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- PDB-6z9v: Human Class I Major Histocompatibility Complex, A02 allele, prese... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z9v
タイトルHuman Class I Major Histocompatibility Complex, A02 allele, presenting IIGWMWIPV
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • ILE-ILE-GLY-TRP-MET-TRP-ILE-PRO-VAL
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC I
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent ...negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Man, S. / Redman, J.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust509517 英国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2021
タイトル: Synthetic Peptides with Inadvertent Chemical Modifications Can Activate Potentially Autoreactive T Cells.
著者: Man, S. / Redman, J.E. / Cross, D.L. / Cole, D.K. / Can, I. / Davies, B. / Hashimdeen, S.S. / Reid, R. / Llewellyn-Lacey, S. / Miners, K.L. / Ladell, K. / Lissina, A. / Brown, P.E. / ...著者: Man, S. / Redman, J.E. / Cross, D.L. / Cole, D.K. / Can, I. / Davies, B. / Hashimdeen, S.S. / Reid, R. / Llewellyn-Lacey, S. / Miners, K.L. / Ladell, K. / Lissina, A. / Brown, P.E. / Wooldridge, L. / Price, D.A. / Rizkallah, P.J.
履歴
登録2020年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年9月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: ILE-ILE-GLY-TRP-MET-TRP-ILE-PRO-VAL
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: ILE-ILE-GLY-TRP-MET-TRP-ILE-PRO-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,20631
ポリマ－89,8906
非ポリマー2,31525
水8,845491
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: ILE-ILE-GLY-TRP-MET-TRP-ILE-PRO-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,82114
ポリマ－44,9453
非ポリマー87611
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6310 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: ILE-ILE-GLY-TRP-MET-TRP-ILE-PRO-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,38517
ポリマ－44,9453
非ポリマー1,44014
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8170 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.190, 85.190, 232.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B8RNS7
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド ILE-ILE-GLY-TRP-MET-TRP-ILE-PRO-VAL


分子量: 1114.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 8種, 516分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル


分子量: 162.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O3
#9: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#10: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.61 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PACT premier screen, condition G06: 0.2M Na Formate, 0.1M Bis-Tris Propane, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→73.78 Å / Num. obs: 64808 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 723829
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.01-2.0611.51.7555438847460.6050.5411.8381.5100
8.99-73.789.90.032798180710.010.03351.799.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.85 Å73.78 Å
Translation4.85 Å73.78 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EUL

5eul


解像度: 2.01→73.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 9.634 / SU ML: 0.129 / SU R Cruickshank DPI: 0.1659 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.15
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2164 3287 5.1 %RANDOM
Rwork0.1758 ---
obs0.1778 61437 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.12 Å2 / Biso mean: 35.743 Å2 / Biso min: 17.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.84 Å2-0.42 Å20 Å2
2---0.84 Å2-0 Å2
3---2.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→73.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6340 0 145 491 6976
Biso mean--68.18 43.25 -
残基数----770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0136752
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7941.6599140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.391.58813757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1675786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.08421.214412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.943151074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9041558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2813
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.027583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021571
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.062 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 245 -
Rwork0.284 4489 -
all-4734 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9057-0.49060.00134.15240.42750.8907-0.0484-0.1857-0.07520.26180.0241-0.00910.0759-0.06570.02430.0278-0.03080.00060.1370.00980.0042-13.180730.199820.0534
26.05292.1136-0.06462.3818-0.55791.63750.0198-0.0174-0.14150.0308-0.0223-0.1663-0.10030.27550.00250.0584-0.0015-0.00670.1101-0.01380.014221.719322.556315.0901
33.0125-1.4542-1.06473.29731.25563.84890.12760.30590.0734-0.3626-0.0576-0.13080.0320.1326-0.07010.0689-0.014-0.00520.14430.03150.02255.954329.68140.3323
40.9932-0.6579-0.49021.7871.41872.5073-0.0836-0.081-0.010.1450.0664-0.05390.06560.20930.01720.0389-0.0446-0.00180.1375-0.00150.006248.624443.842628.0346
57.2011.13222.20721.22240.27842.02710.1235-0.5742-0.08620.04030.03520.22560.0424-0.5514-0.15870.1071-0.0398-0.00440.23380.03140.114114.042553.439428.7362
62.3779-2.02540.35694.8005-0.40161.87920.05120.22810.2162-0.2693-0.10410.128-0.29950.02140.05290.1065-0.0533-0.01060.12930.01030.056730.703559.355514.333
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D1 - 180
6X-RAY DIFFRACTION4F1 - 9
7X-RAY DIFFRACTION5D181 - 276
8X-RAY DIFFRACTION6E0 - 99

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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