PDB-6zpv: Structure of Unliganded MgGH51 a-L-Arabinofuranosidase Crystal Type 3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zpv

タイトル

Structure of Unliganded MgGH51 a-L-Arabinofuranosidase Crystal Type 3

要素

MgGH51

キーワード

HYDROLASE / arabinofuranosidse / glycosidase / GH51

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Meripilus giganteus (トンビマイタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

McGregor, N.G.S. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structure of a GH51 alpha-L-arabinofuranosidase from Meripilus giganteus: conserved substrate recognition from bacteria to fungi.
著者: McGregor, N.G.S. / Turkenburg, J.P. / Morkeberg Krogh, K.B.R. / Nielsen, J.E. / Artola, M. / Stubbs, K.A. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.

履歴

登録	2020年7月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zpv.cif.gz	493.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zpv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zpv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zpv_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zpv_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	6zpv_validation.xml.gz	37.2 KB	表示
CIF形式データ	6zpv_validation.cif.gz	60.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/6zpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/6zpv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zpsSC 6zpwC 6zpxC 6zpyC 6zpzC 6zq0C 6zq1C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zq1-d 6zps-d 5v6y-4 1gwb-d 5v6y-2 6d1u-2 6zpy-d 4xyx-d 6uc6-2 3hvd-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: MgGH51

ヘテロ分子

71.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.953, 83.953, 256.589
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-801- HOH
2	1	AAA-1000- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	MgGH51 分子量: 67687.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Meripilus giganteus (トンビマイタケ) 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 1097分子

#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1082 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10 mg/mL MgGH51 in 10 mM NaOAc pH 5.5, 100 mM NaCl mixed 2:1 with 1.8 M (NH4)2SO4, 0.1 M NaOAc, pH 5-6, 35% glycerol PH範囲: 5-6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: Cooled by conduction through pin / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 1.3775 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3775 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→85.53 Å / Num. obs: 285059 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 33 % / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.011 / Net I/σ(I): 27.2
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 25.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 13929 / CC_1/2: 0.421 / R_pim(I) all: 0.43 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZPS

6zps

解像度: 1.2→79.918 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 0.892 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.027 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.144	14149	4.967 %
R_work	0.1199	270712	-
all	0.121	-	-
obs	-	284861	99.971 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.167 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.167 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.334 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→79.918 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4788	0	264	1082	6134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.013	5342
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	4582
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.073	1.699	7372
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.647	1.605	10705
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.057	5	667
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.969	23.105	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.45	15	713
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.656	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	5971
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	4310
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	2279
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	695
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.319	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.174	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.035	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.159	1.353	2573
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.153	1.351	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.327	2.041	3225
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.327	2.041	3226
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.656	1.631	2769
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.655	1.632	2770
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.425	2.389	4131
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.425	2.389	4132
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.806	19.451	6287
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.681	19.11	6232
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.532	3	9924

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.231	0.247	1063	0.227	19716	X-RAY DIFFRACTION	99.9567
1.231-1.265	0.228	1021	0.208	19281	X-RAY DIFFRACTION	99.9902
1.265-1.302	0.207	958	0.186	18806	X-RAY DIFFRACTION	100
1.302-1.342	0.186	990	0.166	18249	X-RAY DIFFRACTION	100
1.342-1.386	0.174	896	0.141	17723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.386-1.434	0.155	927	0.122	17142	X-RAY DIFFRACTION	100
1.434-1.488	0.14	875	0.109	16538	X-RAY DIFFRACTION	100
1.488-1.549	0.127	820	0.09	15966	X-RAY DIFFRACTION	99.994
1.549-1.618	0.115	795	0.082	15350	X-RAY DIFFRACTION	100
1.618-1.697	0.111	780	0.075	14658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.697-1.789	0.11	691	0.075	14029	X-RAY DIFFRACTION	100
1.789-1.897	0.114	686	0.08	13228	X-RAY DIFFRACTION	100
1.897-2.028	0.121	631	0.093	12484	X-RAY DIFFRACTION	99.9924
2.028-2.191	0.123	657	0.098	11620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.191-2.4	0.123	541	0.098	10791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.683	0.133	496	0.109	9788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-3.098	0.151	444	0.125	8690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.098-3.794	0.149	396	0.139	7395	X-RAY DIFFRACTION	100
3.794-5.365	0.137	311	0.124	5834	X-RAY DIFFRACTION	100
5.365-79.918	0.226	172	0.207	3424	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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