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Yorodumi- PDB-6zjq: Cold-adapted beta-D-galactosidase from Arthrobacter sp. 32cB muta... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zjq | |||||||||
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Title | Cold-adapted beta-D-galactosidase from Arthrobacter sp. 32cB mutant E517Q in complex with galactose | |||||||||
Components | Beta-galactosidase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / galactosidase / cold-adapted / psychrophilic / dimeric / mutant / loss of function / galactose | |||||||||
Function / homology | Function and homology information organic substance catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Arthrobacter sp. 32cB (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | |||||||||
Authors | Rutkiewicz, M. / Bujacz, A. / Bujacz, G. | |||||||||
Funding support | Poland, 2items
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Citation | Journal: Int J Mol Sci / Year: 2020 Title: Mapping the Transglycosylation Relevant Sites of Cold-Adapted beta-d-Galactosidase fromArthrobactersp. 32cB. Authors: Rutkiewicz, M. / Wanarska, M. / Bujacz, A. #1: Journal: Int J Mol Sci / Year: 2019 Title: Active Site Architecture and Reaction Mechanism Determination of Cold Adapted ?-d-galactosidase from Authors: Rutkiewicz, M. / Bujacz, A. / Wanarska, M. / Wierzbicka-Wos, A. / Cieslinski, H. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6zjq.cif.gz | 408.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6zjq.ent.gz | 329.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6zjq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/6zjq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/6zjq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6zjpC 6zjrC 6zjsC 6zjtC 6zjuC 6zjvC 6zjwC 6zjxC 6etzS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / Sugars , 2 types, 3 molecules A
#1: Protein | Mass: 110020.703 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arthrobacter sp. 32cB (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A023UGN9, beta-galactosidase |
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#3: Sugar |
-Non-polymers , 4 types, 652 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NA / #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Chemical | ChemComp-MLI / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.29 Å3/Da / Density % sol: 62.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 37% TacsimateTM pH 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.9814 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Apr 11, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9814 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.699→43.724 Å / Num. obs: 155102 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 10.186 % / Biso Wilson estimate: 28.05 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 1.169 / Net I/σ(I): 13.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6ETZ Resolution: 1.7→43.724 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.92 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 185.9 Å2 / Biso mean: 37.802 Å2 / Biso min: 20.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→43.724 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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