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- PDB-4b3v: Crystal structure of the Rubella virus glycoprotein E1 in its pos... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4b3v | ||||||
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Title | Crystal structure of the Rubella virus glycoprotein E1 in its post-fusion form crystallized in presence of 20mM of Calcium Acetate | ||||||
![]() | E1 ENVELOPE GLYCOPROTEIN | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / ENVELOPE GLYCOPROTEIN / MEMBRANE FUSION | ||||||
Function / homology | ![]() T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vaney, M.C. / DuBois, R.M. / Tortorici, M.A. / Rey, F.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Functional and Evolutionary Insight from the Crystal Structure of Rubella Virus Protein E1. Authors: Dubois, R.M. / Vaney, M.C. / Tortorici, M.A. / Kurdi, R.A. / Barba-Spaeth, G. / Krey, T. / Rey, F.A. #1: ![]() Title: The Fusion Glycoprotein Shell of Semliki Forest Virus: An Icosahedral Assembly Primed for Fusogenic Activation at Endosomal Ph. Authors: Lescar, J. / Roussel, A. / Wien, M.W. / Navaza, J. / Fuller, S.D. / Wengler, G. / Wengler, G. / Rey, F.A. #2: ![]() Title: Conformational Change and Protein-Protein Interactions of the Fusion Protein of Semliki Forest Virus. Authors: Gibbons, D.L. / Vaney, M. / Roussel, A. / Vigouroux, A. / Reilly, B. / Lepault, J. / Kielian, M. / Rey, F.A. #3: ![]() Title: Structure and Interactions at the Viral Surface of the Envelope Protein E1 of Semliki Forest Virus. Authors: Roussel, A. / Lescar, J. / Vaney, M. / Wengler, G. / Wengler, G. / Rey, F.A. #4: ![]() Title: Structure of a Flavivirus Envelope Glycoprotein in its Low-Ph-Induced Membrane Fusion Conformation. Authors: Bressanelli, S. / Stiasny, K. / Allison, S.L. / Stura, E.A. / Duquerroy, S. / Lescar, J. / Heinz, F.X. / Rey, F.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4adgC ![]() 4adiSC ![]() 4adjC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 50573.352 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: ECTODOMAIN, RESIDUES 583-1018 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Sugars , 2 types, 6 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NGA.gif)
![](data/chem/img/NGA.gif)
#2: Sugar | ChemComp-NAG / #3: Sugar | |
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-Non-polymers , 7 types, 1162 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Chemical | ChemComp-PG4 / | #7: Chemical | ChemComp-PEG / #8: Chemical | ChemComp-NA / | #9: Chemical | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Nonpolymer details | CALCIUM ION (CA): THE CALCIUM IONS ARE BONDED TO RESIDUES AT THE FUSION LOOPS OF THREE PROTOMERS. ...CALCIUM ION (CA): THE CALCIUM IONS ARE BONDED TO RESIDUES AT THE FUSION LOOPS OF THREE PROTOMERS. SODIUM ION (NA): THE SODIUM ION IS BONDED TO RESIDUES AT THE FUSION LOOPS OF ONE PROTOMER. GLYCEROL (GOL): E1 PROTEIN WAS CRYSTALLIZ |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 59 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 1-6% PEG 4K, 100 MM NAHEPES PH 8, 25% GLYCEROL, 20 MM CA(OAC)2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Jul 2, 2010 / Details: DYNAMICALLY BENDABLE |
Radiation | Monochromator: DOUBLE-CRYSTAL FIXED-EXIT / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.98→43.72 Å / Num. obs: 135009 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 29.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.98→2.08 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 81.5 |
-
Processing
Software |
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Displacement parameters | Biso mean: 33.11 Å2
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Refine LS restraints |
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Refinement TLS group |
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