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- PDB-6u7n: Crystal structure of neurotrimin (NTM) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u7n
タイトルCrystal structure of neurotrimin (NTM)
要素Neurotrimin
キーワードCELL ADHESION / synaptic organizer / IgLON / Ig domain-containing
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron recognition / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell adhesion / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin ...: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.321 Å
データ登録者Machius, M. / Venkannagari, H. / Misra, A. / Rudenko, G. / Rush, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R01MH077303 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Highly Conserved Molecular Features in IgLONs Contrast Their Distinct Structural and Biological Outcomes.
著者: Venkannagari, H. / Kasper, J.M. / Misra, A. / Rush, S.A. / Fan, S. / Lee, H. / Sun, H. / Seshadrinathan, S. / Machius, M. / Hommel, J.D. / Rudenko, G.
履歴
登録2019年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurotrimin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,23614
ポリマ－34,8121
非ポリマー1,42413
水00
1
A: Neurotrimin
ヘテロ分子

A: Neurotrimin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,47228
ポリマ－69,6252
非ポリマー2,84726
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_545-x,-y-1,z1
Buried area7250 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area30230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.049, 106.049, 227.819
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Neurotrimin / hNT / IgLON family member 2


分子量: 34812.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTM, IGLON2, NT, UNQ297/PRO337 / プラスミド: pFastbac
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q9P121
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Protein: 5.4 mg/ml NTM in 10 mM HEPES, pH 8.0, 150 mM sodium chloride Reservoir Solution: 2.5 M NaCl, 100 mM sodium acetate pH 4.5, 200 mM lithium sulfate Crystallization Drop: 2 micro-Liters ...詳細: Protein: 5.4 mg/ml NTM in 10 mM HEPES, pH 8.0, 150 mM sodium chloride Reservoir Solution: 2.5 M NaCl, 100 mM sodium acetate pH 4.5, 200 mM lithium sulfate Crystallization Drop: 2 micro-Liters NTM + 2 micro-Liters Reservoir Solution Single crystals grew to a size of ~250 x 150 micro-meters within 7-10 days. Crystals harvested from the crystallization drops were cryo-protected in reservoir solution containing 20% (v/v) ethylene glycol and then flash cooled by plunging into liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.32→46.431 Å / Num. obs: 18288 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 0.845 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.32-3.383.61.3288170.4670.7761.5451.07993.4
3.38-3.444.11.0898920.6450.6021.2481.06997.2
3.44-3.54.40.9259070.7540.4971.0530.98699.6
3.5-3.584.60.7289360.8150.3790.8230.99799.9
3.58-3.654.70.6299090.8430.3240.7090.989100
3.65-3.744.70.4339320.9120.2250.4890.957100
3.74-3.834.70.39150.9520.1560.3390.857100
3.83-3.944.60.2459120.9690.1280.2770.869100
3.94-4.054.70.1689260.9750.0870.1890.759100
4.05-4.184.70.139150.9770.0680.1470.723100
4.18-4.334.70.0969060.9860.0490.1080.749100
4.33-4.514.70.0759360.9890.0390.0850.708100
4.51-4.714.70.0559290.990.0280.0620.628100
4.71-4.964.70.0519030.9890.0260.0580.713100
4.96-5.274.60.059240.9880.0260.0570.728100
5.27-5.684.60.0539260.9810.0280.060.896100
5.68-6.254.60.0559310.9810.0290.0620.9799.8
6.25-7.154.60.059200.9810.0260.0570.99999.9
7.15-9.014.50.0359160.9920.0180.0390.7999.9
9.01-1004.60.039360.9770.0150.0340.56498.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UV6

5uv6


解像度: 3.321→46.43 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2501 504 3.31 %
Rwork0.2291 --
obs0.2298 15249 82.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 234.26 Å2 / Biso mean: 79.78 Å2 / Biso min: 27.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.321→46.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2017 0 165 0 2182
Biso mean--96.18 --
残基数----256
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.321-3.65460.2563540.2726159536
3.6546-4.18320.24981460.2363416794
4.1832-5.26920.22421510.20264481100
5.2692-46.430.27281530.23894502100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.2396 Å / Origin y: -38.7208 Å / Origin z: 4.6635 Å
111213212223313233
T0.4394 Å2-0.016 Å20.084 Å2-0.3001 Å20.0303 Å2--0.3636 Å2
L0.0064 °20.008 °20.2588 °2-1.3496 °2-1.7575 °2--2.1919 °2
S0.2008 Å °0.0871 Å °-0.1552 Å °-0.0934 Å °-0.141 Å °0.057 Å °0.0297 Å °0.3611 Å °0.0228 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA43 - 311
2X-RAY DIFFRACTION1allA401 - 708

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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