenesis / DSCAM interactions ...post-embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / camera-type eye photoreceptor cell differentiation / netrin receptor binding / retina layer formation / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / negative regulation of cell adhesion / dendrite morphogenesis / DSCAM interactions / plasma membrane => GO:0005886 / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / positive regulation of phosphorylation / synapse assembly / protein tyrosine kinase binding / locomotory behavior / axon guidance / nervous system development / growth cone / cell adhesion / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cell adhesion molecule DSCAM, metazoan / Basigin-like / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type ...Cell adhesion molecule DSCAM, metazoan / Basigin-like / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-sialyl-N-acetyllactosamine / Down syndrome cell adhesion molecule
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kozak, S. / Bento, I. / Meijers, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Homogeneously N-glycosylated proteins derived from the GlycoDelete HEK293 cell line enable diffraction-quality crystallogenesis.
著者: Kozak, S. / Bloch, Y. / De Munck, S. / Mikula, A. / Bento, I. / Savvides, S.N. / Meijers, R.
履歴
登録2020年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Down syndrome cell adhesion molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0497
ポリマ－34,2541
非ポリマー1,7956
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, size-exclusion chromatography
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area17420 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)78.599, 71.421, 92.174
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.061, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Down syndrome cell adhesion molecule / CHD2


分子量: 34254.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DSCAM / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60469

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 3'-sialyl-N-acetyllactosamine
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 168分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.72 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: Glycerol, calcium acetate, PEG 8000, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月7日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator FMB Oxford
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→84.81 Å / Num. obs: 39662 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 36.88 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.874 / Num. unique obs: 2418 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.501 / Rrim(I) all: 1.011 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4wvr

4wvr


解像度: 1.85→84.808 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.243 / WRfactor Rwork: 0.217 / SU B: 3.016 / SU ML: 0.088 / Average fsc free: 0.8942 / Average fsc work: 0.9078 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 2001 5.046 %
Rwork0.1947 37658 -
all0.196 --
obs-39659 98.782 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 56.811 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.329 Å20 Å21.17 Å2
2--0.428 Å20 Å2
3----0.069 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→84.808 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2270 0 116 166 2552
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0132461
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.851.6873351
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3211.6075313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.645294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.11722.793111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.84615396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3531513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022647
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02466
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2340
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1970.22072
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.21124
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.21206
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2480.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2070.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1220.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0420.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4825.6431174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.4835.6411173
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.2198.4371467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.2178.441468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.8446.4081287
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.8416.411288
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.8679.3431883
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.8659.3441884
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it11.966.2912458
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other11.89866.3122459
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.85-1.8980.3351530.30727530.30929810.7430.75497.48410.292
1.898-1.950.2941350.27926670.2828440.8170.83298.52320.26
1.95-2.0070.2711560.2625940.26127920.8540.86798.49570.24
2.007-2.0680.2671430.23825320.2427110.8760.88898.67210.219
2.068-2.1360.2541380.2224730.22226430.9050.91998.78930.202
2.136-2.2110.2521500.20823980.21125790.9190.92798.7980.19
2.211-2.2940.2291070.18923250.19124540.9310.94499.10350.174
2.294-2.3880.175990.19222360.19223550.9460.94199.15070.179
2.388-2.4940.2491260.2121380.21322830.9120.92399.16780.199
2.494-2.6160.271080.20620500.2121770.9170.93199.12720.197
2.616-2.7570.2681190.20719250.21120630.910.92999.0790.206
2.757-2.9240.254910.21618690.21819860.9150.92798.69080.218
2.924-3.1260.263880.19817500.20118490.9150.9499.40510.205
3.126-3.3760.246700.21716140.21817090.9160.92598.53720.229
3.376-3.6970.242940.19914900.20215970.9220.9499.1860.219
3.697-4.1330.201650.16913660.1714410.9460.95899.3060.193
4.133-4.770.144470.13312110.13412720.9760.97798.89940.161
4.77-5.8380.169510.14710160.14810770.970.97699.07150.18
5.838-8.2360.258390.1977970.28470.9430.9598.70130.238
8.236-84.8080.208220.2584540.2564880.9320.92997.5410.635

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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