PDB-6zfq: Structure of the catalytic domain of human endo-alpha-mannosidase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zfq

タイトル

Structure of the catalytic domain of human endo-alpha-mannosidase MANEA in complex with bis-tris

要素

Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / Golgi /

mannosidase / retaining

機能・相同性

機能・相同性情報

glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase /

glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase activity / N-glycan trimming and elongation in the cis-Golgi /

alpha-mannosidase activity /

ゴルジ体 /

ゴルジ体
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. ...

資金援助

英国,

オーストラリア, 4件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	322942	英国
Australian Research Council (ARC)	DP120101396	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	FT130100103	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	DP180101957	オーストラリア

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structure of human endo-alpha-1,2-mannosidase (MANEA), an antiviral host-glycosylation target.
著者: Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. / Alonzi, D.S. / Williams, S.J. / Davies, G.J.

履歴

登録	2020年6月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年1月20日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zfq.cif.gz	172.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zfq.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zfq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/6zfq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/6zfq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zdcC 6zdfC 6zdkC 6zdlC 6zfaC 6zfnSC 6zj1C 6zj5C 6zj6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jep-1 2jep-2 3mmu-3 4jbc-2 5z3d-d 1u26-2 3b74-d 6a83-d 3ciw-d 6f2b-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.4288341 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.812, 106.994, 43.884
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.315, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase / / hEndo / Mandaselin 分子量: 44783.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MANEA / プラスミド: pCold-I / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q5SRI9, glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase
#2: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス / Bis-tris methane 分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM bis-tris pH 5.5, 25% w/v PEG 3350. Protein at 10 mg/ml in 25 mM HEPES pH 7.0, 200 mM NaCl buffer with 2.23 mM GlcIFG and 2.23 mM alpha-1,2-mannobiose (10 x molar ratio). 300 nl droplet ...詳細: 100 mM bis-tris pH 5.5, 25% w/v PEG 3350. Protein at 10 mg/ml in 25 mM HEPES pH 7.0, 200 mM NaCl buffer with 2.23 mM GlcIFG and 2.23 mM alpha-1,2-mannobiose (10 x molar ratio). 300 nl droplet (150 nl protein solution, 150 nl reservoir solution). The ligand additives are probably not required for crystallization.

結晶

マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.7 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM bis-tris pH 5.5, 25% w/v PEG 3350. Protein at 10 mg/ml in 25 mM HEPES pH 7.0, 200 mM NaCl buffer with 2.23 mM GlcIFG and 2.23 mM alpha-1,2-mannobiose (10 x molar ratio). 300 nl droplet ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97718 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→38.41 Å / Num. obs: 114498 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 12.49 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 5426 / CC_1/2: 0.804 / R_pim(I) all: 0.485 / R_rim(I) all: 0.854 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS	1.10.2-g9c23cb36c-release	データ削減
Aimless	0.7.1	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZFN

6zfn

解像度: 1.2→38.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.039 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1812	5555	4.853 %
R_work	0.1409	108900	-
all	0.143	-	-
obs	-	114455	99.308 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.781 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.612 Å²	0 Å²	1.62 Å²
2-	-	-0.784 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.508 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→38.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2865	0	14	455	3334

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	2691
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.82	1.658	4200
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.353	1.574	6281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.338	5	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.039	21.943	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.655	15	494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.289	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	3447
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.025	0.02	707
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	609
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	2525
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	1459
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.242	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.198	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.271	2.241	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.233	2.237	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.759	3.364	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.811	3.366	1769
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.048	2.51	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.047	2.51	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.778	3.653	2420
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.777	3.653	2421
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.054	27.355	3775
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.832	26.188	3633
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	16.007	3	5765

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.231	0.351	342	0.331	7727	X-RAY DIFFRACTION	95.0188
1.231-1.265	0.318	385	0.31	7735	X-RAY DIFFRACTION	97.7254
1.265-1.302	0.311	443	0.287	7544	X-RAY DIFFRACTION	99.0451
1.302-1.342	0.27	394	0.258	7432	X-RAY DIFFRACTION	99.6562
1.342-1.386	0.268	342	0.239	7217	X-RAY DIFFRACTION	99.9075
1.386-1.434	0.222	357	0.195	6966	X-RAY DIFFRACTION	99.9727
1.434-1.488	0.21	342	0.177	6759	X-RAY DIFFRACTION	99.7892
1.488-1.549	0.183	328	0.144	6475	X-RAY DIFFRACTION	99.9412
1.549-1.618	0.181	340	0.138	6194	X-RAY DIFFRACTION	99.9847
1.618-1.697	0.187	314	0.126	5983	X-RAY DIFFRACTION	99.9365
1.697-1.789	0.171	310	0.104	5611	X-RAY DIFFRACTION	99.9831
1.789-1.897	0.159	271	0.098	5376	X-RAY DIFFRACTION	100
1.897-2.028	0.15	282	0.102	4990	X-RAY DIFFRACTION	99.9621
2.028-2.191	0.161	221	0.102	4713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.191-2.4	0.159	243	0.103	4299	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.683	0.163	198	0.102	3912	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-3.097	0.143	154	0.11	3484	X-RAY DIFFRACTION	99.9176
3.097-3.793	0.151	129	0.13	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
3.793-5.36	0.162	99	0.129	2296	X-RAY DIFFRACTION	99.9166
5.36-38.41	0.176	61	0.17	1262	X-RAY DIFFRACTION	99.7738

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