PDB-6zfn: Structure of an inactive E404Q variant of the catalytic domain of...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zfn

タイトル

Structure of an inactive E404Q variant of the catalytic domain of human endo-alpha-mannosidase MANEA in complex with 1-methyl alpha-1,2-mannobiose

要素

Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase

キーワード

HYDROLASE / Golgi / mannosidase / retaining

機能・相同性

機能・相同性情報

glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase / glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase activity / N-glycan trimming and elongation in the cis-Golgi / alpha-mannosidase activity / Golgi membrane / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. ...

資金援助

英国,

オーストラリア, 4件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	322942	英国
Australian Research Council (ARC)	DP120101396	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	FT130100103	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	DP180101957	オーストラリア

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structure of human endo-alpha-1,2-mannosidase (MANEA), an antiviral host-glycosylation target.
著者: Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. / Alonzi, D.S. / Williams, S.J. / Davies, G.J.

履歴

登録	2020年6月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年1月20日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zfn.cif.gz	185.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zfn.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zfn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/6zfn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/6zfn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zdcC 6zdfSC 6zdkC 6zdlC 6zfaC 6zfqC 6zj1C 6zj5C 6zj6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6k52-d 2ppv-d 4j0x-2 6k55-1 5z1g-1 6aii-d 6k54-1 6k54-3 5fez-d 1bh5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.4288341 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

45.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.752, 81.680, 52.994
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.934, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase / hEndo / Mandaselin

分子量: 44782.109 Da / 分子数: 1 / 変異: E404Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MANEA / プラスミド: pCold-I / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q5SRI9, glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-methyl alpha-D-mannopyranoside

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 356.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManp[1Me]a1-OME	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1122h-1a_1-5_1*OC][a1122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.5 % / 解説: hard crystals
結晶化	温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.6, 200 mM ammonium sulfate, 12.8% PEG-MME 2000. Protein at 10 mg/ml in 25 mM HEPES pH 7.0, 200 mM NaCl buffer with 2.3 mM GlcMan4OMe (10 x molar ratio). 500 nl ...詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.6, 200 mM ammonium sulfate, 12.8% PEG-MME 2000. Protein at 10 mg/ml in 25 mM HEPES pH 7.0, 200 mM NaCl buffer with 2.3 mM GlcMan4OMe (10 x molar ratio). 500 nl protein solution and 500 nl reservoir solution.

結晶

マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.5 % / 解説: hard crystals

結晶化

温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.6, 200 mM ammonium sulfate, 12.8% PEG-MME 2000. Protein at 10 mg/ml in 25 mM HEPES pH 7.0, 200 mM NaCl buffer with 2.3 mM GlcMan4OMe (10 x molar ratio). 500 nl ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→52.92 Å / Num. obs: 143298 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 8.98 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 5215 / CC_1/2: 0.944 / R_pim(I) all: 0.15 / R_rim(I) all: 0.271 / % possible all: 71.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS	1.8.3-g908a951f-release	データ削減
Aimless	0.6.1	データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZDF

6zdf

解像度: 1.1→52.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.984 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.979 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1279	7225	5.043 %
R_work	0.1063	136038	-
all	0.107	-	-
obs	-	143263	97.529 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.999 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.257 Å²	-0 Å²	-0.173 Å²
2-	-	0.472 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.196 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→52.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2922	0	29	478	3429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.013	3395
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.033	0.017	3040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.077	1.671	4687
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.503	1.586	7129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.196	5.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.659	21.487	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.836	15	570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.791	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.158	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	4058
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.018	0.02	782
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	657
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	1581
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	303
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.087	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.283	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.704	1.299	1534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.705	1.299	1533
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.319	1.958	1935
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.318	1.958	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.974	1.55	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.974	1.55	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.554	2.229	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.554	2.229	2708
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.474	16.485	4091
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.472	16.481	4090
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	11.682	3	6435

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1-1.129	0.179	399	0.154	7695	X-RAY DIFFRACTION	74.4344
1.129-1.16	0.147	529	0.133	9569	X-RAY DIFFRACTION	96.1165
1.16-1.193	0.14	505	0.121	9723	X-RAY DIFFRACTION	99.4361
1.193-1.23	0.125	496	0.115	9469	X-RAY DIFFRACTION	99.5505
1.23-1.27	0.122	469	0.107	9140	X-RAY DIFFRACTION	99.5236
1.27-1.315	0.13	507	0.097	8789	X-RAY DIFFRACTION	99.4544
1.315-1.364	0.11	432	0.087	8545	X-RAY DIFFRACTION	99.6337
1.364-1.42	0.114	411	0.084	8285	X-RAY DIFFRACTION	99.6219
1.42-1.483	0.1	405	0.075	7899	X-RAY DIFFRACTION	99.7238
1.483-1.556	0.092	383	0.073	7565	X-RAY DIFFRACTION	99.6614
1.556-1.64	0.097	349	0.072	7218	X-RAY DIFFRACTION	99.7495
1.64-1.739	0.094	408	0.074	6737	X-RAY DIFFRACTION	99.7487
1.739-1.859	0.102	354	0.079	6396	X-RAY DIFFRACTION	99.8964
1.859-2.008	0.106	309	0.089	5966	X-RAY DIFFRACTION	99.9681
2.008-2.2	0.124	310	0.1	5482	X-RAY DIFFRACTION	99.9482
2.2-2.459	0.126	288	0.099	4931	X-RAY DIFFRACTION	99.8661
2.459-2.839	0.13	252	0.112	4387	X-RAY DIFFRACTION	99.8493
2.839-3.476	0.142	193	0.12	3723	X-RAY DIFFRACTION	99.7961
3.476-4.911	0.145	137	0.123	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
4.911-52.92	0.25	89	0.22	1605	X-RAY DIFFRACTION	99.53

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