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万見
- PDB-6zm2: Crystal structure of the DEAH-box ATPase Prp2 in complex with ADP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zm2
タイトルCrystal structure of the DEAH-box ATPase Prp2 in complex with ADP-BeF3 and ssRNA
要素
  • Putative mRNA splicing factor
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードHYDROLASE / Prp2 / DEAH-box / spliceosome / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic step 2 spliceosome / RNA splicing / helicase activity / mRNA processing / hydrolase activity / RNA helicase / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain ...G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / RNA-binding domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / HEXANE-1,6-DIOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / S-1,2-PROPANEDIOL / N-PROPANOL / RNA / RNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hamann, F. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: The structure of Prp2 bound to RNA and ADP-BeF 3 - reveals structural features important for RNA unwinding by DEAH-box ATPases.
著者: Hamann, F. / Zimmerningkat, L.C. / Becker, R.A. / Garbers, T.B. / Neumann, P. / Hub, J.S. / Ficner, R.
履歴
登録2020年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative mRNA splicing factor
B: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,72530
ポリマ－73,1012
非ポリマー2,62428
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9310 Å2
ΔGint38 kcal/mol
Surface area25400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.660, 100.410, 140.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative mRNA splicing factor


分子量: 70696.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0063660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SEG4
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 2404.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 12種, 225分子

#3: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS


分子量: 209.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#11: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#12: 化合物
ChemComp-POL / N-PROPANOL / 1-PROPONOL / プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#13: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.99 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM MOPS Na-HEPES, 8% PEG20000, 22% PEGMME 550, 20mM 1,6-hexanediol, 20mM 1-butanol, 20mM 1,2-propanediol, 20mM 2-propanol, 20mM 1,4-butandiol, 20mM 1,3-propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→81.78 Å / Num. obs: 41019 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.677 % / Biso Wilson estimate: 42.296 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rrim(I) all: 0.131 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 14.88 / Num. measured all: 561018 / Scaling rejects: 28
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.213.9011.2792.2172672528052280.8131.32699
2.2-2.314.0210.9273.1161201439543650.8970.96199.3
2.3-2.4513.9490.6724.2974207535253200.9360.69799.4
2.45-2.613.7430.4735.9857267418341670.9630.49199.6
2.6-2.813.6740.338.258677430642910.9820.34399.7
2.8-313.5440.22911.2743680323932250.9910.23899.6
3-413.6020.09522.87111390820481890.9990.09999.8
4-513.3720.05240.9639729297129710.9990.054100
5-613.0370.05538.7217365134013320.9990.05799.4
6-1013.2910.03851.34197501486148610.04100
10-2011.8050.02867.26454538638510.02999.7
20-509.2810.02959.35529625710.0391.9
50-81.7823.7060.9164315.24275

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6fac

6fac


解像度: 2.1→81.78 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2331 2048 5 %
Rwork0.1852 38952 -
obs0.1875 41000 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.1 Å2 / Biso mean: 45.9937 Å2 / Biso min: 21.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→81.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4840 136 168 200 5344
Biso mean--63.42 48.57 -
残基数----635
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.150.2791330.2572524265799
2.15-2.20.27961330.24612535266899
2.2-2.260.25861330.23342545267899
2.26-2.330.27451370.22112595273299
2.33-2.40.27041330.20892536266999
2.4-2.490.2661350.211225602695100
2.49-2.590.22891350.20322566270199
2.59-2.710.23321370.189926032740100
2.71-2.850.21431360.18825812717100
2.85-3.030.20751360.18052587272399
3.03-3.260.25791380.184226072745100
3.26-3.590.20611360.177125992735100
3.59-4.110.20791400.158426452785100
4.11-5.180.20661400.155326662806100
5.18-81.780.27371460.19682803294999
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.3273 Å / Origin y: 11.5924 Å / Origin z: -32.1584 Å
111213212223313233
T0.2415 Å20.0144 Å2-0.0145 Å2-0.2133 Å2-0.0201 Å2--0.2602 Å2
L0.5962 °2-0.0484 °20.2655 °2-0.5232 °2-0.5684 °2--1.2573 °2
S-0.0115 Å °-0.0322 Å °0.0718 Å °0.0422 Å °-0.0282 Å °-0.0448 Å °-0.0603 Å °0.0539 Å °0.0431 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA289 - 918
2X-RAY DIFFRACTION1allA1101
3X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 9
4X-RAY DIFFRACTION1allC1
5X-RAY DIFFRACTION1allE1
6X-RAY DIFFRACTION1allF2 - 223
7X-RAY DIFFRACTION1allG2 - 6
8X-RAY DIFFRACTION1allH1
9X-RAY DIFFRACTION1allI1 - 2
10X-RAY DIFFRACTION1allJ2
11X-RAY DIFFRACTION1allK1001 - 1701
12X-RAY DIFFRACTION1allL1101
13X-RAY DIFFRACTION1allM1301 - 2005
14X-RAY DIFFRACTION1allN1801 - 2202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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