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- PDB-6zex: Keap1 kelch domain bound to a small molecule fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zex
タイトルKeap1 kelch domain bound to a small molecule fragment
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Keap1 / Nrf2 / Oxidative stress / Small molecule complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body ...regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite / disordered domain specific binding / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein ubiquitination / regulation of autophagy / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller ...Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
5-cyclopropyl-1-phenyl-pyrazole-4-carboxylic acid / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Narayanan, D. / Bach, A. / Gajhede, M.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
LundbeckfondenR190-2014-3710 デンマーク
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Deconstructing Noncovalent Kelch-like ECH-Associated Protein 1 (Keap1) Inhibitors into Fragments to Reconstruct New Potent Compounds.
著者: Pallesen, J.S. / Narayanan, D. / Tran, K.T. / Solbak, S.M.O. / Marseglia, G. / Sorensen, L.M.E. / Hoj, L.J. / Munafo, F. / Carmona, R.M.C. / Garcia, A.D. / Desu, H.L. / Brambilla, R. / ...著者: Pallesen, J.S. / Narayanan, D. / Tran, K.T. / Solbak, S.M.O. / Marseglia, G. / Sorensen, L.M.E. / Hoj, L.J. / Munafo, F. / Carmona, R.M.C. / Garcia, A.D. / Desu, H.L. / Brambilla, R. / Johansen, T.N. / Popowicz, G.M. / Sattler, M. / Gajhede, M. / Bach, A.
履歴
登録2020年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0598
ポリマ－33,3621
非ポリマー6977
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area12220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.094, 104.094, 54.835
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2


分子量: 33362.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Z2X8
#2: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-QHN / 5-cyclopropyl-1-phenyl-pyrazole-4-carboxylic acid


分子量: 228.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 1.0 M Lithium sulfate monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月2日 / 詳細: CRL
放射モノクロメーター: C(110) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→34.07 Å / Num. obs: 23735 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 34.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1111 / Rpim(I) all: 0.03065 / Rrim(I) all: 0.1154 / Net I/σ(I): 15.06
反射 シェル解像度: 1.98→2.051 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 1.579 / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 2360 / CC1/2: 0.506 / Rpim(I) all: 0.5776 / Rrim(I) all: 1.685 / % possible all: 99.37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSv Jan 26, 2018データスケーリング
PHASER1.13_2998位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
XDSv Jan 26, 2018データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FNU

5fnu


解像度: 1.98→34.07 Å / SU ML: 0.2572 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.6621 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2323 1131 4.77 %Random
Rwork0.1954 22599 --
obs0.1971 23730 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→34.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2219 0 41 45 2305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01232315
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03893147
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0684329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.60111339
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.070.36581220.36022842X-RAY DIFFRACTION99.46
2.07-2.180.31581600.29452771X-RAY DIFFRACTION99.9
2.18-2.320.27141470.2272799X-RAY DIFFRACTION99.9
2.32-2.490.26811580.22122785X-RAY DIFFRACTION99.83
2.49-2.750.24631460.20832822X-RAY DIFFRACTION99.9
2.75-3.140.23421340.20712819X-RAY DIFFRACTION99.86
3.14-3.960.22941490.18762836X-RAY DIFFRACTION99.97
3.96-34.070.17691150.14832925X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.68369649141-2.598411350751.620461421292.96503678988-2.154342524598.78068582402-0.128663368302-0.27912550077-0.500659181129-0.266700951676-0.1854896411330.1443973287410.765632856364-0.4208641985920.3129814255320.316437332651-0.0215727534579-0.002833583040820.376405783542-0.1098483562040.695156057754-42.4156789108-22.1101201748-7.37161667158
24.63504443915-1.12647742260.8038795086552.445790323110.1401668449931.771832634040.2281386866530.456547502078-0.875398893205-0.461995668785-0.2770928112960.6204327357580.013737350376-0.04900754232230.03920540525470.3981902979430.0654568709218-0.07215472951780.351190778945-0.1188384390750.479569430164-40.3342043277-17.7624296058-12.1471710702
34.624989197990.287370315911.409689700641.607765107011.585203163855.899280285280.007241283794760.26034146324-0.616520846564-0.180108734959-0.05180297270520.1201258143620.230635065470.09506552708250.05419054220570.3991895809580.05734443366960.01231294855210.307183708291-0.09069222829420.561374150608-31.3555422036-22.4057640958-8.94897576242
43.25743770664-1.50236308290.9009360162284.622124373240.9060619055541.3330266824-0.0159135896815-0.0383216231726-0.03108052417780.1090811746570.170004472878-0.305833243747-0.03404609912050.183972292038-0.1682570673750.2803586555230.00598839573220.03247779992210.302296023570.006612266855890.336784396946-27.4511054236-8.3028799075-0.174307822039
54.81255908889-1.0907200999-2.20695659772.17477680785-1.761184388245.63977739429-0.258303557847-0.5493089418320.1865246459790.4465242329920.28158254148-0.1078190029140.1024129839110.093361624772-0.01415047245650.3687562344330.0570234077519-0.03392575041280.334664444883-0.04549701290020.303037274712-30.8587585313-1.775486378578.94952195075
64.40761666089-0.9188771906290.6883998491592.442071025861.361800936041.55961861951-0.182752247313-0.344604439489-0.04738940194220.3367764922230.1493424472040.3155691373110.026074854321-0.1604589322690.0448264926410.4055572196140.02854908919170.1253481053150.371719136790.02308264228060.412502418185-45.4007288414-2.553430533777.37422991276
74.98391367018-0.575063104953-2.19481697874.899950848310.6711214639745.59077584964-0.1509265954740.0407486674719-0.675141279587-0.0718862847076-0.133447071560.9366066656680.0952210813768-0.4048770675720.2362455930450.260549924560.00457378060320.01940723842390.31784664431-0.01568077391780.576073159667-50.4777036784-9.93303196918-1.79241076666
81.185531229820.8524049066120.04330570399481.414962615751.278666294332.327146320690.1425429440640.133758568889-1.318155166350.130199108447-0.52781181951.458965937010.279340525339-0.06503790199880.1931608766040.329354923812-0.03092485526940.1967909202220.2676261276190.02621215794770.712577852648-53.2747979666-13.36024280240.60837958066
93.12936509706-1.082107707620.451309499464.659768543030.404808107670.3129800108450.06662373732750.496420285815-0.80537277338-0.30920822755-0.2796810223590.8627865582420.0871242660813-0.3905703652370.2928962764280.3569145856530.00383154566411-0.05934399808130.401189851913-0.09953088673930.609189670219-48.4593856539-15.4928637093-8.77690575592
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 325 through 341 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 342 through 377 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 378 through 406 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 407 through 475 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 476 through 500 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 501 through 547 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 548 through 569 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 570 through 589 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 590 through 613 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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