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- PDB-6z7o: Crystal structure of Thioredoxin T from Drosophila melanogaster -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z7o
タイトルCrystal structure of Thioredoxin T from Drosophila melanogaster
要素Thioredoxin-T
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Thioredoxin-T / Drosophila melanogaster / Oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


Y chromosome / protein-disulfide reductase activity / protein folding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Freier, R. / Aragon, E. / Baginski, B. / Pluta, R. / Martin-Malpartida, P. / Torner, C. / Gonzaez, C. / Macias, M.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)IRBPostPro2.0_600404 スペイン
引用
ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Structures of the germline-specific Deadhead and thioredoxin T proteins from Drosophila melanogaster reveal unique features among thioredoxins.
著者: Freier, R. / Aragon, E. / Baginski, B. / Pluta, R. / Martin-Malpartida, P. / Ruiz, L. / Condeminas, M. / Gonzalez, C. / Macias, M.J.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Structures of the germline-specific Deadhead and Thioredoxin T proteins from Drosophila melanogaster reveal unique features among Thioredoxins
著者: Freier, R. / Aragon, E. / Baginski, B. / Pluta, R. / Martin-Malpartida, P. / Ruiz, L. / Condeminas, M. / Gonzaez, C. / Macias, M.
履歴
登録2020年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin-T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6463
ポリマ－17,5151
非ポリマー1312
水61334
1
A: Thioredoxin-T
ヘテロ分子

A: Thioredoxin-T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2936
ポリマ－35,0312
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y+1/2,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)46.090, 49.312, 54.283
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin-T / ThioredoxinT


分子量: 17515.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C-terminus from 107 to 124 (GVYTDEAADVKAVHIDGE) and 129 to 157(LTAESSESDNDNNNVNEVSAHDENAVLEH) not modeled
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: TrxT, CG3315 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IFW4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 15.0% w/v PEG 4000, 0.2 M potassium bromide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.872899 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.872899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→35.08 Å / Num. obs: 6247 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 31.19 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.219 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.233 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.32-2.395.91.24423033900.6760.5211.3541.998.4
10.42-35.086.70.062566840.9960.0240.0671598.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1683精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XWA

1xwa


解像度: 2.33→33.672 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2216 566 9.98 %
Rwork0.1917 5104 -
obs0.1947 5670 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.32 Å2 / Biso mean: 34.4913 Å2 / Biso min: 14.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.33→33.672 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数874 0 2 34 910
Biso mean--35.92 40.26 -
残基数----110
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017890
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.51203
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046141
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009154
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.947329
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.33-2.55390.30211430.2719122599
2.5539-2.92320.31431340.22951255100
2.9232-3.68220.20041420.18531270100
3.6822-33.6720.18271470.16161354100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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