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Yorodumi- PDB-4wl8: Crystal Structure of Mtb PEPCK in complex with non-hydrolyzable a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wl8 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Mtb PEPCK in complex with non-hydrolyzable analog of GTP | ||||||
Components | Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP] | ||||||
Keywords | LYASE / TRANSFERASE / GTP-dependent PEPCK / P-loop / R-loop / omega-loop / Rate-limiting gluconeogenic enzyme / kinase / phosphoryl transfer / metal binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information glycerol biosynthetic process from pyruvate / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / propionate catabolic process / response to starvation / cellular response to dexamethasone stimulus / gluconeogenesis / cellular response to glucose stimulus / cellular response to insulin stimulus / manganese ion binding ...glycerol biosynthetic process from pyruvate / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / propionate catabolic process / response to starvation / cellular response to dexamethasone stimulus / gluconeogenesis / cellular response to glucose stimulus / cellular response to insulin stimulus / manganese ion binding / GTP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.61 Å | ||||||
Authors | Kim, H.L. / Sacchettini, J.C. | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of Mtb PEPCK in complex with non-hydrolyzable analog of GTP Authors: Kim, H.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4wl8.cif.gz | 159.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4wl8.ent.gz | 118.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4wl8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/4wl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/4wl8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4wieS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 69046.734 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Strain: ATCC 25177 / H37Ra / Gene: pckG, MRA_0219 / Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A5TYT6, phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) |
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#2: Chemical | ChemComp-GNP / |
#3: Chemical | ChemComp-GOL / |
#4: Chemical | ChemComp-MN / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 10% (w/v) PEG 3350, 0.2 M KH2PO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 120 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.0076 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 22, 2012 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0076 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.61→50 Å / Num. all: 92621 / Num. obs: 92621 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Χ2: 3.032 / Net I/av σ(I): 20.966 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 368099 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 4WIE Resolution: 1.61→38.204 Å / FOM work R set: 0.8919 / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 18.34 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 77.03 Å2 / Biso mean: 23.62 Å2 / Biso min: 10.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.61→38.204 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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