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万見
- PDB-6zdx: RIFIN variable region bound to LILRB1 ectodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zdx
タイトルRIFIN variable region bound to LILRB1 ectodomain
要素
  • Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
  • Rifin
キーワードIMMUNE SYSTEM / RIFIN / LILRB1 / inhibitory immune receptor / malaria / infected-erythrocyte / Plasmodium falciparum
機能・相同性
機能・相同性情報


antigenic variation / HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / MHC class Ib protein complex binding / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / MHC class Ib protein binding ...antigenic variation / HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / MHC class Ib protein complex binding / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / MHC class Ib protein binding / MHC class Ib receptor activity / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / MHC class I receptor activity / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of alpha-beta T cell activation / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of serotonin secretion / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / dendritic cell differentiation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / protein phosphatase 1 binding / negative regulation of osteoclast development / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of endocytosis / negative regulation of interferon-beta production / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / positive regulation of macrophage cytokine production / negative regulation of interleukin-10 production / MHC class I protein binding / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of cell cycle / T cell proliferation involved in immune response / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of defense response to virus by host / SH2 domain binding / response to virus / receptor internalization / cytokine-mediated signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of type II interferon production / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to virus / adaptive immune response / membrane => GO:0016020 / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / host cell plasma membrane / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Variant surface antigen Rifin / Rifin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...Variant surface antigen Rifin / Rifin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1 / Rifin / Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Harrison, T.E. / Higgins, M.K.
資金援助1件
組織認可番号国
Wellcome Trust101020/Z/13/Z
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structural basis for RIFIN-mediated activation of LILRB1 in malaria.
著者: Harrison, T.E. / Morch, A.M. / Felce, J.H. / Sakoguchi, A. / Reid, A.J. / Arase, H. / Dustin, M.L. / Higgins, M.K.
履歴
登録2020年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年11月25日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rifin
B: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8695
ポリマ－62,0022
非ポリマー8673
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area26610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.507, 134.507, 277.468
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Rifin


分子量: 14174.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1254800 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I4N9
#2: タンパク質 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1


分子量: 47827.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LILRB1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0G2JQ46, UniProt: Q8NHL6*PLUS
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM ammonium acetate, 100 mM HEPES pH 7.5, 25 % v/v isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→277.47 Å / Num. obs: 30613 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.7 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / Num. unique obs: 4346 / CC1/2: 0.76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EWA, 4LL9

6ewa

4ll9


解像度: 3→89.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU R Cruickshank DPI: 0.359 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.358 / SU Rfree Blow DPI: 0.264 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.267
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1497 4.91 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.235 30517 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 264.52 Å2 / Biso mean: 120.43 Å2 / Biso min: 72.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.308 Å20 Å20 Å2
2---11.308 Å20 Å2
3---22.616 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→89.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3849 0 56 0 3905
Biso mean--176.03 --
残基数----496
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1357SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes672HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3956HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion524SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4415SEMIHARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4016HARMONIC20.011
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5480HARMONIC21.25
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.4
LS精密化 シェル解像度: 3→3.02 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2418 37 6.06 %
Rwork0.2675 574 -
all-611 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.38740.24050.43360.304-0.329100.0633-0.04730.0054-0.0059-0.05390.1419-0.01990.0902-0.00940.0338-0.1984-0.02040.0590.0069-0.0344-10.86-51.5697-8.6181
20.09370.04590.09340.0217-0.10440.0751-0.1370.0370.07340.02960.00350.06960.06640.08050.13350.0938-0.0782-0.1556-0.0380.07620.003127.393-33.2619-8.9475
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A163 - 262
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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