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- PDB-6zoo: Photosystem I reduced Plastocyanin Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zoo
タイトルPhotosystem I reduced Plastocyanin Complex
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein ...) x 3
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 5
  • Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • Photosystem I iron-sulfur center
  • Plastocyanin, chloroplastic
  • PsaD
  • PsaL domain-containing protein
  • Putative uncharacterized protein
  • photosystem I reaction center
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


response to low light intensity stimulus / : / plastoglobule / response to high light intensity / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / thylakoid / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / chloroplast envelope ...response to low light intensity stimulus / : / plastoglobule / response to high light intensity / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / thylakoid / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / chloroplast envelope / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / response to cold / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein domain specific binding / copper ion binding / mRNA binding / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction center subunit V / Plastocyanin / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic ...Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction center subunit V / Plastocyanin / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Cupredoxin / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / COPPER (II) ION / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT ...1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / COPPER (II) ION / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-XAT / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / PSI-K / Photosystem I iron-sulfur center / Plastocyanin, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VIII / Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Nelson, N. / Caspy, I. / Shkolnisky, Y.
資金援助 イスラエル, ベルギー, 4件
組織認可番号国
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
Israel Science Foundation2716/17 イスラエル
German-Israeli Foundation for Research and DevelopmentG-1483-207/2018 イスラエル
European Research Council (ERC)723991 ベルギー
引用ジャーナル: Biochem J / 年: 2021
タイトル: Structure of plant photosystem I-plastocyanin complex reveals strong hydrophobic interactions.
著者: Ido Caspy / Mariia Fadeeva / Sebastian Kuhlgert / Anna Borovikova-Sheinker / Daniel Klaiman / Gal Masrati / Friedel Drepper / Nir Ben-Tal / Michael Hippler / Nathan Nelson /
要旨: Photosystem I is defined as plastocyanin-ferredoxin oxidoreductase. Taking advantage of genetic engineering, kinetic analyses and cryo-EM, our data provide novel mechanistic insights into binding and ...Photosystem I is defined as plastocyanin-ferredoxin oxidoreductase. Taking advantage of genetic engineering, kinetic analyses and cryo-EM, our data provide novel mechanistic insights into binding and electron transfer between PSI and Pc. Structural data at 2.74 Å resolution reveals strong hydrophobic interactions in the plant PSI-Pc ternary complex, leading to exclusion of water molecules from PsaA-PsaB/Pc interface once the PSI-Pc complex forms. Upon oxidation of Pc, a slight tilt of bound oxidized Pc allows water molecules to accommodate the space between Pc and PSI to drive Pc dissociation. Such a scenario is consistent with the six times larger dissociation constant of oxidized as compared with reduced Pc and mechanistically explains how this molecular machine optimized electron transfer for fast turnover.
履歴
登録2020年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月16日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月16日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月16日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月16日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月16日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月16日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年7月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / em_entity_assembly / em_software / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine_ls_restr / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
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解説: Sequence discrepancy / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年4月9日Data content type: EM metadata
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Data processing / Database references ...Data processing / Database references / Experimental summary / Refinement description
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
カテゴリ: database_2 / em_3d_fitting_list ...database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11326
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: PsaD
E: Putative uncharacterized protein
F: Photosystem I reaction center subunit III
G: photosystem I reaction center
H: Photosystem I reaction center subunit VI,Photosystem I reaction center subunit VI
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit X psaK
L: PsaL domain-containing protein
1: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic
2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
P: Plastocyanin, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)563,159260
ポリマ－369,18417
非ポリマー193,975243
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 82717.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0F6NFW5, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 82381.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0F6NGI2, photosystem I

-
タンパク質 , 7種, 7分子 CDEGL2P

#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8860.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P10793, photosystem I
#4: タンパク質 PsaD


分子量: 16041.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9K8
#5: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 7479.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9K6
#7: タンパク質 photosystem I reaction center


分子量: 10678.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL13
#12: タンパク質 PsaL domain-containing protein


分子量: 16863.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ)
#14: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 22845.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q41038
#17: タンパク質 Plastocyanin, chloroplastic


分子量: 10353.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P16002

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 5種, 5分子 FHIJK

#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III


分子量: 17137.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL12
#8: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VI,Photosystem I reaction center subunit VI


分子量: 10043.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ)
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-I


分子量: 3409.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P17227
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4767.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: D5MAL3
#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit X psaK


分子量: 8135.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9L3

-
Chlorophyll a-b binding protein ... , 3種, 3分子 134

#13: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic / LHCI-730 / LHCII type III CAB-6 / Light-harvesting complex protein Lhca1


分子量: 21335.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q01667
#15: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / LHCII type III CAB-3


分子量: 24139.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q32904
#16: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic / LHCI type III CAB-P4


分子量: 21994.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q9SQL2

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糖 , 2種, 13分子

#24: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#27: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

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非ポリマー , 14種, 232分子

#18: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#19: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#20: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#21: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#22: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#23: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#25: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#26: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#28: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#29: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#30: 化合物 ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#31: 化合物 ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#32: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#33: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Photosystem I plastocyanin complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1, #10-#11, #13-#14, #16-#17, #2-#7, #9 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.65 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
緩衝液pH: 7 / 詳細: 20mM Mes-Tris, 10mM sodium ascorbate
試料濃度: 2.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm / Calibrated defocus min: 300 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1500 nm / C2レンズ絞り径: 20 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2.49 sec. / 電子線照射量: 40.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 6129

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2.7画像取得
7PHENIX1.18.2モデルフィッティング
9RELION3.0.7初期オイラー角割当
10RELION3.0.7最終オイラー角割当
11RELION3.0.7分類
12RELION3.0.7３次元再構成
13PHENIX1.18.2モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 359977
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104127 / クラス平均像の数: 4 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 38.8 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6YEZ

6yez


Accession code: 6YEZ / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 53.84 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00640628
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.86457298
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d24.19516679
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.15092
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0097314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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