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万見
- PDB-2x78: Human foamy virus integrase - catalytic core. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x78
タイトルHuman foamy virus integrase - catalytic core.
要素INTEGRASE
キーワードVIRAL PROTEIN / RETROVIRAL INTEGRASE / DNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / DNA INTEGRATION / ASPARTYL PROTEASE / DNA RECOMBINATION / TRANSFERASE / NUCLEASE / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / DNA integration / virion component / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity ...ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / DNA integration / virion component / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / proteolysis / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase ...Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN SPUMARETROVIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Rety, S. / Delelis, O. / Rezabkova, L. / Dubanchet, B. / Legrand, P. / Silhan, J. / Lewit-Bentley, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structural Studies of the Catalytic Core of the Primate Foamy Virus (Pfv-1) Integrase
著者: Rety, S. / Rezabkova, L. / Dubanchet, B. / Silhan, J. / Legrand, P. / Lewit-Bentley, A.
履歴
登録2010年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references / Other ...Database references / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTEGRASE
B: INTEGRASE
C: INTEGRASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5713
ポリマ－67,5713
非ポリマー00
水6,521362
1
A: INTEGRASE
B: INTEGRASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0472
ポリマ－45,0472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-10.5 kcal/mol
Surface area16030 Å2
手法PISA
2
C: INTEGRASE

C: INTEGRASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0472
ポリマ－45,0472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area3720 Å2
ΔGint-15.3 kcal/mol
Surface area15970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.800, 98.040, 240.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 INTEGRASE / IN / P42IN / PFV INTEGRASE


分子量: 22523.686 Da / 分子数: 3 / 断片: CATALYTIC CORE, RESIDUES 861-1060 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HUMAN SPUMARETROVIRUS (ウイルス) / 株: HSRV2 / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14350
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE DIFFERENCE R71K (WHICH IS R180K IN THE NEW NUMBERING) IS DUE TO A DIFFERENCE IN THE PFV-POL ...THE DIFFERENCE R71K (WHICH IS R180K IN THE NEW NUMBERING) IS DUE TO A DIFFERENCE IN THE PFV-POL CDNA SEQUENCE THAT WAS USED TO CLONE THE CATALYTIC CORE.R180K MUTATION IN CDNA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.8 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM SODIUM CITRATE, PH=5, 14% PEG 8000, 10% GLUCOSE, 5% MPD, 4MG/ML PROTEIN

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) CHANNEL-CUT CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.02 Å / Num. obs: 38236 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 26.586 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 53.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X74

2x74


解像度: 2→49.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 5.66 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27208 1910 5 %RANDOM
Rwork0.21187 ---
obs0.21485 36271 91.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.487 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→49.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4239 0 0 362 4601
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224377
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2171.9755961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4375522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.43323.278180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.39815737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8451525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2352.52659
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1853.54349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.22841718
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4725.51612
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 51 -
Rwork0.305 1073 -
obs--36.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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