PDB-6zef: Structure of PP1(7-300) bound to Phactr1 (516-580) at pH 5.25

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zef

タイトル

Structure of PP1(7-300) bound to Phactr1 (516-580) at pH 5.25

要素

Phosphatase and actin regulator
Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

キーワード

HYDROLASE / PP1 / Phosphatase / Phactr / RPEL

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / protein phosphatase type 1 complex / dendrite arborization / glycogen granule / protein phosphatase 1 binding / regulation of neuron migration / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / regulation of translational initiation in response to stress / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand ...regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / protein phosphatase type 1 complex / dendrite arborization / glycogen granule / protein phosphatase 1 binding / regulation of neuron migration / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / regulation of translational initiation in response to stress / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / actomyosin structure organization / regulation of canonical Wnt signaling pathway / dephosphorylation / protein phosphatase inhibitor activity / protein serine/threonine phosphatase activity / branching morphogenesis of an epithelial tube / histone H2AXS139 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / glycogen metabolic process / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / Triglyceride catabolism / stress fiber assembly / entrainment of circadian clock by photoperiod / Maturation of hRSV A proteins / phosphatase activity / telomere maintenance in response to DNA damage / phosphoprotein phosphatase activity / DARPP-32 events / transition metal ion binding / positive regulation of glycogen biosynthetic process / ribonucleoprotein complex binding / protein dephosphorylation / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / adherens junction / cell motility / lung development / circadian regulation of gene expression / response to lead ion / regulation of circadian rhythm / cerebral cortex development / : / presynapse / actin binding / actin cytoskeleton organization / dendritic spine / perikaryon / iron ion binding / cell division / synapse / nucleolus / glutamatergic synapse / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Mouilleron, S. / Treisman, R. / Fedoryshchak, R. / Lee, R. / Butler, A.M. / Prechova, M.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Molecular basis for substrate specificity of the Phactr1/PP1 phosphatase holoenzyme.
著者: Fedoryshchak, R.O. / Prechova, M. / Butler, A. / Lee, R. / O'Reilly, N. / Flynn, H.R. / Snijders, A.P. / Eder, N. / Ultanir, S. / Mouilleron, S. / Treisman, R.

履歴

登録	2020年6月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zef.cif.gz	510.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zef.ent.gz	352.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zef.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/6zef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/6zef	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zeeC 6zegC 6zehC 6zeiC 6zejC 4movS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jax-d 6s32-4 4jiq-d 6kd0-d 6s32-2 5tjs-d 1vyp-d 3cav-2 4uzj-2 4uyw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (3)
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ユビキチン (Ubiquitin)
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カルモジュリン (Calmodulin)
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炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
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核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

B: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

C: Phosphatase and actin regulator

D: Phosphatase and actin regulator

ヘテロ分子

85.6 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

C: Phosphatase and actin regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
42.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

D: Phosphatase and actin regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	47.510, 57.550, 89.614
Angle α, β, γ (deg.)	78.076, 74.673, 81.660
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit / PP-1A 分子量: 34162.148 Da / 分子数: 2 / 変異: N-terminal Vector derived sequence GHMGS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1CA, PPP1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P62136, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質	Phosphatase and actin regulator 分子量: 8257.345 Da / 分子数: 2 / 変異: N-terminal Vector derived sequence GPLGS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHACTR1, hCG_1818446 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4VY12, UniProt: Q9C0D0*PLUS

#1: タンパク質

Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit / PP-1A

分子量: 34162.148 Da / 分子数: 2 / 変異: N-terminal Vector derived sequence GHMGS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1CA, PPP1A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P62136, protein-serine/threonine phosphatase

#2: タンパク質

Phosphatase and actin regulator

分子量: 8257.345 Da / 分子数: 2 / 変異: N-terminal Vector derived sequence GPLGS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHACTR1, hCG_1818446 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4VY12, UniProt: Q9C0D0*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 255分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.25 詳細: 1M LiCl, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.25 and 10 % PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→56.05 Å / Num. obs: 65136 / % possible obs: 98.54 % / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 30.05 Å² / CC_1/2: 0.88 / R_merge(I) obs: 0.1329 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.1414 / Net I/σ(I): 9.77
反射シェル	解像度: 1.94→2.01 Å / R_merge(I) obs: 0.579 / Mean I/σ(I) obs: 2.73 / Num. unique obs: 6061 / CC_1/2: 0.885 / R_pim(I) all: 0.26 / R_rim(I) all: 0.64 / % possible all: 91.97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18_3845	精密化
PHENIX	1.18_3845	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MOV

4mov

解像度: 1.94→56.05 Å / SU ML: 0.182 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.535
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2115	3131	4.81 %
R_work	0.1815	61953	-
obs	0.1829	65084	98.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→56.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5668	0	37	242	5947

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0049	5832
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8414	7874
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0465	859
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	1024
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.4875	2164

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-1.97	0.2776	130	0.2516	2475	X-RAY DIFFRACTION	85.44
1.97-2	0.242	135	0.2188	2774	X-RAY DIFFRACTION	97.29
2-2.04	0.2335	158	0.2129	2875	X-RAY DIFFRACTION	98.89
2.04-2.07	0.218	149	0.1963	2758	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.07-2.11	0.2327	133	0.1873	2802	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.11-2.16	0.2057	124	0.1805	2922	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.16-2.2	0.2218	156	0.1799	2788	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.2-2.26	0.2463	132	0.2023	2836	X-RAY DIFFRACTION	98.7
2.26-2.31	0.2259	167	0.1906	2784	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.31-2.37	0.2353	146	0.1713	2893	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.37-2.44	0.2036	145	0.1818	2788	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.44-2.52	0.2288	144	0.1723	2898	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.52-2.61	0.1882	134	0.176	2853	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.61-2.72	0.2506	117	0.1761	2880	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.72-2.84	0.2146	144	0.1875	2737	X-RAY DIFFRACTION	96.03
2.84-2.99	0.2026	152	0.1784	2859	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.99-3.18	0.2296	134	0.1867	2883	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.18-3.42	0.2073	161	0.1816	2826	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.42-3.77	0.2244	136	0.1768	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-4.31	0.1918	141	0.1656	2883	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-5.43	0.1799	148	0.1591	2759	X-RAY DIFFRACTION	97.71
5.43-56.05	0.2105	145	0.2062	2834	X-RAY DIFFRACTION	98.94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.57660528488	1.23363109079	1.00851997487	2.40356937974	-0.380741291922	0.553855971254	-0.399477850604	0.455207120556	0.533664870918	-0.736269618584	0.298393386795	-0.735359409076	0.170334469459	0.600320914893	-0.111482223072	0.411610777425	0.108806361603	0.086136081551	0.539975143245	-0.141319462021	0.451726020329	27.9350275109	9.1239458375	-13.6524060599
2	0.189363341731	0.0115210929006	-0.0127627217103	0.105889827076	0.0380067774219	0.0309616101198	-0.0280767743196	0.376372890014	0.0874186900925	-0.087095998532	-0.0861005217826	0.294288501779	0.729957900081	-0.208996743031	-0.00281534484002	0.462240611624	-0.019063149255	0.0229613648466	0.305449788799	-0.0237721197126	0.28282744673	12.8265013962	6.34837910497	-6.43871300418
3	0.90175170382	0.00201028071114	0.228098125429	1.45855423531	0.481027779604	0.996889555	-0.0784149064353	0.154200332562	0.156474810134	-0.0432547908643	0.0299872169054	-0.136027196949	0.051698098443	0.318673164027	4.56247756246E-6	0.222700856564	-0.00104525032788	0.00761161195546	0.325376027464	0.0123247803192	0.254195233296	21.0917393093	17.468178526	-3.72563725921
4	0.608495235958	0.0469904670571	0.507836150796	1.66908372856	-0.239632028888	1.77814275791	-0.142576214274	-0.0398925183155	0.214355313773	0.245380628333	0.00821676353663	0.0718830188909	-0.224573722028	-0.0473429755519	7.48963343764E-6	0.285884425535	-0.00438751296055	-0.00910735150073	0.242587948991	-0.0336065660465	0.299998468705	13.7221607531	27.5591685501	7.21119014629
5	0.103926202639	0.0107789468532	-0.0246863824922	0.740601659285	0.445980168598	0.276669722142	-0.191642702134	0.0933924976392	0.333774641359	0.204717186016	-0.216305840419	-0.475659498713	-0.311728488356	0.689212186264	-0.0528673536819	0.314987547133	-0.100574095565	-0.065040875883	0.548816039196	0.110032073748	0.465704653406	31.2365070303	26.8435029448	3.66568649177
6	3.59185552054	-1.09651789802	-1.37950775628	2.02534546976	-0.0896982990623	0.685545954837	-0.392791943586	-0.600223945726	-0.500854757168	0.64119380746	0.213351286607	-0.504054909478	-0.306417706997	0.798276659321	-0.139048354353	0.399269542416	-0.0949835219644	-0.107543406407	0.588910105096	-0.120589382201	0.446077107243	51.5892013879	24.6710406826	54.4376186695
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 7 through 31 )	A	A	7 - 31	1 - 25
2	2	chain 'A' and (resid 32 through 48 )	A	A	32 - 48	26 - 44
3	3	chain 'A' and (resid 49 through 145 )	A	A	49 - 145	45 - 143
4	4	chain 'A' and (resid 146 through 271 )	A	A	146 - 271	144 - 271
5	5	chain 'A' and (resid 272 through 299 )	A	A	272 - 299	272 - 299
6	6	chain 'B' and (resid 7 through 31 )	B	B	7 - 31	1 - 25
7	7	chain 'B' and (resid 32 through 48 )	B	B	32 - 48	26 - 42
8	8	chain 'B' and (resid 49 through 216 )	B	B	49 - 216	43 - 212
9	9	chain 'B' and (resid 217 through 238 )	B	B	217 - 238	213 - 234
10	10	chain 'B' and (resid 239 through 271 )	B	B	239 - 271	235 - 267
11	11	chain 'B' and (resid 272 through 299 )	B	B	272 - 299	268 - 295
12	12	chain 'C' and (resid 512 through 526 )	C	C	512 - 526	1 - 15
13	13	chain 'C' and (resid 527 through 546 )	C	C	527 - 546	16 - 35
14	14	chain 'C' and (resid 547 through 567 )	C	C	547 - 567	36 - 56
15	15	chain 'C' and (resid 568 through 576 )	C	C	568 - 576	57 - 65
16	16	chain 'D' and (resid 512 through 526 )	D	D	512 - 526	1 - 15
17	17	chain 'D' and (resid 527 through 540 )	D	D	527 - 540	16 - 29
18	18	chain 'D' and (resid 541 through 565 )	D	D	541 - 565	30 - 54
19	19	chain 'D' and (resid 566 through 575 )	D	D	566 - 575	55 - 64

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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