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- PDB-6zba: Crystal structure of PDE4D2 in complex with inhibitor LEO39652 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zba
タイトルCrystal structure of PDE4D2 in complex with inhibitor LEO39652
要素cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / phosphodiesterase (ホスホジエステラーゼ) / phosphodiesterase inhibitor (ホスホジエステラーゼ阻害薬)
機能・相同性
機能・相同性情報


signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / beta-2 adrenergic receptor binding / voltage-gated calcium channel complex / positive regulation of heart rate / heterocyclic compound binding / adrenergic receptor signaling pathway / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / calcium channel regulator activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cAMP binding / cellular response to cAMP / cellular response to epinephrine stimulus / calcium channel complex / positive regulation of interleukin-2 production / cAMP-mediated signaling / regulation of heart rate / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / ATPase binding / G alpha (s) signalling events / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / apical plasma membrane / 中心体 / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QDT / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase 4D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Akutsu, M. / Hakansson, M. / Welin, M. / Svensson, A. / Logan, D.T. / Sorensen, M.D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery and Early Clinical Development of Isobutyl 1-[8-Methoxy-5-(1-oxo-3 H -isobenzofuran-5-yl)-[1,2,4]triazolo[1,5- a ]pyridin-2-yl]cyclopropanecarboxylate (LEO 39652), a Novel ...タイトル: Discovery and Early Clinical Development of Isobutyl 1-[8-Methoxy-5-(1-oxo-3 H -isobenzofuran-5-yl)-[1,2,4]triazolo[1,5- a ]pyridin-2-yl]cyclopropanecarboxylate (LEO 39652), a Novel "Dual-Soft" PDE4 Inhibitor for Topical Treatment of Atopic Dermatitis.
著者: Larsen, J. / Lambert, M. / Pettersson, H. / Vifian, T. / Larsen, M. / Ollerstam, A. / Hegardt, P. / Eskilsson, C. / Laursen, S. / Soehoel, A. / Skak-Nielsen, T. / Hansen, L.M. / Knudsen, N.O. ...著者: Larsen, J. / Lambert, M. / Pettersson, H. / Vifian, T. / Larsen, M. / Ollerstam, A. / Hegardt, P. / Eskilsson, C. / Laursen, S. / Soehoel, A. / Skak-Nielsen, T. / Hansen, L.M. / Knudsen, N.O. / Eirefelt, S. / Sorensen, M.D. / Stilou, T.G. / Nielsen, S.F.
履歴
登録2020年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
BBB: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
CCC: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
DDD: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,57048
ポリマ－165,4754
非ポリマー4,09544
水24,2121344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16010 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area51470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.030, 111.866, 159.623
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質
cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D / DPDE3 / PDE43


分子量: 41368.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase

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非ポリマー , 6種, 1388分子

#2: 化合物
ChemComp-QDT / 2-methylpropyl 1-[8-methoxy-5-(1-oxidanylidene-3~{H}-2-benzofuran-5-yl)-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-2-yl]cyclopropane-1-carboxylate


分子量: 421.446 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein stored at 20.6 mg/mL in a storage buffer of 50 mM NaCl, 20 mM Tris HCl (pH 7.5), 1 mM TCEP, 1 mM EDTA. Reservoir was 0.1 M HEPES (pH 7.5), 19% PEG3350, 25% ethylene glycol, 5% 2- ...詳細: Protein stored at 20.6 mg/mL in a storage buffer of 50 mM NaCl, 20 mM Tris HCl (pH 7.5), 1 mM TCEP, 1 mM EDTA. Reservoir was 0.1 M HEPES (pH 7.5), 19% PEG3350, 25% ethylene glycol, 5% 2-propanol, 5% glycerol. Drops were microseeded. Apo crystals were soaked with 0.8 mM LEO39652A for 3 days.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→79.939 Å / Num. obs: 235229 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.481 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 11558 / CC1/2: 0.422 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Y2K

1y2k


解像度: 1.6→79.939 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.751 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.074
詳細: Hydrogens were added in their riding positions for refinement but removed for deposition.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1918 11947 5.083 %
Rwork0.1616 223091 -
all0.163 --
obs-235038 99.938 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.135 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.009 Å2-0 Å20 Å2
2---0.008 Å2-0 Å2
3----0.001 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→79.939 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10650 0 260 1344 12254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01311467
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.591.63515589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5211.58424663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.42351398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.74523.783608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.454152036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9411554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022240
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.22916
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.180.210115
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.25822
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.24379
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2420.21093
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1360.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0240.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2170.236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2430.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2330.247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1572.5895447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1572.5895448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8043.8716856
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8043.8716857
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3192.9596020
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3192.9596021
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9724.2918709
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9714.2918710
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.87433.13514187
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.45532.20813732
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.6420.39310.30216310X-RAY DIFFRACTION99.8552
1.642-1.6870.3078670.28815919X-RAY DIFFRACTION99.8751
1.687-1.7350.2748100.25615522X-RAY DIFFRACTION99.9572
1.735-1.7890.2597690.23515165X-RAY DIFFRACTION99.9498
1.789-1.8470.2457930.21514570X-RAY DIFFRACTION99.9805
1.847-1.9120.2197780.19314121X-RAY DIFFRACTION99.9597
1.912-1.9840.227530.17913633X-RAY DIFFRACTION99.875
1.984-2.0650.1916920.16513212X-RAY DIFFRACTION99.9641
2.065-2.1570.1796360.15412661X-RAY DIFFRACTION99.9774
2.157-2.2620.1826250.14512132X-RAY DIFFRACTION99.9922
2.262-2.3850.1766140.14311574X-RAY DIFFRACTION99.9918
2.385-2.5290.185800.13710870X-RAY DIFFRACTION100
2.529-2.7040.1785410.13310288X-RAY DIFFRACTION99.7513
2.704-2.920.1665410.1349520X-RAY DIFFRACTION99.9305
2.92-3.1990.1714530.1418903X-RAY DIFFRACTION99.9893
3.199-3.5760.1694080.1448047X-RAY DIFFRACTION99.9882
3.576-4.1280.1744020.1477093X-RAY DIFFRACTION100
4.128-5.0530.163450.146043X-RAY DIFFRACTION99.9843
5.053-7.1350.2492610.2094762X-RAY DIFFRACTION99.9801
7.135-79.9390.1931480.1592748X-RAY DIFFRACTION99.7245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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