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- PDB-6z9h: Escherichia coli D-2-deoxyribose-5-phosphate aldolase - C47V/G204... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z9h
タイトルEscherichia coli D-2-deoxyribose-5-phosphate aldolase - C47V/G204A/S239D mutant
要素Deoxyribose-phosphate aldolase
キーワードLYASE / Aldolase / DERA
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / deoxyribonucleotide catabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / carbohydrate catabolic process / lyase activity / DNA damage response / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxyribose-phosphate aldolase type II / Deoxyribose-phosphate aldolase / DeoC/LacD family aldolase / DeoC/FbaB/LacD aldolase / DeoC/LacD family aldolase / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Deoxyribose-phosphate aldolase / Deoxyribose-phosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Paakkonen, J. / Hakulinen, N. / Rouvinen, J.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of Finland288677 フィンランド
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2020
タイトル: Substrate specificity of 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase (DERA) assessed by different protein engineering and machine learning methods.
著者: Voutilainen, S. / Heinonen, M. / Andberg, M. / Jokinen, E. / Maaheimo, H. / Paakkonen, J. / Hakulinen, N. / Rouvinen, J. / Lahdesmaki, H. / Kaski, S. / Rousu, J. / Penttila, M. / Koivula, A.
履歴
登録2020年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyribose-phosphate aldolase
B: Deoxyribose-phosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6086
ポリマ－57,4142
非ポリマー1944
水10,377576
1
A: Deoxyribose-phosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8153
ポリマ－28,7071
非ポリマー1082
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Deoxyribose-phosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7933
ポリマ－28,7071
非ポリマー862
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.750, 53.870, 80.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Deoxyribose-phosphate aldolase / DERA / 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase / Phosphodeoxyriboaldolase / Deoxyriboaldolase


分子量: 28706.801 Da / 分子数: 2 / 変異: C47V/G204A/S239D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: deoC, A6592_04055, A9819_24930, AJ318_04090, AML35_20375, AWE53_009755, AWF59_004780, AWG90_001355, AZZ83_003140, B9M99_13055, BHF46_08905, BIU72_19175, BIZ41_21315, BK292_12675, BK296_ ...遺伝子: deoC, A6592_04055, A9819_24930, AJ318_04090, AML35_20375, AWE53_009755, AWF59_004780, AWG90_001355, AZZ83_003140, B9M99_13055, BHF46_08905, BIU72_19175, BIZ41_21315, BK292_12675, BK296_03525, BK375_05655, BON91_08010, BvCmsC61A_04176, BvCmsHHP001_01002, BvCmsKKP061_00143, BvCmsKSP045_01273, BvCmsKSP067_04018, BvCmsKSP076_01350, BvCmsNSP047_00091, BvCmsSINP022_00140, BZL69_04490, C4M78_04295, C7B08_10715, C7B18_26170, CDC27_23655, D2188_24830, D3P01_08005, D9D31_02570, D9E34_05115, D9G48_24275, D9I87_14825, D9I88_23755, D9K54_15785, DD762_00045, DND16_14490, DNQ45_13620, DTL90_19480, DTM45_25725, DU321_02660, DXT71_19415, E0L12_12025, E5S46_05005, E5S58_22595, E5S61_04910, EC382_07685, EL79_3891, EL80_3836, ELT23_13160, ELV08_18870, ELV15_04550, ELV28_15080, EQ825_04285, EQ830_02895, ERS085386_00787, EVY14_13465, EXX13_04350, EXX23_12990, EXX53_09895, EYY34_19360, FNJ83_01355, FV438_05665, FWK02_17600, FY127_22350, HMPREF3040_02396, NCTC10090_02419, NCTC7922_05561, NCTC9117_05294, NCTC9777_00681, NCTC9969_04462, PGD_03624, SAMEA3472056_01168, SAMEA3472108_04807, SAMEA3485101_00909, SAMEA3485113_03629, SAMEA3752559_04076, SAMEA3753300_03100, UC41_15640
プラスミド: pBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: E2QLE1, UniProt: P0A6L0*PLUS, deoxyribose-phosphate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3350, magnesium formate, BIS-TRIS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9688 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9688 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→39.41 Å / Num. obs: 51138 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 1.76 % / Biso Wilson estimate: 20.14 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.72→1.78 Å / Rmerge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5131 / CC1/2: 0.503 / Rrim(I) all: 0.653

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
autoPROCデータスケーリング
Coot0.8.9モデル構築
GDAデータ収集
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KTN

1ktn


解像度: 1.72→38.35 Å / SU ML: 0.2543 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.4964 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2266 2476 4.84 %Random selection
Rwork0.1818 48654 --
obs0.184 51130 96.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→38.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3745 0 8 576 4329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00853836
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94365199
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064677
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.88062362
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.750.38161420.29642713X-RAY DIFFRACTION97.91
1.75-1.790.28671360.26212709X-RAY DIFFRACTION97.5
1.79-1.830.29491350.24262684X-RAY DIFFRACTION96.91
1.83-1.870.27751330.2282705X-RAY DIFFRACTION97.06
1.87-1.920.28151480.21832654X-RAY DIFFRACTION96.49
1.92-1.970.26261240.21532662X-RAY DIFFRACTION96.14
1.97-2.030.27131470.22082653X-RAY DIFFRACTION96.25
2.03-2.090.28741320.22042659X-RAY DIFFRACTION95.32
2.09-2.170.28241370.232685X-RAY DIFFRACTION96.45
2.17-2.250.2791510.21592672X-RAY DIFFRACTION96.25
2.25-2.360.28341300.21192708X-RAY DIFFRACTION97.06
2.36-2.480.28021460.2242677X-RAY DIFFRACTION96.02
2.48-2.640.28611330.21752664X-RAY DIFFRACTION96.38
2.64-2.840.22211070.19242728X-RAY DIFFRACTION95.71
2.84-3.120.23791460.18152711X-RAY DIFFRACTION97.31
3.12-3.580.19181430.14812745X-RAY DIFFRACTION97.93
3.58-4.510.14421420.11762789X-RAY DIFFRACTION98.59
4.51-38.350.14031440.12482836X-RAY DIFFRACTION97.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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