PDB-6zdc: Structure of the catalytic domain of human endo-alpha-mannosidase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zdc

タイトル

Structure of the catalytic domain of human endo-alpha-mannosidase MANEA in complex with nickel

要素

Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase

キーワード

HYDROLASE / Golgi / mannosidase / retaining

機能・相同性

機能・相同性情報

glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase / glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase activity / N-glycan trimming and elongation in the cis-Golgi / alpha-mannosidase activity / Golgi membrane / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.251 Å

データ登録者

Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. ...

資金援助

英国,

オーストラリア, 4件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	322942	英国
Australian Research Council (ARC)	DP120101396	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	FT130100103	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	DP180101957	オーストラリア

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structure of human endo-alpha-1,2-mannosidase (MANEA), an antiviral host-glycosylation target.
著者: Sobala, L.F. / Fernandes, P.Z. / Hakki, Z. / Thompson, A.J. / Howe, J.D. / Hill, M. / Zitzmann, N. / Davies, S. / Stamataki, Z. / Butters, T.D. / Alonzi, D.S. / Williams, S.J. / Davies, G.J.

履歴

登録	2020年6月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年1月20日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zdc.cif.gz	93.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zdc.ent.gz	67.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zdc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/6zdc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/6zdc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zdfC 6zdkC 6zdlC 6zfaC 6zfnC 6zfqC 6zj1C 6zj5C 6zj6C 5m17S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wrt-2 6s0g-d 6kd0-d 5n3f-d 6a82-2 4rnx-1 4jbc-2 4c6e-d 3wrz-2 2x78-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.4288341 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

44.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.467, 86.535, 135.916
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase / hEndo / Mandaselin 分子量: 44783.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MANEA / プラスミド: pCold-I / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q5SRI9, glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM MIB buffer, pH 6.0. Protein at 5.5 mg/ml in 50 mM potassium phosphate, 50 mM KCl. 150 nl protein solution and 150 nl reservoir solution.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→135.92 Å / Num. obs: 21876 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 40.95 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.2 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.21 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 1.872 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1648 / CC_1/2: 0.345 / R_pim(I) all: 0.75 / R_rim(I) all: 2.029 / % possible all: 84.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS	1.4.1-gba385ba-release	データ削減
Aimless	0.5.31	データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5M17

5m17

解像度: 2.251→73.103 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.223 / WR_factor R_work: 0.171 / Average fsc free: 0.8875 / Average fsc work: 0.9025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.199 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2234	1106	5.069 %	RANDOM
R_work	0.1769	20711	-	-
all	0.179	-	-	-
obs	-	21817	97.764 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.734 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.644 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.378 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.251→73.103 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2877	0	1	183	3061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	3007
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	2628
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.889	1.655	4097
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.341	1.575	6121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.494	5	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.041	21.916	167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.072	15	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.786	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	377
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3371
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	684
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	634
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.112	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.208	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.246	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.412	5.002	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.408	4.998	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.338	7.478	1759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.337	7.482	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.47	5.195	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.469	5.198	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.529	7.678	2333
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.527	7.681	2334
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.161	56.539	3584
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.116	56.455	3561

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.251-2.31	0.344	66	0.336	1231	X-RAY DIFFRACTION	81.0625
2.31-2.373	0.326	83	0.309	1353	X-RAY DIFFRACTION	91.1746
2.373-2.442	0.312	72	0.288	1444	X-RAY DIFFRACTION	97.8696
2.442-2.517	0.279	68	0.244	1396	X-RAY DIFFRACTION	99.3216
2.517-2.599	0.244	85	0.216	1371	X-RAY DIFFRACTION	100
2.599-2.69	0.271	60	0.211	1343	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.792	0.283	77	0.204	1290	X-RAY DIFFRACTION	99.9269
2.792-2.906	0.279	79	0.187	1222	X-RAY DIFFRACTION	99.9232
2.906-3.035	0.24	59	0.183	1181	X-RAY DIFFRACTION	100
3.035-3.183	0.225	78	0.172	1155	X-RAY DIFFRACTION	100
3.183-3.355	0.226	43	0.16	1101	X-RAY DIFFRACTION	100
3.355-3.559	0.236	56	0.189	1024	X-RAY DIFFRACTION	100
3.559-3.804	0.228	54	0.173	993	X-RAY DIFFRACTION	100
3.804-4.109	0.236	41	0.165	924	X-RAY DIFFRACTION	99.7932
4.109-4.5	0.19	40	0.13	848	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5-5.031	0.161	32	0.113	786	X-RAY DIFFRACTION	99.7561
5.031-5.808	0.194	45	0.128	679	X-RAY DIFFRACTION	100
5.808-7.11	0.167	27	0.146	601	X-RAY DIFFRACTION	100
7.11-10.041	0.153	23	0.133	480	X-RAY DIFFRACTION	100
10.041-73.103	0.142	18	0.213	289	X-RAY DIFFRACTION	99.3528

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関連情報:EMDBヘッダ

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