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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wie
タイトルCrystal structure of apo-PEPCK from Mycobacterium tuberculosis with glycerol
要素Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]
キーワードLYASE / TRANSFERASE / GTP-dependent PEPCK / P-loop / R-loop / omega- loop / Rate-limiting gluconeogenic enzyme / kinase / phosphoryl transfer / metal binding
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / glycerol biosynthetic process from pyruvate / propionate catabolic process / oxaloacetate metabolic process / response to lipid / response to starvation / gluconeogenesis / cellular response to glucose stimulus / manganese ion binding ...phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / glycerol biosynthetic process from pyruvate / propionate catabolic process / oxaloacetate metabolic process / response to lipid / response to starvation / gluconeogenesis / cellular response to glucose stimulus / manganese ion binding / GTP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 ...Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #20 / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Beta Complex / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Kim, H.L. / Sacchettini, J.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of apo-PEPCK from Mycobacterium tuberculosis with glycerol
著者: Kim, H.L. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2014年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Other
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1943
ポリマ－69,0471
非ポリマー1472
水11,007611
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.958, 122.564, 64.555
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-851-

HOH

21A-936-

HOH

31A-965-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP] / PEPCK


分子量: 69046.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: pckG, MRA_0219 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A5TYT6, phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 611 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% (w/v) PEG 3350, 0.2 M KH2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 37534 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 3.89 / Net I/av σ(I): 24.826 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 157035
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.18-2.224.10.318620.9120.170.3461.08799.9
2.22-2.264.10.26718730.9110.150.3071.254100
2.26-2.34.10.27118980.9280.1510.3111.29100
2.3-2.354.10.24618400.9310.1370.2821.382100
2.35-2.44.10.21618610.9430.120.2481.475100
2.4-2.464.10.20418740.9520.1140.2341.496100
2.46-2.524.20.19718760.9520.110.2261.71100
2.52-2.584.20.18318960.9530.1020.212.005100
2.58-2.664.20.1718450.9620.0940.1952.15100
2.66-2.754.20.1618710.9620.0890.1842.429100
2.75-2.844.20.15218750.9670.0850.1752.678100
2.84-2.964.20.1418770.9720.0780.163.067100
2.96-3.094.20.13518990.9760.0750.1553.823100
3.09-3.264.20.12718580.970.070.1464.962100
3.26-3.464.20.12518820.9710.0690.1436.393100
3.46-3.734.20.11618630.9720.0640.1336.814100
3.73-4.14.30.1118840.9770.0610.1267.77100
4.1-4.74.30.10818920.9780.060.1248.991100
4.7-5.914.30.10718940.9810.0590.1228.1100
5.91-504.20.09219140.9860.0510.1067.87299.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
PHENIX位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KHG

1khg


解像度: 2.18→33.213 Å / FOM work R set: 0.886 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1911 1877 5 %
Rwork0.1381 35652 -
obs0.1407 37529 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.98 Å2 / Biso mean: 23.96 Å2 / Biso min: 10.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.18→33.213 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4704 0 7 611 5322
Biso mean--28.02 31.32 -
残基数----600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0496743
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071714
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005885
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4311818
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.18-2.23880.26071390.157827432882
2.2388-2.30470.22351470.155127432890
2.3047-2.3790.20581350.141127032838
2.379-2.4640.21291440.141427362880
2.464-2.56260.22871290.135727532882
2.5626-2.67920.18531470.132427472894
2.6792-2.82040.2011410.140127182859
2.8204-2.9970.21431480.144627492897
2.997-3.22820.2171630.140227432906
3.2282-3.55280.17931400.141227222862
3.5528-4.06610.19171420.131827602902
4.0661-5.11980.15051510.11627522903
5.1198-33.21710.16111510.151427832934

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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