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Yorodumi- PDB-4adg: Crystal structure of the Rubella virus envelope Glycoprotein E1 i... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4adg | ||||||
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Title | Crystal structure of the Rubella virus envelope Glycoprotein E1 in post-fusion form (crystal form II) | ||||||
Components | E1 ENVELOPE GLYCOPROTEIN | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / MEMBRANE FUSION | ||||||
Function / homology | Function and homology information T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | RUBELLA VIRUS | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.18 Å | ||||||
Authors | DuBois, R.M. / Vaney, M.C. / Tortorici, M.A. / Al Kurdi, R. / Barba-Spaeth, G. / Rey, F.A. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2013 Title: Functional and Evolutionary Insight from the Crystal Structure of Rubella Virus Protein E1. Authors: Dubois, R.M. / Vaney, M.C. / Tortorici, M.A. / Kurdi, R.A. / Barba-Spaeth, G. / Krey, T. / Rey, F.A. #1: Journal: Nature / Year: 2004 Title: Conformational Change and Protein-Protein Interactions of the Fusion Protein of Semliki Forest Virus. Authors: Gibbons, D.L. / Vaney, M. / Roussel, A. / Vigouroux, A. / Reilly, B. / Lepault, J. / Kielian, M. / Rey, F.A. #2: Journal: Cell(Cambridge,Mass.) / Year: 2001 Title: The Fusion Glycoprotein Shell of Semliki Forest Virus: An Icosahedral Assembly Primed for Fusogenic Activation at Endosomal Ph. Authors: Lescar, J. / Roussel, A. / Wien, M.W. / Navaza, J. / Fuller, S.D. / Wengler, G. / Wengler, G. / Rey, F.A. #3: Journal: Structure / Year: 2006 Title: Structure and Interactions at the Viral Surface of the Envelope Protein E1 of Semliki Forest Virus. Authors: Roussel, A. / Lescar, J. / Vaney, M. / Wengler, G. / Wengler, G. / Rey, F.A. #4: Journal: Embo J. / Year: 2004 Title: Structure of a Flavivirus Envelope Glycoprotein in its Low-Ph-Induced Membrane Fusion Conformation. Authors: Bressanelli, S. / Stiasny, K. / Allison, S.L. / Stura, E.A. / Duquerroy, S. / Lescar, J. / Heinz, F.X. / Rey, F.A. | ||||||
History |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4adg.cif.gz | 523.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4adg.ent.gz | 428.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4adg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4adg_validation.pdf.gz | 516.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4adg_full_validation.pdf.gz | 523.9 KB | Display | |
Data in XML | 4adg_validation.xml.gz | 57.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4adg_validation.cif.gz | 85.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/4adg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/4adg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4adiC 4adjC 4b3vC 4ad1S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 50573.352 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: ECTODOMAIN, UNP RESIDUES 583-1017 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: POLYPROTEIN FRAGMENT / Source: (gene. exp.) RUBELLA VIRUS / Strain: M33 / Plasmid: PMT MODIFIED INVITROGEN / Cell line (production host): SCHNEIDER 2 / Production host: DROSOPHILA MELANOGASTER (fruit fly) / References: UniProt: P08563 |
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-Sugars , 2 types, 5 molecules
#2: Sugar | ChemComp-NAG / #7: Sugar | ChemComp-NGA / | |
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-Non-polymers , 6 types, 1171 molecules
#3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-CL / | #8: Chemical | ChemComp-PEG / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Nonpolymer details | CHLORIDE ION (CL): THIS CHLORIDE ION IS LOCATED ON THE PSEUDO 3-FOLD AXIS OF THE E1 TRIMER. CALCIUM ...CHLORIDE ION (CL): THIS CHLORIDE ION IS LOCATED ON THE PSEUDO 3-FOLD AXIS OF THE E1 TRIMER. CALCIUM ION (CA): THE CALCIUM IONS ARE BONDED TO RESIDUES AT THE FUSION LOOPS. GLYCEROL (GOL): E1 PROTEIN WAS CRYSTALLIZ |
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Sequence details | ECTODOMAIN OF E1 FROM AMINO ACIDS FROM 1 (583 IN POLYPROTEIN) TO 436 (1018 IN POLYPROTEIN) WITH THE ...ECTODOMAIN |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 2-3% PEG4000, 100MM HEPES PH 7.5-8.0, 30% GLYCEROL. E1 PROTEIN WAS SOAKED WITH 25MM OF GALACTOSE 3-SULFATE (GAL3S, HEAD GROUP OF SULFATIDE) DURING ONE WEEK. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1.008 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 23, 2008 / Details: DYNAMICALLY BENDABLE |
Radiation | Monochromator: DOUBLE-CRYSTAL FIXED-EXIT / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.008 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.18→45.34 Å / Num. obs: 104002 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 19.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.18→2.3 Å / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 97.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4AD1 Resolution: 2.18→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9449 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9335 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 Details: DISORDERED REGIONS 210-212 WERE NOT MODELED FOR THE A,B,C CHAINS.
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Displacement parameters | Biso mean: 29.92 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.18→20 Å
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LS refinement shell | Resolution: 2.18→2.24 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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