PDB-5tvr: JMJD2A in complex with Ni(II) and alpha-Ketoglutarate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tvr

タイトル

JMJD2A in complex with Ni(II) and alpha-Ketoglutarate

要素

Lysine-specific demethylase 4A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / oxidoreductase demethylase monooxygenase epigenetics

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.093 Å

データ登録者

Cascella, B. / Lee, S.G. / Jez, J.M.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2017
タイトル: The small molecule JIB-04 disrupts O2 binding in the Fe-dependent histone demethylase KDM4A/JMJD2A.
著者: Cascella, B. / Lee, S.G. / Singh, S. / Jez, J.M. / Mirica, L.M.

履歴

登録	2016年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月15日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月22日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年4月10日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.7	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tvr.cif.gz	306.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tvr.ent.gz	250.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tvr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tvsC 3rvhS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5vgi-1 5tvs-1 2wwj-2 5tvs-2 6cg1-2 5a7p-2 5a7n-1 2gp5-2 4xdp-1 6g5x-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (4) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (4)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4A

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

84.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.143, 101.122, 149.028
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A 分子量: 41767.543 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-159 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 17.5% PEG-3350 and 0.1 M citrate pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月22日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→35.152 Å / Num. obs: 51526 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 23.7
反射シェル	解像度: 2.09→2.13 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RVH

3rvh

解像度: 2.093→35.152 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2236	2030	3.97 %
R_work	0.1812	-	-
obs	0.1829	51141	52.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.093→35.152 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5702	0	24	360	6086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5930
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.928	8035
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.723	2203
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	823
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1035

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0931-2.1455	0.2522	123	0.2106	2993	X-RAY DIFFRACTION	44
2.1455-2.2034	0.2651	133	0.2155	3199	X-RAY DIFFRACTION	48
2.2034-2.2683	0.2803	134	0.2304	3235	X-RAY DIFFRACTION	48
2.2683-2.3415	0.2691	141	0.205	3396	X-RAY DIFFRACTION	50
2.3415-2.4251	0.2262	142	0.1909	3469	X-RAY DIFFRACTION	51
2.4251-2.5222	0.237	145	0.194	3492	X-RAY DIFFRACTION	52
2.5222-2.637	0.2611	145	0.1946	3512	X-RAY DIFFRACTION	52
2.637-2.7759	0.261	146	0.196	3527	X-RAY DIFFRACTION	52
2.7759-2.9498	0.2344	146	0.2041	3528	X-RAY DIFFRACTION	52
2.9498-3.1774	0.2346	148	0.1864	3569	X-RAY DIFFRACTION	53
3.1774-3.4969	0.2056	146	0.1806	3556	X-RAY DIFFRACTION	53
3.4969-4.0023	0.1876	153	0.1662	3614	X-RAY DIFFRACTION	54
4.0023-5.0401	0.1862	152	0.1411	3760	X-RAY DIFFRACTION	56
5.0401-35.1571	0.2224	176	0.1744	4261	X-RAY DIFFRACTION	63

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3602	0.6397	0.1814	0.8163	0.3681	1.6167	0.1317	0.3622	0.5151	-0.0444	-0.1033	0.242	-0.6223	-0.3416	-0.4719	0.4032	0.2017	0.092	0.2738	-0.0152	0.1577	-8.4734	126.0894	24.865
2	1.8253	-0.6563	-0.0019	2.3891	-0.0791	2.0459	-0.0191	0.3007	-0.1321	-0.1048	0.0107	0.3796	-0.1943	-0.5905	0.0276	0.1779	0.0063	0.0205	0.3356	-0.0498	0.1378	-6.1694	112.6301	18.0558
3	2.1141	1.2053	0.8284	1.3641	0.6275	0.8778	-0.2408	0.3492	-0.5572	-0.2129	-0.1952	0.0377	0.3131	-0.2467	-0.4791	0.1778	-0.2684	-0.0378	0.2026	-0.3154	0.3654	1.8326	94.494	18.4523
4	2.5787	-0.3743	0.1714	2.7002	-0.0256	2.6033	-0.0618	0.1732	-0.1536	-0.042	0.0003	-0.0648	-0.1907	-0.1631	0.0255	0.1324	-0.0342	0.0356	0.1449	-0.0629	0.0646	2.4469	109.7471	22.0032
5	2.6976	0.7587	-0.7098	2.304	-1.7453	2.8274	0.0939	0.1843	0.1796	-0.2179	-0.057	-0.1487	-0.4336	0.0577	-0.0053	0.4221	-0.0621	0.0645	0.2219	0.026	0.2182	13.2132	128.1685	12.9777
6	2.3317	-1.4155	-0.1946	1.4956	0.8377	2.3185	0.0343	0.1809	-0.7009	-0.0453	0.0519	0.6885	0.6911	-0.3122	0.0909	0.4258	-0.2683	-0.1653	0.4234	0.055	0.4512	-32.4775	108.3135	46.0578
7	1.4154	0.5442	0.1436	2.4428	-0.2854	1.0877	0.0299	-0.0019	0.2173	-0.0159	0.2336	0.987	0.1073	-0.585	-0.0617	0.227	-0.0459	0.0393	0.3122	0.0614	0.4398	-31.4333	121.672	53.4265
8	2.5906	-0.7496	-1.1762	0.5877	0.5493	0.6627	0.0205	-0.1083	0.2996	0.0924	0.1843	0.6313	-0.3903	-0.3229	-0.0365	0.2829	0.2821	0.317	0.2377	0.0129	0.5372	-24.0366	140.0273	54.5256
9	3.2913	-1.4284	0.0601	2.7056	-1.6854	1.3201	0.059	0.5333	0.3276	-0.7836	0.2887	1.0294	-0.1818	-0.7434	0.0627	0.3294	0.0481	-0.1183	0.3965	0.1657	0.5049	-27.8405	137.5826	38.4722
10	2.1381	1.1481	-1.9775	1.0302	-1.2481	2.9954	0.0057	0.005	0.1979	0.1222	0.2944	0.7307	0.1083	-0.5421	-0.1868	0.3005	0.0497	0.1209	0.3087	0.0517	0.4407	-28.6324	131.7678	57.0889
11	5.9724	-2.4573	2.8787	1.2512	-0.7063	2.4161	0.1507	-0.6394	-0.2483	0.8035	0.1604	0.7669	0.1582	-0.8112	-0.2342	0.4049	-0.135	0.1134	0.3664	0.0556	0.4058	-29.239	112.3275	65.969
12	1.2028	0.4397	0.3817	2.9687	-0.9651	2.018	0.0314	0.0956	0.169	-0.0268	0.0947	0.243	0.1622	-0.161	-0.1109	0.0573	-0.0001	-0.0082	0.1332	0.003	0.1727	-20.851	123.0989	51.5953
13	2.6138	0.4334	-0.5957	3.8851	-0.6815	3.8542	0.1261	-0.0084	-0.0647	-0.0304	0.1072	-0.6515	-0.2139	0.5621	-0.0167	0.1605	0.0055	0.0271	0.1588	-0.0598	0.2086	-8.7178	126.8361	46.4674
14	1.1782	0.6922	-0.8546	3.3056	-0.5973	1.9504	0.028	0.0017	0.0248	0.0346	0.0554	0.0565	0.2235	-0.1477	-0.0836	0.0967	-0.0312	-0.0271	0.1205	-0.0028	0.1657	-19.8021	118.895	52.8596
15	3.1262	0.1971	-0.2282	1.9502	-0.7693	4.0955	0.0908	-0.0966	-0.7959	-0.0228	-0.144	-0.5276	0.7703	0.4905	0.0964	0.5217	0.0253	-0.0072	0.2813	0.061	0.4638	-12.6348	101.3152	60.1109

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 78 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 79 through 102 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 103 through 293 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 294 through 353 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 7 through 26 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 27 through 78 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 79 through 102 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 103 through 124 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 125 through 144 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 145 through 164 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 165 through 226 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 227 through 252 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 253 through 317 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 318 through 352 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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