PDB-6z8y: Copper transporter OprC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z8y

タイトル

Copper transporter OprC

要素

Putative copper transport outer membrane porin OprC

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / copper transporter / TBDT / Pseudomonas aeruginosa / OprC

機能・相同性

機能・相同性情報

siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Bhamidimarri, S.P. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2021
タイトル: Acquisition of ionic copper by the bacterial outer membrane protein OprC through a novel binding site.
著者: Bhamidimarri, S.P. / Young, T.R. / Shanmugam, M. / Soderholm, S. / Basle, A. / Bumann, D. / van den Berg, B.

履歴

登録	2020年6月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z8y.cif.gz	610.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z8y.ent.gz	424.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z8y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6z8y_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z8y_full_validation.pdf.gz	466.2 KB	表示
XML形式データ	6z8y_validation.xml.gz	52.6 KB	表示
CIF形式データ	6z8y_validation.cif.gz	67.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/6z8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/6z8y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fokSC 6fomC 6z8qC 6z8rC 6z8sC 6z8tC 6z8uC 6z8zC 6z91C 6z99C 6z9nC 6z9yC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6z8s-2 6z8z-1 5nec-2 6z8s-1 6z8t-1 5nec-1 6z8t-2 6z8r-2 1xkw-d 6z8u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative copper transport outer membrane porin OprC

B: Putative copper transport outer membrane porin OprC

159 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative copper transport outer membrane porin OprC

登録者が定義した集合体
79.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative copper transport outer membrane porin OprC

登録者が定義した集合体
79.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.032, 170.742, 198.043
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Putative copper transport outer membrane porin OprC 分子量: 79363.297 Da / 分子数: 2 / 変異: C143A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: oprC, PA3790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD89
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.34 M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium citrate 12 -16 % w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.40889 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.40889 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.78→198.04 Å / Num. obs: 58146 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.66 % / B_iso Wilson estimate: 68.57 Å² / R_pim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 5.52
反射シェル	解像度: 2.78→2.83 Å / Num. unique obs: 5698 / CC_1/2: 0.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FOK

6fok

解像度: 2.78→67.03 Å / SU ML: 0.4453 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 29.2958
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2662	5469	4.96 %
R_work	0.2103	104785	-
obs	0.2131	58104	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.78→67.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10111	0	0	23	10134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0088	10373
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1158	14072
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0578	1457
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	1878
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.5462	1443

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.78-2.81	0.3689	163	0.3217	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.84	0.3489	191	0.313	3456	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.84-2.88	0.3991	169	0.3123	3508	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.88-2.92	0.3608	185	0.3009	3544	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.92-2.95	0.3658	160	0.2894	3472	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.95-2.99	0.319	141	0.2797	3518	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.99-3.04	0.3443	195	0.272	3518	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.04-3.08	0.3054	180	0.2462	3434	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.08-3.13	0.2969	179	0.2544	3496	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.13-3.18	0.3229	173	0.2545	3539	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.18-3.24	0.3491	191	0.27	3487	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.24-3.3	0.3552	172	0.2754	3485	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.3-3.36	0.3517	211	0.2747	3511	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.36-3.43	0.3187	200	0.2271	3427	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.43-3.5	0.2859	191	0.2236	3518	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.5-3.58	0.3252	197	0.217	3456	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.58-3.67	0.3235	162	0.2166	3543	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.67-3.77	0.2664	189	0.2069	3415	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.77-3.88	0.2791	188	0.2054	3524	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.88-4.01	0.2803	167	0.2086	3512	X-RAY DIFFRACTION	99.95
4.01-4.15	0.3076	242	0.2212	3431	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.15-4.32	0.2458	154	0.1949	3497	X-RAY DIFFRACTION	99.81
4.32-4.51	0.2579	183	0.1696	3547	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.52-4.75	0.2203	217	0.1573	3475	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.75-5.05	0.1924	180	0.1636	3470	X-RAY DIFFRACTION	100
5.05-5.44	0.2166	189	0.1718	3494	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.44-5.99	0.2304	160	0.1713	3534	X-RAY DIFFRACTION	100
5.99-6.85	0.2425	184	0.1806	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
6.85-8.63	0.1824	191	0.168	3481	X-RAY DIFFRACTION	99.92
8.63-67.03	0.2095	165	0.2249	3501	X-RAY DIFFRACTION	99.27

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 10.1150720773 Å / Origin y: 44.2192958894 Å / Origin z: 62.1493349337 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.449994067037 Å²	-0.0861696950527 Å²	0.00410052968726 Å²	-	0.388819248299 Å²	-0.0268603622824 Å²	-	-	0.413029015273 Å²
L	0.200531968182 °²	-0.0494940663211 °²	-0.0445538847291 °²	-	0.474920376049 °²	0.530024653445 °²	-	-	0.965053610789 °²
S	0.0687165866624 Å °	-0.0288412540763 Å °	-0.0154773582243 Å °	0.017886533217 Å °	0.0583288804613 Å °	-0.0549529975441 Å °	-0.0157489256474 Å °	0.16552485568 Å °	-0.132775761141 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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