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Yorodumi- PDB-4adi: Crystal structure of the Rubella virus envelope glycoprotein E1 i... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4adi | ||||||
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Title | Crystal structure of the Rubella virus envelope glycoprotein E1 in post-fusion form (crystal form I) | ||||||
Components | E1 ENVELOPE GLYCOPROTEIN | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / MEMBRANE FUSION | ||||||
Function / homology | Function and homology information T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | RUBELLA VIRUS | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SIRAS / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | DuBois, R.M. / Vaney, M.C. / Tortorici, M.A. / Al Kurdi, R. / Barba-Spaeth, G. / Rey, F.A. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2013 Title: Functional and Evolutionary Insight from the Crystal Structure of Rubella Virus Protein E1. Authors: Dubois, R.M. / Vaney, M.C. / Tortorici, M.A. / Kurdi, R.A. / Barba-Spaeth, G. / Krey, T. / Rey, F.A. #1: Journal: Nature / Year: 2004 Title: Conformational Change and Protein-Protein Interactions of the Fusion Protein of Semliki Forest Virus. Authors: Gibbons, D.L. / Vaney, M. / Roussel, A. / Vigouroux, A. / Reilly, B. / Lepault, J. / Kielian, M. / Rey, F.A. #2: Journal: Cell(Cambridge,Mass.) / Year: 2001 Title: The Fusion Glycoprotein Shell of Semliki Forest Virus: An Icosahedral Assembly Primed for Fusogenic Activation at Endosomal Ph. Authors: Lescar, J. / Roussel, A. / Wien, M.W. / Navaza, J. / Fuller, S.D. / Wengler, G. / Wengler, G. / Rey, F.A. #3: Journal: Structure / Year: 2006 Title: Structure and Interactions at the Viral Surface of the Envelope Protein E1 of Semliki Forest Virus. Authors: Roussel, A. / Lescar, J. / Vaney, M. / Wengler, G. / Wengler, G. / Rey, F.A. #4: Journal: Embo J. / Year: 2004 Title: Structure of a Flavivirus Envelope Glycoprotein in its Low-Ph-Induced Membrane Fusion Conformation. Authors: Bressanelli, S. / Stiasny, K. / Allison, S.L. / Stura, E.A. / Duquerroy, S. / Lescar, J. / Heinz, F.X. / Rey, F.A. | ||||||
History |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4adi.cif.gz | 530 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4adi.ent.gz | 442.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4adi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4adi_validation.pdf.gz | 531.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4adi_full_validation.pdf.gz | 541.5 KB | Display | |
Data in XML | 4adi_validation.xml.gz | 63.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4adi_validation.cif.gz | 95.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/4adi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/4adi | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 50573.352 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: ECTODOMAIN, UNP RESIDUES 583-1018 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: POLYPROTEIN FRAGMENT RESIDUES 1-435 / Source: (gene. exp.) RUBELLA VIRUS / Strain: M33 / Plasmid: PMT MODIFIED INVITROGEN / Cell line (production host): SCHNEIDER 2 / Production host: DROSOPHILA MELANOGASTER (fruit fly) / References: UniProt: P08563 |
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-Sugars , 2 types, 12 molecules
#2: Sugar | ChemComp-NAG / #7: Sugar | ChemComp-NGA / |
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-Non-polymers , 5 types, 1576 molecules
#3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Chemical | ChemComp-PEG / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Nonpolymer details | NA (NA): THE SODIUM IONS ARE BONDED TO RESIDUES AT THE FUSION LOOPS. GLYCEROL (GOL): E1 PROTEIN WAS ...NA (NA): THE SODIUM IONS ARE BONDED TO RESIDUES AT THE FUSION LOOPS. GLYCEROL (GOL): E1 PROTEIN WAS CRYSTALLIZ |
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Sequence details | ECTODOMAIN OF E1 FROM AMINO ACIDS FROM 1 (583 IN POLYPROTEIN) TO 436 (1018 IN POLYPROTEIN) WITH THE ...ECTODOMAIN |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 1-3% PEG 4K, 0.1M NAHEPES PH7.5-8, 30% GLYCEROL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 2, 2007 / Details: DYNAMICALLY BENDABLE |
Radiation | Monochromator: DOUBLE-CRYSTAL FIXED-EXIT / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.78→45.3 Å / Num. obs: 188417 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 27.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.78→1.87 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 88.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SIRAS Starting model: NONE Resolution: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9613 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9551 / SU R Cruickshank DPI: 0.087 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.093 / SU Rfree Blow DPI: 0.086 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.083 Details: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=NA. NUMBER OF ATOM WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=11659. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. ...Details: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=NA. NUMBER OF ATOM WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=11659. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=3.
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Displacement parameters | Biso mean: 30.15 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.189 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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