PDB-6zae: Room temperature XFEL Isopenicillin N synthase structure in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zae

タイトル

Room temperature XFEL Isopenicillin N synthase structure in complex with Fe and ACV under anaerobic conditions.

要素

Isopenicillin N synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Isopenicillin N synthase / oxygen binding / XFEL / time-resolved crystallography

機能・相同性

機能・相同性情報

isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Emericella nidulans (カビ)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K. / Pharm, C. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Aller, P. / Butryn, A. / Linyard, J. / Lang, P. ...

資金援助

英国,

米国, 13件

組織	認可番号	国
Wellcome Trust	106244/Z/14/Z	英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	106244/Z/14/Z	英国
Wellcome Trust	210734/Z/18/Z	英国
Royal Society	RSWF/R2/182017	英国
Wellcome Trust	102593	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	102593	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/S50676X/1	英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM133081	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM117126	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM110501	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM126289	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DOE BES DE-AC02-05CH11231	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DOE BES DE-AC02-76SF00515	米国

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: X-ray free-electron laser studies reveal correlated motion during isopenicillin N synthase catalysis.
著者: Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K.D. / Linyard, J.D.S. / Aller, P. / Pham, C.C. / Makita, H. / Clifton, I. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Shutin, D. / Lang, P.A. / Butryn, A. / ...

履歴

登録	2020年6月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6zae.ent.gz	173.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6zae_validation.pdf.gz	358.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zae_full_validation.pdf.gz	359.3 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/6zae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/6zae	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6y0pC 6zafC 6zagC 6zahC 6zaiC 6zajC 6zalC 6zamC 6zanC 6zaoC 6zapC 6zaqC 6zw8C 1blzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1oc1-d 5tvr-2 5fyh-2 2gp5-1 1w3x-d 2os2-1 5anq-1 2y6f-d 6h4s-3 5fpv-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

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PDBj /

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「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (3)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Isopenicillin N synthase

ヘテロ分子

38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.826, 75.938, 101.944
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Isopenicillin N synthase / IPNS 分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ) 株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: ipnA, ips, AN2622 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACV / L-D-(A-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-D-VALINE / δ-(L-α-アミノアジポイル)-L-システイニル-D-バリン分子量: 363.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₅N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.92 % / 解説: needles - size range 40-60um x 3 um x 3 um
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 8.5 / 詳細: 1.7M Li2SO4, 0.1 M TRIS pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Ambient temp details: room-temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.30179 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.30179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→20.163 Å / Num. obs: 64894 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 40.94 % / B_iso Wilson estimate: 20.1765201759 Å² / CC_1/2: 0.943 / R split: 0.248 / Net I/σ(I): 20.151
反射シェル	解像度: 1.424→1.427 Å / 冗長度: 8.48 % / Num. unique obs: 3172 / R split: 1.427 / % possible all: 99.94
Serial crystallography sample delivery	解説: acoustic droplet tape drive / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection	解説: acoustic droplet tape drive

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
cctbx.xfel		データ削減
PHASER		位相決定
cxi.merge		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BLZ

1blz

解像度: 1.4→20.1624 Å / SU ML: 0.2309 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3252 / 位相誤差: 28.45
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2152	1851	3.0708 %
R_work	0.1771	58427	-
obs	0.1783	60278	93.092 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.4449 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→20.1624 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2599	0	30	189	2818

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0073	2797
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8741	3831
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	403
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	516
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4028	1011

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4001-1.4379	0.4451	51	0.4282	1561	X-RAY DIFFRACTION	32.7842
1.4379-1.4802	0.4766	109	0.3821	3761	X-RAY DIFFRACTION	79.1249
1.4802-1.5279	0.339	149	0.3549	4675	X-RAY DIFFRACTION	98.0488
1.5279-1.5825	0.3524	149	0.329	4719	X-RAY DIFFRACTION	99.3064
1.5825-1.6458	0.3318	153	0.2968	4786	X-RAY DIFFRACTION	99.87867
1.6458-1.7207	0.3318	153	0.2706	4789	X-RAY DIFFRACTION	99.9393
1.7207-1.8114	0.2683	153	0.2391	4809	X-RAY DIFFRACTION	99.9597
1.8114-1.9248	0.2604	152	0.2035	4790	X-RAY DIFFRACTION	99.9393
1.9248-2.0733	0.2176	154	0.166	4818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0733-2.2816	0.1879	153	0.1504	4815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2816-2.6112	0.1868	155	0.1533	4895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6112-3.2875	0.1903	157	0.1564	4896	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2875-20.1624	0.181	163	0.141	5113	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.63120692308	-0.644690264831	-0.817616325206	5.8894725587	4.57916510602	7.18691494087	0.0236619568493	0.228038327137	-0.12076607567	-0.164200465907	-0.0942472780025	0.0338454072628	0.0382108568248	-0.24686827529	0.104477681591	0.104704425461	0.00912972762473	-0.0217120239903	0.178897086888	0.0421049492362	0.101083745476	46.6344232925	78.7286812565	-15.5662060727
2	2.4622554589	0.150528116164	0.981395181627	0.725751823454	-1.13359297421	6.46448914934	0.0259639439747	-0.0851847402728	-0.0943265468539	0.0897544264555	0.205790925462	0.140602671477	0.278623035513	-0.814445338019	-0.285122274583	0.154815687472	0.0364621247949	0.0305076626871	0.1892637696	0.00106792351314	0.181725621545	39.7638159219	75.1129173881	3.32147940244
3	6.66370153726	-0.831827947616	2.83931532841	9.30116474035	-0.126168633976	2.12619553786	0.059917176783	-0.173026957234	-0.242841019496	0.118183651597	0.0359637375462	0.00371911056378	0.30414905247	0.0123660991806	-0.10045421625	0.267772450123	0.0104403844197	-0.00318177052053	0.270572050201	0.00589618450727	0.099178188977	51.7050459093	69.412000551	24.3804997014
4	1.56538997997	-0.901614813817	-0.405907238425	5.83802974385	1.76928173203	2.80558681775	-0.10180653963	-0.191898459623	-0.0748974446255	0.365885546701	0.127144590087	-0.0727705777112	0.448476479013	0.230689160232	-0.0420073726286	0.257680578693	0.0206946572904	-0.0100260451328	0.221625551744	0.0382262839562	0.153342441359	53.259988097	68.6759139221	14.9386474764
5	4.66664388481	-0.90845263251	0.339124081081	2.42864901392	0.332526211317	2.87952120198	-0.101636693554	-0.623271542549	-0.514947039862	0.153610980518	0.0567804944142	0.0282749349103	0.753114825532	0.0463108360737	0.113240088832	0.369631269916	0.0134331116442	-0.017350946066	0.167102507074	0.060178890744	0.180182924019	53.1038702355	60.5560579958	13.2317596986
6	1.25945294267	0.405883863923	-1.13729494583	1.82740719843	-1.47760170397	6.06870795098	-0.0485250017668	0.122033952787	-0.134890737867	-0.0356366186512	0.0517860479845	-0.0045523937714	0.523525675828	-0.0132407614003	0.0299918858062	0.213387076015	0.00900353890007	-0.0214570075583	0.142025361927	-0.0240079536081	0.171217777447	51.8944384566	66.5538874193	-5.07573710973
7	1.77465758731	0.086136866047	-0.405139097386	1.40476512409	0.196792319964	2.4044186645	0.0125294899555	-0.0113723234026	0.126313958499	0.0771421055619	0.0188249569144	0.038701340791	-0.0846612741962	0.0135709549652	-0.039997607492	0.126594260241	0.00819237749864	-0.016539794406	0.142604624942	0.00804708983385	0.145083850616	50.6804802152	85.0238197302	3.92919923881
8	3.21474534234	-0.746672814162	0.8616407056	2.20211217301	-1.77031982899	3.6430980188	0.0780246235075	0.123603839032	0.171454142455	-0.396896409438	-0.299084289473	-0.351651978376	0.340575934423	1.29583128551	0.28045148453	0.258122718067	0.0811684150084	0.0442973847205	0.458504553524	-0.0250929322251	0.230939444133	68.9951581451	73.9015639253	-10.1498935206
9	6.07319929324	-5.40972142658	-5.83405922762	4.96804191672	5.54928175161	6.20504160795	-0.237649485274	-0.428647938472	0.0314836884815	0.30268788281	0.330358059754	0.0896807216893	-0.053072977966	0.632827896291	-0.164337404533	0.243745161464	0.025281050184	-0.0208145353673	0.338191617866	0.049487324648	0.231242480767	63.4735108348	77.1094554623	8.61101852969

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 64 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 65 through 82 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 83 through 114 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 115 through 137 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 138 through 183 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 184 through 286 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 287 through 312 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 313 through 331 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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