PDB-6zi1: Crystal structure of the isolated H. influenzae VapD toxin (D7N m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zi1

タイトル

Crystal structure of the isolated H. influenzae VapD toxin (D7N mutant)

要素

Endoribonuclease VapD

キーワード

TOXIN / Toxin-antitoxin / VapXD / RNase / Nucleic-Acid Binding Protein / Hydrolase

機能・相同性

Endoribonuclease VapD / Virulence-associated protein D / CRISPR associated protein Cas2 / CRISPR associated protein Cas2 / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / Endoribonuclease VapD

機能・相同性情報

生物種

Haemophilus influenzae 86-028NP (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Bertelsen, M.B. / Senissar, M. / Nielsen, M.H. / Bisiak, F. / Cunha, M.V. / Molinaro, A.L. / Daines, D.A. / Brodersen, D.E.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structural Basis for Toxin Inhibition in the VapXD Toxin-Antitoxin System.
著者: Bertelsen, M.B. / Senissar, M. / Nielsen, M.H. / Bisiak, F. / Cunha, M.V. / Molinaro, A.L. / Daines, D.A. / Brodersen, D.E.

履歴

登録	2020年6月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年2月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zi1.cif.gz	52.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zi1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zi1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zi1_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zi1_full_validation.pdf.gz	442.2 KB	表示
XML形式データ	6zi1_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	6zi1_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/6zi1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/6zi1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zi0C 6zn8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6sm6-d 5xrw-1 3dvm-d 2v1t-d 2b6m-1 1un2-d 3hdf-1 2ek1-4 6nty-d 2qzb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Endoribonuclease VapD

BBB: Endoribonuclease VapD

23.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.380, 84.380, 49.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-213- HOH
2	1	AAA-219- HOH
3	1	BBB-216- HOH

#1: タンパク質	Endoribonuclease VapD 分子量: 11869.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: D7N mutant 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae 86-028NP (インフルエンザ菌) 遺伝子: vapD, NTHI0577 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q4QN95, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 50 mM Na cacodylate, 1.8 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.98021 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98021 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→42.226 Å / Num. obs: 10306 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.334 % / B_iso Wilson estimate: 53.573 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 0.863 / Net I/σ(I): 12.11

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.26	3.096	0.928	1.31	736	0.612	1.122	97.9
2.26-2.32	3.297	0.784	1.41	767	0.638	0.931	98.5
2.32-2.39	3.466	0.607	1.97	721	0.671	0.718	99
2.39-2.46	3.448	0.485	2.37	696	0.781	0.573	99.4
2.46-2.54	3.401	0.466	2.53	689	0.789	0.551	99
2.54-2.63	3.324	0.349	3.2	661	0.866	0.414	99.1
2.63-2.73	3.141	0.277	3.99	644	0.917	0.332	99.5
2.73-2.84	3.231	0.167	6.15	607	0.972	0.199	98.9
2.84-2.97	3.449	0.142	7.49	604	0.983	0.166	98.4
2.97-3.11	3.499	0.106	10.51	551	0.987	0.124	97
3.11-3.28	3.384	0.078	13.9	531	0.994	0.092	97.6
3.28-3.48	3.319	0.059	17.16	504	0.996	0.07	97.1
3.48-3.72	3.124	0.046	21.05	474	0.997	0.055	96.7
3.72-4.02	3.49	0.039	25.99	435	0.998	0.046	95
4.02-4.4	3.465	0.027	34.99	409	0.999	0.031	95.8
4.4-4.92	3.357	0.025	36.81	353	0.999	0.029	92.7
4.92-5.68	3.225	0.026	35.49	320	0.999	0.031	92
5.68-6.96	3.458	0.03	32.22	277	0.999	0.035	93.3
6.96-9.84	3.309	0.022	40.01	207	0.999	0.026	88.5
9.84-42.226	3.067	0.021	49.94	120	0.999	0.024	85.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.2 Å	42.19 Å
Translation	2.2 Å	42.19 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: D_1292109585

解像度: 2.2→42.226 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 8.908 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.24 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2666	1028	9.971 %
R_work	0.2145	9282	-
all	0.22	-	-
obs	-	10306	97.227 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.862 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.876 Å²	0.438 Å²	0 Å²
2-	-	0.876 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.842 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.226 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1333	0	0	88	1421

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.484	1.626	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.285	1.574	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.316	5	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.923	22.289	83
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.082	15	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.103	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.257	0.2	329
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	661
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	716
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.226	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.348	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.296	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.931	5.858	656
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.931	5.849	655
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.78	8.721	813
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.778	8.731	814
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.796	6.586	699
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.773	6.575	697
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.149	9.665	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.134	9.666	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	17.508	108.489	5237
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	17.478	108.318	5193

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.409	68	0.386	668	X-RAY DIFFRACTION	97.8723
2.257-2.319	0.365	82	0.329	684	X-RAY DIFFRACTION	98.9664
2.319-2.386	0.359	73	0.304	647	X-RAY DIFFRACTION	99.0371
2.386-2.459	0.302	75	0.265	627	X-RAY DIFFRACTION	99.4334
2.459-2.54	0.333	75	0.256	606	X-RAY DIFFRACTION	98.9826
2.54-2.629	0.293	64	0.237	605	X-RAY DIFFRACTION	99.1111
2.629-2.728	0.259	68	0.242	570	X-RAY DIFFRACTION	99.532
2.728-2.839	0.314	57	0.223	554	X-RAY DIFFRACTION	98.8673
2.839-2.965	0.252	55	0.208	546	X-RAY DIFFRACTION	98.3633
2.965-3.11	0.265	58	0.195	486	X-RAY DIFFRACTION	96.9697
3.11-3.278	0.212	51	0.199	492	X-RAY DIFFRACTION	97.6619
3.278-3.476	0.311	43	0.209	454	X-RAY DIFFRACTION	97.0703
3.476-3.716	0.266	45	0.201	430	X-RAY DIFFRACTION	96.7413
3.716-4.012	0.21	45	0.163	390	X-RAY DIFFRACTION	94.9782
4.012-4.394	0.3	38	0.147	371	X-RAY DIFFRACTION	96.0094
4.394-4.911	0.183	33	0.163	323	X-RAY DIFFRACTION	92.4675
4.911-5.666	0.189	34	0.216	286	X-RAY DIFFRACTION	92.219
5.666-6.929	0.348	28	0.256	241	X-RAY DIFFRACTION	92.7586
6.929-9.755	0.198	23	0.239	190	X-RAY DIFFRACTION	89.1213
9.755-42.226	0.38	13	0.275	112	X-RAY DIFFRACTION	85.034

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関連情報:EMDBヘッダ

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