PDB-6z91: Copper transporter OprC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z91

タイトル

Copper transporter OprC

要素

Putative copper transport outer membrane porin OprC

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / copper transporter / TBDT / Pseudomonas aeruginosa / OprC

機能・相同性

機能・相同性情報

siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Bhamidimarri, S.P. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2021
タイトル: Acquisition of ionic copper by the bacterial outer membrane protein OprC through a novel binding site.
著者: Bhamidimarri, S.P. / Young, T.R. / Shanmugam, M. / Soderholm, S. / Basle, A. / Bumann, D. / van den Berg, B.

履歴

登録	2020年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月1日	Group: Advisory / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z91.cif.gz	609.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z91.ent.gz	422.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z91.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/6z91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/6z91	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fokSC 6fomC 6z8qC 6z8rC 6z8sC 6z8tC 6z8uC 6z8yC 6z8zC 6z99C 6z9nC 6z9yC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z8t-1 6z99-1 6z8r-2 6z9n-4 6z8t-2 6z9y-1 6z99-2 6z8s-1 6z8r-1 6z8u-2 6z8z-2 6z9y-4 6z8u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative copper transport outer membrane porin OprC

B: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

159 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative copper transport outer membrane porin OprC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	154.478, 195.030, 165.473
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Putative copper transport outer membrane porin OprC 分子量: 79363.297 Da / 分子数: 2 / 変異: C143A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: oprC, PA3790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD89
#2: 化合物	ChemComp-AG / SILVER ION 分子量: 107.868 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Choline chloride 0.1 M Tris 12-16 % w/v PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.407337 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.407337 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→165.47 Å / Num. obs: 76695 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 61.55 Å² / R_pim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 7.56
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 7519 / CC_1/2: 0.644

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18_3855	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FOK

6fok

解像度: 2.6→82.74 Å / SU ML: 0.4008 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 31.5848
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2618	7433	5.02 %
R_work	0.2219	140774	-
obs	0.2239	76648	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→82.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10148	0	6	13	10167

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0083	10410
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.078	14118
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0577	1459
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0069	1885
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.4798	1448

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.63	0.4088	217	0.3824	4504	X-RAY DIFFRACTION	96.13
2.63-2.66	0.4256	213	0.3694	4728	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.66-2.69	0.3674	256	0.3363	4726	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.69-2.73	0.3905	244	0.3269	4695	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.73-2.76	0.3549	234	0.3128	4765	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.76-2.8	0.3596	245	0.3085	4652	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.8-2.84	0.3557	278	0.3006	4655	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.84-2.88	0.3578	264	0.2951	4640	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.88-2.93	0.3366	243	0.2822	4695	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.93-2.98	0.2997	248	0.2913	4725	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.98-3.03	0.3827	213	0.292	4760	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.03-3.08	0.3803	257	0.2975	4656	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.08-3.14	0.318	262	0.2702	4688	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.14-3.21	0.325	280	0.2639	4645	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.21-3.28	0.2786	242	0.2494	4751	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.28-3.35	0.3288	251	0.2405	4696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.44	0.2659	285	0.2218	4669	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.44-3.53	0.2841	264	0.214	4638	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.53-3.63	0.2563	230	0.2173	4721	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.63-3.75	0.2571	222	0.2297	4763	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.75-3.88	0.2677	285	0.2141	4673	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.88-4.04	0.2592	276	0.2123	4666	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.04-4.22	0.2259	252	0.2145	4677	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.22-4.45	0.2632	223	0.192	4761	X-RAY DIFFRACTION	100
4.45-4.72	0.2082	255	0.1783	4677	X-RAY DIFFRACTION	100
4.72-5.09	0.1791	198	0.173	4750	X-RAY DIFFRACTION	100
5.09-5.6	0.1987	229	0.1865	4741	X-RAY DIFFRACTION	99.94
5.6-6.41	0.2276	248	0.192	4696	X-RAY DIFFRACTION	100
6.41-8.08	0.2362	284	0.1917	4657	X-RAY DIFFRACTION	100
8.08-84.01	0.2129	235	0.1974	4704	X-RAY DIFFRACTION	99.34

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 29.0381004099 Å / Origin y: -33.754867167 Å / Origin z: -41.1155157752 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.608817447359 Å²	0.0165862931977 Å²	0.0125143855913 Å²	-	0.412436968017 Å²	-0.0196023805645 Å²	-	-	0.456453094661 Å²
L	0.270650165453 °²	0.0159234760944 °²	0.3103504856 °²	-	0.340996843285 °²	0.215189845372 °²	-	-	0.591325009858 °²
S	0.0596813326674 Å °	0.0501686827103 Å °	-0.0833888928546 Å °	-0.0401941026474 Å °	-0.0167043156956 Å °	0.0319468306035 Å °	0.083706602474 Å °	0.0538620048071 Å °	-0.0503144276124 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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