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- PDB-6zbv: Inward-open structure of human glycine transporter 1 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zbv
タイトルInward-open structure of human glycine transporter 1 in complex with a benzoylisoindoline inhibitor and sybody Sb_GlyT1#7
要素
  • Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1,Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1
  • Sybody Sb_GlyT1#7
キーワードMEMBRANE PROTEIN / secondary active transport / neurotransmitter-sodium symport / amino acid transport / SLC6A9 / inward open state / inhibitor bound complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine:sodium symporter activity / regulation of synaptic transmission, glycinergic / glycine transmembrane transporter activity / negative regulation of NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of heme biosynthetic process / glycine import across plasma membrane / glycine transport / synaptic transmission, glycinergic / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / dense core granule ...glycine:sodium symporter activity / regulation of synaptic transmission, glycinergic / glycine transmembrane transporter activity / negative regulation of NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of heme biosynthetic process / glycine import across plasma membrane / glycine transport / synaptic transmission, glycinergic / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / dense core granule / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / parallel fiber to Purkinje cell synapse / neurotransmitter transport / transport across blood-brain barrier / lateral plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / basal plasma membrane / synaptic vesicle membrane / presynaptic membrane / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / postsynaptic density / endosome / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter, glycine, type 1 / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QET / Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Shahsavar, A. / Stohler, P. / Bourenkov, G. / Zimmermann, I. / Siegrist, M. / Guba, W. / Pinard, E. / Sinning, S. / Seeger, M.A. / Schneider, T.R. ...Shahsavar, A. / Stohler, P. / Bourenkov, G. / Zimmermann, I. / Siegrist, M. / Guba, W. / Pinard, E. / Sinning, S. / Seeger, M.A. / Schneider, T.R. / Dawson, R.J.P. / Nissen, P.
資金援助 デンマーク, スイス, ドイツ, 4件
組織認可番号国
Novo Nordisk Foundation デンマーク
Lundbeckfonden デンマーク
Roche スイス
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND664726 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the inhibition of glycine reuptake.
著者: Shahsavar, A. / Stohler, P. / Bourenkov, G. / Zimmermann, I. / Siegrist, M. / Guba, W. / Pinard, E. / Sinning, S. / Seeger, M.A. / Schneider, T.R. / Dawson, R.J.P. / Nissen, P.
履歴
登録2020年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1,Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1
B: Sybody Sb_GlyT1#7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6733
ポリマ－78,1052
非ポリマー5671
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area27950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.170, 58.140, 122.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.380, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1,Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1 / GlyT1 / Solute carrier family 6 member 9


分子量: 64801.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC6A9 / プラスミド: pCDNA3.1 / Cell (発現宿主): HEK293
発現宿主: Mammalian expression vector EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他)
参照: UniProt: P48067
#2: 抗体 Sybody Sb_GlyT1#7


分子量: 13303.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-QET / [5-fluoranyl-6-(oxan-4-yloxy)-1,3-dihydroisoindol-2-yl]-[5-methylsulfonyl-2-[2,2,3,3,3-pentakis(fluoranyl)propoxy]phenyl]methanone


分子量: 567.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H23F6NO6S
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.89 %
解説: Crystals appeared in 3-10 days with the longest dimension of 2-5 um.
結晶化温度: 292.75 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: 0.1M ADA pH 7, 13-25% PEG600, 4-14% v/v-1,3-Butanediol

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
31001N
41001N
51001N
61001N
71001N
81001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)10.9801
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)20.9801
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)30.9801
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)40.9801
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)50.9801
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)60.9801
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)70.9801
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)80.9801
検出器
タイプID検出器日付詳細
DECTRIS EIGER X 16M1PIXEL2019年10月5日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M2PIXEL2019年10月4日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M3PIXEL2019年9月21日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M4PIXEL2019年9月19日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M5PIXEL2019年8月7日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M6PIXEL2019年8月6日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M7PIXEL2019年7月14日Mirrors
DECTRIS EIGER X 16M8PIXEL2019年6月30日Mirrors
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
4SINGLE WAVELENGTHMx-ray4
5SINGLE WAVELENGTHMx-ray5
6SINGLE WAVELENGTHMx-ray6
7SINGLE WAVELENGTHMx-ray7
8SINGLE WAVELENGTHMx-ray8
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.98011
21
31
41
51
61
71
81
反射解像度: 3.4→30 Å / Num. obs: 12641 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 103.12 Å2 / CC1/2: 0.985 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.42 / Rpim(I) all: 0.1225 / Rrim(I) all: 0.44 / Net I/σ(I): 6.57
反射 シェル解像度: 3.4→3.5 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 2.688 / Mean I/σ(I) obs: 1.69 / Num. unique obs: 1232 / CC1/2: 0.541 / CC star: 0.838 / Rpim(I) all: 0.7956 / Rrim(I) all: 2.809 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (6-FEB-2020)精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4us3, 6dzz

4us3

6dzz


解像度: 3.4→29.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.547
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2585 633 5.01 %RANDOM
Rwork0.2144 ---
obs0.2166 12641 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 196.18 Å2 / Biso mean: 113.5 Å2 / Biso min: 77.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.7653 Å20 Å217.4019 Å2
2--3.4775 Å20 Å2
3---0.2879 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→29.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5222 0 61 0 5283
Biso mean--127.27 --
残基数----659
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3011SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1605HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5429HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion672SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7457SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d10559HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg18959HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.82
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.87
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.44 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 21 5.15 %
Rwork0.2121 387 -
all0.2148 408 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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