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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z91 | ||||||
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タイトル | Copper transporter OprC | ||||||
![]() | Putative copper transport outer membrane porin OprC | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / copper transporter / TBDT / Pseudomonas aeruginosa / OprC | ||||||
機能・相同性 | ![]() siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bhamidimarri, S.P. / van den Berg, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Acquisition of ionic copper by the bacterial outer membrane protein OprC through a novel binding site. 著者: Bhamidimarri, S.P. / Young, T.R. / Shanmugam, M. / Soderholm, S. / Basle, A. / Bumann, D. / van den Berg, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 609.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 422.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6fokSC ![]() 6fomC ![]() 6z8qC ![]() 6z8rC ![]() 6z8sC ![]() 6z8tC ![]() 6z8uC ![]() 6z8yC ![]() 6z8zC ![]() 6z99C ![]() 6z9nC ![]() 6z9yC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 79363.297 Da / 分子数: 2 / 変異: C143A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: oprC, PA3790 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-AG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Choline chloride 0.1 M Tris 12-16 % w/v PEG 2000 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.407337 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→165.47 Å / Num. obs: 76695 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 61.55 Å2 / Rpim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 7.56 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 7519 / CC1/2: 0.644 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6FOK 解像度: 2.6→82.74 Å / SU ML: 0.4008 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 31.5848 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 72.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→82.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 29.0381004099 Å / Origin y: -33.754867167 Å / Origin z: -41.1155157752 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |