PDB-6zq0: Structure of a-l-AraAZI-Bound MgGH51 a-L-Arabinofuranosidase Crys...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zq0

タイトル

Structure of a-l-AraAZI-Bound MgGH51 a-L-Arabinofuranosidase Crystal Type 1

要素

MgGH51

キーワード

HYDROLASE / arabinofuranosidse / glycosidase / GH51 / cyclohellitol

機能・相同性

Chem-LXE

機能・相同性情報

生物種

Meripilus giganteus (トンビマイタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

McGregor, N.G.S. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structure of a GH51 alpha-L-arabinofuranosidase from Meripilus giganteus: conserved substrate recognition from bacteria to fungi.
著者: McGregor, N.G.S. / Turkenburg, J.P. / Morkeberg Krogh, K.B.R. / Nielsen, J.E. / Artola, M. / Stubbs, K.A. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.

履歴

登録	2020年7月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zq0.cif.gz	265.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zq0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zq0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zq0_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zq0_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6zq0_validation.xml.gz	29.4 KB	表示
CIF形式データ	6zq0_validation.cif.gz	46.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/6zq0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/6zq0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zpsSC 6zpvC 6zpwC 6zpxC 6zpyC 6zpzC 6zq1C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zpw-d 6zpx-d 3n95-6 2789 3n93-4 7csr-1 6saz-1 4fmb-2 3n95-7 6zpy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: MgGH51

ヘテロ分子

69.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.050, 65.460, 191.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	MgGH51 分子量: 67687.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Meripilus giganteus (トンビマイタケ) 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 650分子

#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-LXE / [(1~{S},2~{S},3~{S},4~{S})-2-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)cyclopentyl]azanium 分子量: 148.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10 mg/mL MgGH51 in 10 mM NaOAc, pH 5.5, 100 mM NaCl mixed 2:1 with 20% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris-HCl, pH 6.5, 0.2 M NaNO3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9119 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9119 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→61.95 Å / Num. obs: 110936 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 18.2 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 5472 / CC_1/2: 0.505 / R_pim(I) all: 0.731 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZPS

6zps

解像度: 1.54→61.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 2.02 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2058	5515	4.976 %
R_work	0.1786	105323	-
all	0.18	-	-
obs	-	110838	99.942 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.586 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.685 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.031 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.346 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→61.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4760	0	134	648	5542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	5115
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4409
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.756	1.683	7044
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.528	1.593	10268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.548	5	649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.883	23.305	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.226	15	679
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.806	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	725
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	5834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	4412
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2601
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	2274
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	565
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.11	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.139	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.262	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.416	1.98	2545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.416	1.98	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.892	2.97	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.892	2.971	3191
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.126	2.155	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.126	2.155	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.978	3.179	3847
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.978	3.179	3848
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.998	25.096	6048
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.812	24.479	5859

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.54-1.58	0.314	385	0.321	7706	X-RAY DIFFRACTION	99.8519
1.58-1.623	0.309	382	0.301	7514	X-RAY DIFFRACTION	99.9747
1.623-1.67	0.275	379	0.267	7324	X-RAY DIFFRACTION	99.987
1.67-1.722	0.26	391	0.237	7069	X-RAY DIFFRACTION	100
1.722-1.778	0.242	361	0.219	6886	X-RAY DIFFRACTION	99.9586
1.778-1.841	0.235	346	0.202	6681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.841-1.91	0.249	336	0.196	6441	X-RAY DIFFRACTION	99.9705
1.91-1.988	0.219	336	0.183	6211	X-RAY DIFFRACTION	100
1.988-2.076	0.198	313	0.177	5920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.076-2.178	0.21	301	0.166	5734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.178-2.296	0.201	279	0.159	5405	X-RAY DIFFRACTION	99.9824
2.296-2.435	0.178	265	0.145	5189	X-RAY DIFFRACTION	100
2.435-2.603	0.188	258	0.143	4850	X-RAY DIFFRACTION	99.9804
2.603-2.811	0.171	238	0.144	4536	X-RAY DIFFRACTION	99.9791
2.811-3.08	0.197	221	0.162	4179	X-RAY DIFFRACTION	99.9773
3.08-3.443	0.203	192	0.192	3816	X-RAY DIFFRACTION	100
3.443-3.975	0.188	197	0.178	3358	X-RAY DIFFRACTION	99.9719
3.975-4.868	0.155	165	0.133	2879	X-RAY DIFFRACTION	99.9672
4.868-6.883	0.185	105	0.163	2285	X-RAY DIFFRACTION	99.9164
6.883-62.029	0.292	65	0.201	1340	X-RAY DIFFRACTION	99.4338

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