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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e9l
タイトルFdeC, a Novel Broadly Conserved Escherichia coli Adhesin Eliciting Protection against Urinary Tract Infections
要素Attaching and effacing protein, pathogenesis factor
キーワードCELL ADHESION / invasin-like / bacterial immunoglobulin / pathogenic / vaccine
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Invasin, domain 3 / Invasin, domain 3 / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / : / Inverse autotransporter, beta-domain / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain ...Invasin, domain 3 / Invasin, domain 3 / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / : / Inverse autotransporter, beta-domain / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain profile. / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Attaching and effacing protein, pathogenesis factor EaeH / Attaching and effacing protein, pathogenesis factor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Spraggon, G. / Nesta, B. / Alteri, C. / Gomes Moriel, D. / Rosini, R. / Veggi, D. / Smith, S. / Bertoldi, I. / Pastorello, I. / Ferlenghi, I. ...Spraggon, G. / Nesta, B. / Alteri, C. / Gomes Moriel, D. / Rosini, R. / Veggi, D. / Smith, S. / Bertoldi, I. / Pastorello, I. / Ferlenghi, I. / Fontana, M.R. / Frankel, G. / Mobley, H.L.T. / Rappuoli, R. / Pizza, M. / Serino, L. / Soriana, M.
引用ジャーナル: MBio / 年: 2012
タイトル: FdeC, a novel broadly conserved Escherichia coli adhesin eliciting protection against urinary tract infections.
著者: Nesta, B. / Spraggon, G. / Alteri, C. / Moriel, D.G. / Rosini, R. / Veggi, D. / Smith, S. / Bertoldi, I. / Pastorello, I. / Ferlenghi, I. / Fontana, M.R. / Frankel, G. / Mobley, H.L. / ...著者: Nesta, B. / Spraggon, G. / Alteri, C. / Moriel, D.G. / Rosini, R. / Veggi, D. / Smith, S. / Bertoldi, I. / Pastorello, I. / Ferlenghi, I. / Fontana, M.R. / Frankel, G. / Mobley, H.L. / Rappuoli, R. / Pizza, M. / Serino, L. / Soriani, M.
履歴
登録2012年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2012年8月8日ID: 3TKV
改定 1.12012年8月8日Group: Database references
改定 1.22013年1月16日Group: Database references
改定 1.32013年7月10日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Attaching and effacing protein, pathogenesis factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6241
ポリマ－42,6241
非ポリマー00
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Attaching and effacing protein, pathogenesis factor

A: Attaching and effacing protein, pathogenesis factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2482
ポリマ－85,2482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_855-x+3,-y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area28700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.630, 150.930, 47.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Attaching and effacing protein, pathogenesis factor


分子量: 42623.848 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 595-1008 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: UTI89 / UPEC / 遺伝子: eaeH, UTI89_C0321 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1RFP2, UniProt: A0A0H2YWG9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 20% PEG-6000, 0.1M Bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 24734 / Num. obs: 24734 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 23.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 23.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.11.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entries 1CWV, 1F00

1cwv

1f00


解像度: 1.9→47.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9489 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9472 / SU R Cruickshank DPI: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 1265 5.13 %RANDOM
Rwork0.1782 ---
obs0.1794 24678 94.61 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.599 Å20 Å20 Å2
2---0.5994 Å20 Å2
3---1.1984 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.199 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2190 0 0 319 2509
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012246HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.173082HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d725SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes53HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes340HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2246HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.53
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.1
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion326SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2661SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 100 5.1 %
Rwork0.248 1860 -
all0.2486 1960 -
obs--94.61 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 61.6151 Å / Origin y: 23.4539 Å / Origin z: 36.0183 Å
111213212223313233
T0.0176 Å20.013 Å2-0.0043 Å2--0.0398 Å20.0049 Å2--0.0161 Å2
L0.3258 °2-0.5732 °20.2492 °2-0.8076 °2-0.3265 °2--0.101 °2
S-0.0438 Å °-0.024 Å °0.0276 Å °0.0583 Å °0.0134 Å °-0.0516 Å °-0.0002 Å °-0.0328 Å °0.0304 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|678 - A|991 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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