+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7a5q | ||||||
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Title | Crystal structure of VcSiaP bound to sialic acid | ||||||
Components | DctP family TRAP transporter solute-binding subunit | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / TRAP transporter / substrate binding protein / transporter | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Vibrio cholerae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.68 Å | ||||||
Authors | Schneberger, N. / Peter, M.F. / Hagelueken, G. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2020 Title: Triggering Closure of a Sialic Acid TRAP Transporter Substrate Binding Protein through Binding of Natural or Artificial Substrates. Authors: Peter, M.F. / Gebhardt, C. / Glaenzer, J. / Schneberger, N. / de Boer, M. / Thomas, G.H. / Cordes, T. / Hagelueken, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7a5q.cif.gz | 315.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7a5q.ent.gz | 213.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7a5q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7a5q_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7a5q_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 7a5q_validation.xml.gz | 31.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7a5q_validation.cif.gz | 43.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/7a5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/7a5q | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7a5cC 3b50S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 33790.371 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae (bacteria) / Gene: C9J66_17385, GQX72_05445 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0H5WZA5, UniProt: Q9KR64*PLUS |
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-Sugars , 2 types, 3 molecules
#2: Sugar | #5: Sugar | ChemComp-BGC / | |
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-Non-polymers , 3 types, 329 molecules
#3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: Morpheus Screen (Molecular Dimensions) condition F4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1.000009 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 7, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.000009 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.68→45.5 Å / Num. obs: 152174 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 23.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 7.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.68→1.74 Å / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 7732 / % possible all: 97.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3B50 Resolution: 1.68→45.5 Å / SU ML: 0.2309 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.02 / Phase error: 30.2903 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.68→45.5 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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