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- PDB-2qf1: Rat cytosolic PEPCK in complex with oxaloacetic acid. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qf1
タイトルRat cytosolic PEPCK in complex with oxaloacetic acid.
要素Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
キーワードLYASE / phosphoenolpyruvate carboxykinase / kinase / OAA / gluconeogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Gluconeogenesis / phosphoenolpyruvate carboxykinase activity / cellular response to potassium ion starvation / protein serine kinase activity (using GTP as donor) / response to methionine / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / glycerol biosynthetic process from pyruvate / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / propionate catabolic process ...Gluconeogenesis / phosphoenolpyruvate carboxykinase activity / cellular response to potassium ion starvation / protein serine kinase activity (using GTP as donor) / response to methionine / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / glycerol biosynthetic process from pyruvate / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / propionate catabolic process / cellular response to raffinose / tricarboxylic acid metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / response to interleukin-6 / cellular response to fructose stimulus / cellular hypotonic response / carboxylic acid binding / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / oxaloacetate metabolic process / hepatocyte differentiation / positive regulation of memory T cell differentiation / cellular hyperosmotic response / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / cellular hyperosmotic salinity response / response to lipid / cellular response to glucagon stimulus / response to starvation / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of lipid biosynthetic process / cellular response to retinoic acid / cellular response to cAMP / response to nutrient levels / cellular response to dexamethasone stimulus / response to activity / gluconeogenesis / cellular response to glucose stimulus / response to bacterium / response to insulin / lipid metabolic process / cellular response to insulin stimulus / GDP binding / glucose metabolic process / glucose homeostasis / cellular response to tumor necrosis factor / manganese ion binding / cellular response to hypoxia / peptidyl-serine phosphorylation / response to lipopolysaccharide / GTP binding / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 ...Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #20 / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Beta Complex / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OXALOACETATE ION / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sullivan, S.M. / Holyoak, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structures of rat cytosolic PEPCK: insight into the mechanism of phosphorylation and decarboxylation of oxaloacetic acid.
著者: Sullivan, S.M. / Holyoak, T.
履歴
登録2007年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9085
ポリマ－69,6441
非ポリマー2644
水6,539363
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.218, 119.340, 60.808
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP] / Phosphoenolpyruvate carboxylase / PEPCK-C


分子量: 69643.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pck1 / プラスミド: PGEX4T2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P07379, phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION


分子量: 131.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 25% PEG 3350, 10 mM MnCl2, 0.1M HEPES pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月15日 / 詳細: Bent conical Si-mirror (Rh coated)
放射モノクロメーター: Bent Ge(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→100 Å / Num. all: 50217 / Num. obs: 50217 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.068 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.865.50.51625831.062146.4
1.86-1.945.80.44340261.07172
1.94-2.036.40.35749171.081187
2.03-2.136.80.2753111.069195.3
2.13-2.277.20.21455451.08198.2
2.27-2.447.50.16455251.102198.9
2.44-2.697.60.12655861.086199.1
2.69-3.087.50.08855871.038199.3
3.08-3.887.40.06256231.023199.6
3.88-1007.10.04655141.073196.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QEW

2qew


解像度: 1.8→24.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.091 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 2554 5.1 %RANDOM
Rwork0.194 ---
all0.195 50199 --
obs0.195 50199 89.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.508 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20.05 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4762 0 12 363 5137
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0225213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1161.9717119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3725694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.00824.28236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.78615948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8751533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2754
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024039
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.22531
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.23529
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0870.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3471.53161
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.61825152
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0832146
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7324.51923
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 87 -
Rwork0.258 1706 -
obs-1793 43.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.364-1.85330.881418.60610.68270.30850.11440.61630.1041-1.4078-0.01280.2569-0.0385-0.0552-0.10150.03450.0398-0.08390.1313-0.043-0.0114-4.186-15.8909-20.1683
23.36010.3349-0.53254.10741.13871.9027-0.06260.1397-0.1586-0.1726-0.0740.19460.1745-0.05470.1366-0.07930.0148-0.0328-0.0512-0.0538-0.0455-1.9496-17.952-12.659
34.05950.6763-0.0833.54780.9581.98870.0253-0.0215-0.42560.7853-0.12460.11090.40610.01460.09940.3451-0.0270.006-0.05740.02890.001-0.5602-21.52897.5402
41.30480.60420.4654.04911.42130.80310.00410.0182-0.0043-0.13590.1132-0.6682-0.03020.1666-0.1174-0.14180.0028-0.0320.0278-0.0069-0.029613.09650.3806-4.7747
51.30930.4705-0.28123.34310.93891.5925-0.0020.1287-0.04720.2827-0.15150.18550.1871-0.0220.1535-0.0976-0.0211-0.0062-0.0479-0.0251-0.0763-0.247-11.1703-4.5273
62.1505-1.6457-1.00341.77031.02081.2329-0.10440.1426-0.0970.2182-0.09770.16410.1375-0.09060.2022-0.1223-0.0438-0.0314-0.0253-0.0372-0.0287-4.67783.39172.9314
76.9021-0.7999-10.87330.09271.260117.1292-0.0528-0.7884-0.39891.0886-0.2526-0.03330.71551.35440.30540.4197-0.02030.13610.1109-0.00860.2298-10.1711-0.443119.2549
82.1319-0.4044-1.97270.89991.09862.4627-0.24550.1223-0.09160.0956-0.02570.22870.2874-0.4840.2712-0.1072-0.05220.00890.0648-0.0660.0616-16.16287.36218.4864
92.0143-1.45771.81162.0968-0.74582.0360.046-0.2144-0.13650.9886-0.15350.37420.3394-0.18590.10740.4301-0.13150.137-0.0113-0.01210.0363-7.7275-13.8516.5479
103.58961.5506-4.65438.5814-1.604613.75440.2378-0.4116-0.88580.7421-0.35460.3309-0.23140.23140.11680.5953-0.1534-0.0299-0.09150.18110.0527-1.0487-21.470124.9519
112.0628-0.8169-0.63733.82310.01610.6397-0.0877-0.3535-0.1550.8688-0.12520.09990.30540.00670.21290.3073-0.10290.12150.0508-0.0435-0.0105-6.3475-10.66514.9608
121.58920.428-1.02541.03110.90472.1841-0.0886-0.1068-0.13950.3952-0.02340.04870.17380.10690.1121-0.0098-0.0198-0.0127-0.07670.0191-0.06330.44813.575813.3569
133.27880.9106-0.6282.5031-0.42082.75670.0116-0.2625-0.02570.3847-0.10610.2060.045-0.0430.0945-0.0008-0.02760.0019-0.0187-0.0297-0.0582-10.011115.050423.1835
146.0711.61190.18140.6331-0.14090.17970.5891-1.26970.13640.7462-0.54680.2325-0.1826-0.0275-0.04230.3923-0.11220.0470.2777-0.02720.0505-5.925615.652833.7277
151.9204-0.9377-1.47053.25881.41524.45290.096-0.21470.17710.35140.1024-0.2681-0.31640.3434-0.1984-0.0355-0.0615-0.087-0.03710.01470.00628.223724.412515.3113
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA10 - 2712 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2AA28 - 5430 - 56
3X-RAY DIFFRACTION3AA55 - 8957 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4AA90 - 14392 - 145
5X-RAY DIFFRACTION5AA144 - 220146 - 222
6X-RAY DIFFRACTION6AA221 - 285223 - 287
7X-RAY DIFFRACTION7AA286 - 298288 - 300
8X-RAY DIFFRACTION8AA299 - 327301 - 329
9X-RAY DIFFRACTION9AA328 - 370330 - 372
10X-RAY DIFFRACTION10AA371 - 388373 - 390
11X-RAY DIFFRACTION11AA389 - 427391 - 429
12X-RAY DIFFRACTION12AA428 - 500430 - 502
13X-RAY DIFFRACTION13AA501 - 561503 - 563
14X-RAY DIFFRACTION14AA562 - 585564 - 587
15X-RAY DIFFRACTION15AA586 - 622588 - 624

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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