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万見
- PDB-6zgv: Structure of human galactokinase 1 bound with 2-(4-chlorophenyl)-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zgv
タイトルStructure of human galactokinase 1 bound with 2-(4-chlorophenyl)-N-(pyrimidin-2-yl)acetamide
要素Galactokinase
キーワードTRANSFERASE / GALK1 / galactokinase 1 / fragment screening / allosteric fragment / binding hotspt
機能・相同性
機能・相同性情報


glycolytic process from galactose / Defective GALK1 causes GALCT2 / galactitol metabolic process / galactokinase / galactokinase activity / Galactose catabolism / galactose catabolic process via UDP-galactose, Leloir pathway / galactose binding / galactose metabolic process / extracellular exosome ...glycolytic process from galactose / Defective GALK1 causes GALCT2 / galactitol metabolic process / galactokinase / galactokinase activity / Galactose catabolism / galactose catabolic process via UDP-galactose, Leloir pathway / galactose binding / galactose metabolic process / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galactokinase, N-terminal domain / Galactokinase, conserved site / Galactokinase galactose-binding signature / Galactokinase signature. / Galactokinase / Mevalonate/galactokinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal ...Galactokinase, N-terminal domain / Galactokinase, conserved site / Galactokinase galactose-binding signature / Galactokinase signature. / Galactokinase / Mevalonate/galactokinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / Chem-HFK / 2-(4-chlorophenyl)-~{N}-pyrimidin-2-yl-ethanamide / Galactokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mackinnon, S.R. / Bezerra, G.A. / Zhang, M. / Foster, W. / Krojer, T. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. ...Mackinnon, S.R. / Bezerra, G.A. / Zhang, M. / Foster, W. / Krojer, T. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. / Brennan, P. / Lai, K. / Yue, W.W.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust092809/Z/10/Z 英国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Fragment Screening Reveals Starting Points for Rational Design of Galactokinase 1 Inhibitors to Treat Classic Galactosemia.
著者: Mackinnon, S.R. / Krojer, T. / Foster, W.R. / Diaz-Saez, L. / Tang, M. / Huber, K.V.M. / von Delft, F. / Lai, K. / Brennan, P.E. / Arruda Bezerra, G. / Yue, W.W.
履歴
登録2020年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactokinase
B: Galactokinase
E: Galactokinase
D: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,25111
ポリマ－172,4124
非ポリマー1,8397
水7,873437
1
A: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6343
ポリマ－43,1031
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6343
ポリマ－43,1031
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6343
ポリマ－43,1031
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3512
ポリマ－43,1031
非ポリマー2481
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.560, 114.460, 121.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Galactokinase / Galactose kinase


分子量: 43102.977 Da / 分子数: 4 / 変異: K252A, E253A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GALK1, GALK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P51570, galactokinase
#2: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-HFK / 2-(1,3-benzoxazol-2-ylamino)spiro[1,6,7,8-tetrahydroquinazoline-4,1'-cyclohexane]-5-one


分子量: 350.414 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N4O2
#4: 化合物 ChemComp-QKZ / 2-(4-chlorophenyl)-~{N}-pyrimidin-2-yl-ethanamide


分子量: 247.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10ClN3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MOPS/sodium HEPES pH 7.0-7.5, 40-50 % Morpheus Precipitant Mix 4 (50% mix = 12.5% MPD, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350), 0.1 M Morpheus Carboxylic acids mix (0.02M each of:sodium formate, ...詳細: 0.1 M MOPS/sodium HEPES pH 7.0-7.5, 40-50 % Morpheus Precipitant Mix 4 (50% mix = 12.5% MPD, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350), 0.1 M Morpheus Carboxylic acids mix (0.02M each of:sodium formate, ammonium acetate, sodium citrate tribasic dehydrate, sodium potassium tartrate tetrahydrate and sodium oxamate).
PH範囲: 7.0 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→72.46 Å / Num. obs: 107619 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.14-2.23.30.9252613479330.6720.6021.1071.599.1
9.57-72.353.60.033450812380.9970.020.0392798.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WUU

1wuu


解像度: 2.3→72.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 15.038 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2458 4240 4.9 %RANDOM
Rwork0.2069 ---
obs0.2088 82527 99.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 143.56 Å2 / Biso mean: 45.848 Å2 / Biso min: 21.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å2-0 Å2-1.55 Å2
2--2.61 Å2-0 Å2
3----1.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→72.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10882 0 131 437 11450
Biso mean--50.01 45.77 -
残基数----1538
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01311226
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01710217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7461.65415335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3881.57823441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.11751530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.32620.664467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.89151534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.311579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21520
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213067
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022328
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 290 -
Rwork0.267 6071 -
all-6361 -
obs--98.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0882-1.74290.49052.25440.22773.16660.50930.582-0.5257-0.2801-0.36490.15370.20040.2942-0.14440.27150.1584-0.09420.1899-0.09140.106514.8573-14.7249-37.4793
21.288-0.65820.97871.1254-0.97314.5309-0.0687-0.2905-0.16010.17410.18580.3017-0.12-0.363-0.11710.23250.07060.05350.16520.01920.0936-10.89746.1006-44.8421
31.41230.0918-0.14540.9195-0.36543.68430.0682-0.0877-0.0686-0.09040.04810.14210.26530.0537-0.11630.06940.0018-0.02140.03640.01580.0287-30.5569-10.0009-98.5142
43.6582-0.72470.62531.51630.99482.58440.04970.729-0.1529-0.0256-0.1209-0.06530.3240.21340.07120.12110.03840.05280.257-0.00120.04153.1551-5.1043-95.2151
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 401
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 401
3X-RAY DIFFRACTION3E2 - 501
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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