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万見
- PDB-6z9w: Human Class I Major Histocompatibility Complex, A02 allele, prese... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z9w
タイトルHuman Class I Major Histocompatibility Complex, A02 allele, presenting LLGWVFAQV
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • LEU-LEU-GLY-TRP-VAL-PHE-ALA-GLN-VAL
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC Class I / A02 allele
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / early endosome membrane / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Man, S. / Redman, J.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust509517 英国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2021
タイトル: Synthetic Peptides with Inadvertent Chemical Modifications Can Activate Potentially Autoreactive T Cells.
著者: Man, S. / Redman, J.E. / Cross, D.L. / Cole, D.K. / Can, I. / Davies, B. / Hashimdeen, S.S. / Reid, R. / Llewellyn-Lacey, S. / Miners, K.L. / Ladell, K. / Lissina, A. / Brown, P.E. / ...著者: Man, S. / Redman, J.E. / Cross, D.L. / Cole, D.K. / Can, I. / Davies, B. / Hashimdeen, S.S. / Reid, R. / Llewellyn-Lacey, S. / Miners, K.L. / Ladell, K. / Lissina, A. / Brown, P.E. / Wooldridge, L. / Price, D.A. / Rizkallah, P.J.
履歴
登録2020年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年9月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: LEU-LEU-GLY-TRP-VAL-PHE-ALA-GLN-VAL
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: LEU-LEU-GLY-TRP-VAL-PHE-ALA-GLN-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5326
ポリマ－89,5326
非ポリマー00
水1,65792
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: LEU-LEU-GLY-TRP-VAL-PHE-ALA-GLN-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7663
ポリマ－44,7663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: LEU-LEU-GLY-TRP-VAL-PHE-ALA-GLN-VAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7663
ポリマ－44,7663
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.725, 69.208, 88.617
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYGLUGLUAA1 - 2751 - 275
21GLYGLYGLUGLUDD1 - 2751 - 275
12METMETMETMETBB0 - 991 - 100
22METMETMETMETEE0 - 991 - 100

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U5YJM1
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド LEU-LEU-GLY-TRP-VAL-PHE-ALA-GLN-VAL


分子量: 1032.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.87 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: PACT premier screen, condition D02: 0.1M MMT buffer, 25% PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.649
11-h,-k,l20.351
反射解像度: 2.7→29.94 Å / Num. obs: 19779 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.212 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.23 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.7-2.777.51.39257727680.6250.5431.4961.499.9
12.08-29.855.40.0637671420.9970.0280.06917.794.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.67 Å29.86 Å
Translation4.67 Å29.86 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EUL

5eul


解像度: 2.7→29.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 18.806 / SU ML: 0.213 / SU R Cruickshank DPI: 0.0736 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.096
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2806 971 4.9 %RANDOM
Rwork0.1997 ---
obs0.2036 18791 98.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.57 Å2 / Biso mean: 42.764 Å2 / Biso min: 16.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.65 Å20 Å2-4.05 Å2
2---1.89 Å2-0 Å2
3----10.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6316 0 0 92 6408
Biso mean---30.24 -
残基数----768
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0136502
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0175664
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5371.6548826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1941.58113120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.8965762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.78921.33406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.119151054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7321556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.027394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021534
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A84920.12
12D84920.12
21B29200.11
22E29200.11
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 69 -
Rwork0.223 1397 -
all-1466 -
obs--99.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5166-0.50210.03721.4709-0.4313.2034-0.0563-0.14810.0237-0.00520.04860.1560.2111-0.23770.00760.0298-0.0279-0.00360.04330.00420.0352-3.8633-39.295649.8426
22.12031.9921-0.66734.4543-0.53521.64760.02670.06640.33620.1108-0.0371-0.1382-0.3334-0.19010.01040.07820.0374-0.04170.1452-0.02710.158526.3605-22.865740.541
33.5256-0.38220.50062.0467-0.39282.3490.04190.1756-0.1979-0.148-0.0339-0.06520.18260.1743-0.0080.1142-0.0374-0.02960.05990.00230.03115.8154-40.117530.7044
42.2920.0839-0.61661.423-0.09433.6578-0.04460.05570.032-0.04410.00320.1449-0.2459-0.10330.04140.05180.0224-0.04370.0213-0.02050.0553-3.9739-9.7374-5.5456
52.6146-1.4059-1.08213.37430.82251.7707-0.1463-0.0338-0.5752-0.2581-0.1671-0.27610.3428-0.2250.31350.1282-0.0360.13910.1796-0.00660.282126.3109-26.1663.5574
64.0640.6035-0.63761.20550.20721.7414-0.005-0.10840.10080.1430.0079-0.0601-0.16940.1286-0.00280.10460.0369-0.02990.052-0.01120.018515.6788-8.963213.617
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C0 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D0 - 180
6X-RAY DIFFRACTION4F0 - 9
7X-RAY DIFFRACTION5D181 - 276
8X-RAY DIFFRACTION6E0 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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