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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zdc | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the catalytic domain of human endo-alpha-mannosidase MANEA in complex with nickel | |||||||||||||||
![]() | Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase | |||||||||||||||
![]() | HYDROLASE / Golgi / mannosidase / retaining | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase / glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase activity / N-glycan trimming and elongation in the cis-Golgi / alpha-mannosidase activity / Golgi membrane / Golgi apparatus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. ...Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. / Alonzi, D.S. / Williams, S.J. / Davies, G.J. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of human endo-alpha-1,2-mannosidase (MANEA), an antiviral host-glycosylation target. 著者: Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. / Alonzi, D.S. / Williams, S.J. / Davies, G.J. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6zdfC ![]() 6zdkC ![]() 6zdlC ![]() 6zfaC ![]() 6zfnC ![]() 6zfqC ![]() 6zj1C ![]() 6zj5C ![]() 6zj6C ![]() 5m17S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44783.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SRI9, glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NI / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM MIB buffer, pH 6.0. Protein at 5.5 mg/ml in 50 mM potassium phosphate, 50 mM KCl. 150 nl protein solution and 150 nl reservoir solution. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→135.92 Å / Num. obs: 21876 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 40.95 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.21 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.872 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1648 / CC1/2: 0.345 / Rpim(I) all: 0.75 / Rrim(I) all: 2.029 / % possible all: 84.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5M17 解像度: 2.251→73.103 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.223 / WRfactor Rwork: 0.171 / Average fsc free: 0.8875 / Average fsc work: 0.9025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.199 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.23 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.251→73.103 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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