+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hdf | ||||||
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Title | Crystal structure of truncated endolysin R21 from phage 21 | ||||||
Components | Lysozyme | ||||||
Keywords | HYDROLASE / lysozyme-like / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase / Late protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / host cell plasma membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterobacteria phage P21 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SIRAS / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Sun, Q. / Sacchettini, J.C. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2009 Title: Regulation of a muralytic enzyme by dynamic membrane topology. Authors: Sun, Q. / Kuty, G.F. / Arockiasamy, A. / Xu, M. / Young, R. / Sacchettini, J.C. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3hdf.cif.gz | 71.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3hdf.ent.gz | 56.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3hdf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3hdf_validation.pdf.gz | 462 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3hdf_full_validation.pdf.gz | 465.4 KB | Display | |
Data in XML | 3hdf_validation.xml.gz | 16.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3hdf_validation.cif.gz | 23.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hdf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hdf | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15738.151 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 27-165 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacteria phage P21 (virus) / Gene: R / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P27359, lysozyme #2: Chemical | ChemComp-NO3 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | ACCORDING TO THE AUTHORS RESIDUES PHE 105 AND VAL 106 ARE CORRECT IN THE PDB FILE. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 100mM Bis-Tris propane, 2.5M sodium nitrate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 120 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 0.9796 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 29, 2008 Details: Si(111) Double Crystal Monochromator. Adjustable focusing mirrors in K-B geometry | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal cryo-cooled Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9796 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. obs: 35740 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Χ2: 1.14 / Net I/σ(I): 44.163 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: SIRAS |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SIRAS / Resolution: 1.7→34.793 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.801 / Stereochemistry target values: ml
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Solvent computation | Bsol: 63.425 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 86.53 Å2 / Biso mean: 28.309 Å2 / Biso min: 12.24 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→34.793 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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