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万見
- PDB-6zq7: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Glycerol Kinase in I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zq7
タイトルCrystal structure of Chaetomium thermophilum Glycerol Kinase in I222 space group
要素Glycerol kinase-like protein
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Glycerol / Metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol kinase / glycerol-3-phosphate biosynthetic process / glycerol kinase activity / glycerol catabolic process / triglyceride metabolic process / phosphorylation / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / Glycerol kinase / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.421 Å
データ登録者Wilk, P. / Wator, E. / Grudnik, P.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号国
Polish National Science CentreUMO-2015/19/D/NZ1/02009 ポーランド
Foundation for Polish ScienceTEAM TECH CORE FACILITY/2017-4/6 ポーランド
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Structural Characterization of Glycerol Kinase from the Thermophilic Fungus Chaetomium thermophilum .
著者: Wilk, P. / Kuska, K. / Wator, E. / Malecki, P.H. / Wos, K. / Tokarz, P. / Dubin, G. / Grudnik, P.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerol kinase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2213
ポリマ－57,0671
非ポリマー1542
水1,31573
1
A: Glycerol kinase-like protein
ヘテロ分子

A: Glycerol kinase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,4436
ポリマ－114,1352
非ポリマー3084
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area37740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.600, 89.437, 131.285
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Glycerol kinase-like protein


分子量: 57067.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: CTHT_0042250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SAG9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.125-0.3 M CaCl2; 16-19% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→45.432 Å / Num. obs: 38252 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.012 % / Biso Wilson estimate: 78.294 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 0.747 / Net I/σ(I): 12.02 / Num. measured all: 268223
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.42-2.577.1071.331.1243133620060690.7241.43497.9
2.57-2.747.2810.7282.2142551584758440.8930.78499.9
2.74-2.967.0830.4643.6338355542154150.950.50199.9
2.96-3.246.7660.2366.933814500749980.9880.25599.8
3.24-3.627.280.11514.1132934452645240.9970.124100
3.62-4.186.8850.07721.8827415398939820.9980.08499.8
4.18-5.116.5320.06128.6521817335433400.9970.06699.6
5.11-7.187.0450.05732.0618339260626030.9980.06199.9
7.18-45.4326.6790.04137.739865149114770.9990.04499.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.16精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2d4w

2d4w


解像度: 2.421→45.432 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2513 1008 5.01 %
Rwork0.1864 19124 -
obs0.1897 20132 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 206.71 Å2 / Biso mean: 92.8533 Å2 / Biso min: 42.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.421→45.432 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3888 0 10 73 3971
Biso mean--78.53 83.77 -
残基数----509
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.421-2.54860.34821390.3128263598
2.5486-2.70820.391420.26922697100
2.7082-2.91730.31631430.23892726100
2.9173-3.21080.26741430.19822707100
3.2108-3.67520.26221450.18592737100
3.6752-4.62970.22281440.16452743100
4.6297-45.4320.23351520.17322879100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05570.1510.03121.30960.1208-0.1045-0.060.3454-0.3261-0.11270.293-0.4072-0.01630.06620.00270.4847-0.04150.05170.6303-0.11820.70427.14711.204917.486
21.6260.5740.32672.17360.25860.5018-0.41220.22310.1295-0.12030.41120.0956-0.49930.31130.01270.7493-0.2053-0.0480.65930.02060.593930.911428.265318.2241
31.2680.63510.45470.5490.67880.0105-0.1140.1076-0.1228-0.12960.2603-0.0644-0.07590.13860.0030.5443-0.10720.00690.576-0.0530.52218.73944.861615.1069
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 490 through 582 )A490 - 582
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 65 through 337 )A65 - 337
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 338 through 489 )A338 - 489

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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