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- PDB-6zaf: Room temperature XFEL Isopenicillin N synthase structure in compl... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zaf | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Title | Room temperature XFEL Isopenicillin N synthase structure in complex with Fe and ACV after exposure to dioxygen for 400ms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Isopenicillin N synthase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Isopenicillin N synthase / oxygen binding / XFEL / time-resolved crystallography | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K. / Pharm, C. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Aller, P. / Butryn, A. / Linyard, J. / Lang, P. ...Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K. / Pharm, C. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Aller, P. / Butryn, A. / Linyard, J. / Lang, P. / Brem, J. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Hunter, M.S. / Pettinati, I. / Clifton, I.J. / Alonso-Mori, R. / Gul, S. / Young, I. / Kim, I. / Bhowmick, A. / ORiordan, L. / Brewster, A.S. / Claridge, T.D.W. / Sauter, N.K. / Yachandra, V. / Yano, J. / Kern, J.F. / Orville, A.M. / Schofield, C.J. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: X-ray free-electron laser studies reveal correlated motion during isopenicillin N synthase catalysis. Authors: Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K.D. / Linyard, J.D.S. / Aller, P. / Pham, C.C. / Makita, H. / Clifton, I. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Shutin, D. / Lang, P.A. / Butryn, A. / ...Authors: Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K.D. / Linyard, J.D.S. / Aller, P. / Pham, C.C. / Makita, H. / Clifton, I. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Shutin, D. / Lang, P.A. / Butryn, A. / Brem, J. / Gul, S. / Fuller, F.D. / Kim, I.S. / Cheah, M.H. / Fransson, T. / Bhowmick, A. / Young, I.D. / O'Riordan, L. / Brewster, A.S. / Pettinati, I. / Doyle, M. / Joti, Y. / Owada, S. / Tono, K. / Batyuk, A. / Hunter, M.S. / Alonso-Mori, R. / Bergmann, U. / Owen, R.L. / Sauter, N.K. / Claridge, T.D.W. / Robinson, C.V. / Yachandra, V.K. / Yano, J. / Kern, J.F. / Orville, A.M. / Schofield, C.J. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 171 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 15.1 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6y0pC ![]() 6zaeC ![]() 6zagC ![]() 6zahC ![]() 6zaiC ![]() 6zajC ![]() 6zalC ![]() 6zamC ![]() 6zanC ![]() 6zaoC ![]() 6zapC ![]() 6zaqC ![]() 6zw8C ![]() 1blzS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 37563.836 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / Gene: ipnA, ips, AN2622 / Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#3: Chemical | ChemComp-ACV / |
#4: Chemical | ChemComp-FE2 / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 42.93 % / Description: needles - size range 40-60um x 3 um x 3 um |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: batch mode / pH: 8.5 / Details: 1.7M Li2SO4, 0.1M TRIS pH8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX340-HS / Detector: CCD / Date: Dec 10, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.30167 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.4→20.29 Å / Num. obs: 64896 / % possible obs: 99.95 % / Redundancy: 65.87 % / Biso Wilson estimate: 19.8071644844 Å2 / CC1/2: 0.971 / R split: 0.186 / Net I/σ(I): 25.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.4→1.424 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.243 / Num. unique obs: 3172 / CC1/2: 0.013 / R split: 1.369 / % possible all: 99.94 |
Serial crystallography sample delivery | Method: injection |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1BLZ Resolution: 1.4001→20.2839 Å / SU ML: 0.2247 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.3254 / Phase error: 26.142 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.0587 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.4001→20.2839 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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