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- PDB-6zpm: Crystal structure of the unconventional kinetochore protein Trypa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zpm
タイトルCrystal structure of the unconventional kinetochore protein Trypanosoma cruzi KKT4 coiled coil domain
要素Trypanosoma cruzi KKT4 117-218
キーワードCELL CYCLE / KKT4 / kinetochore / kinetoplastids / microtubules
機能・相同性BRCT domain superfamily / THREONINE / Putative kinetoplastid kinetochore protein 4
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ludzia, P. / Lowe, D.E. / Marciano, G. / Mohammed, S. / Redfield, C. / Akiyoshi, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust210622/Z/18/Z 英国
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of KKT4, an unconventional microtubule-binding kinetochore protein.
著者: Ludzia, P. / Lowe, E.D. / Marciano, G. / Mohammed, S. / Redfield, C. / Akiyoshi, B.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Structural characterisation of KKT4, an unconventional microtubule-binding kinetochore protein
著者: Ludzia, P. / Lowe, E. / Marciano, G. / Mohammed, S. / Redfield, C. / Akiyoshi, B.
履歴
登録2020年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group
Item: _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y ..._pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.selection_details
改定 1.22021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypanosoma cruzi KKT4 117-218
B: Trypanosoma cruzi KKT4 117-218
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9933
ポリマ－24,8742
非ポリマー1191
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area14970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.620, 25.310, 136.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 116 through 191 or resid 193...
21(chain B and ((resid 0 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 116 through 191 or resid 193...A116 - 191
121(chain A and (resid 116 through 191 or resid 193...A193
131(chain A and (resid 116 through 191 or resid 193...A195 - 205
141(chain A and (resid 116 through 191 or resid 193...A207 - 215
211(chain B and ((resid 0 and (name N or name...B0
221(chain B and ((resid 0 and (name N or name...B116 - 215
231(chain B and ((resid 0 and (name N or name...B116 - 215
241(chain B and ((resid 0 and (name N or name...B116 - 215
251(chain B and ((resid 0 and (name N or name...B116 - 215

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要素

#1: タンパク質 Trypanosoma cruzi KKT4 117-218


分子量: 12437.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal residue Gly is not visible in the electron density.
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: C3747_122g72 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2V2WCI2
#2: 化合物 ChemComp-THR / THREONINE / トレオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: HEPES, sodium chloride, MOPSO, Bis-Tris, DL-Arginine hydrochloride, DL- Threonine, DL-Histidine monohydrochloride monohydrate, DL-5-Hydroxylysine hydrochloride, trans-4-hydroxy-L-proline, PEG ...詳細: HEPES, sodium chloride, MOPSO, Bis-Tris, DL-Arginine hydrochloride, DL- Threonine, DL-Histidine monohydrochloride monohydrate, DL-5-Hydroxylysine hydrochloride, trans-4-hydroxy-L-proline, PEG 8000, 1,5- Pentanediol, TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→67.96 Å / Num. obs: 16787 / % possible obs: 90.36 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 1.9→3.88 Å / Num. unique obs: 1452 / CC1/2: 0.274

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Arcimboldo位相決定
BUCCANEERモデル構築
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.9→67.96 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 26.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2583 1678 10 %
Rwork0.2412 15109 -
obs0.2429 16787 90.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.44 Å2 / Biso mean: 37.1107 Å2 / Biso min: 8.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→67.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1640 0 17 184 1841
Biso mean--54.85 37.97 -
残基数----203
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A797X-RAY DIFFRACTION13.226TORSIONAL
12B797X-RAY DIFFRACTION13.226TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.960.4675270.337523326017
1.96-2.020.321010.2923915101668
2.02-2.090.28061550.280114171572100
2.09-2.180.24471500.244313361486100
2.18-2.280.24791520.232113691521100
2.28-2.40.27291570.240813821539100
2.4-2.550.25341540.252213971551100
2.55-2.740.26011550.251413911546100
2.74-3.020.25271530.247613861539100
3.02-3.460.2281560.222314011557100
3.46-4.350.2351500.219514351585100
4.36-67.960.29121680.25151447161598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2041-0.15071.3715-0.9235-0.72736.1384-0.21660.02960.07230.21950.0093-0.1026-0.830.14210.18210.96310.0417-0.20020.2597-0.04350.200723.46512.013118.941
20.30740.35021.4053-0.68041.15647.54210.1624-0.0182-0.00970.24660.0634-0.09650.6576-0.064-0.21420.76280.1352-0.07560.19120.00290.186224.5717.347123.456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 116:218 )A116 - 218
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 116:215 )B116 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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