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- PDB-6z6e: Crystal structure of the HK97 bacteriophage small terminase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z6e
タイトルCrystal structure of the HK97 bacteriophage small terminase
要素Terminase small subunit
キーワードVIRAL PROTEIN / genome packaging / bacteriophage / DNA binding
機能・相同性IODIDE ION / Terminase small subunit
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage HK97 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Fung, H.K.H. / Chechik, M. / Baumann, C.G. / Antson, A.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust098230 英国
Wellcome Trust095024MA 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Structural basis of DNA packaging by a ring-type ATPase from an archetypal viral system.
著者: Herman K H Fung / Shelley Grimes / Alexis Huet / Robert L Duda / Maria Chechik / Joseph Gault / Carol V Robinson / Roger W Hendrix / Paul J Jardine / James F Conway / Christoph G Baumann / Alfred A Antson /
要旨: Many essential cellular processes rely on substrate rotation or translocation by a multi-subunit, ring-type NTPase. A large number of double-stranded DNA viruses, including tailed bacteriophages and ...Many essential cellular processes rely on substrate rotation or translocation by a multi-subunit, ring-type NTPase. A large number of double-stranded DNA viruses, including tailed bacteriophages and herpes viruses, use a homomeric ring ATPase to processively translocate viral genomic DNA into procapsids during assembly. Our current understanding of viral DNA packaging comes from three archetypal bacteriophage systems: cos, pac and phi29. Detailed mechanistic understanding exists for pac and phi29, but not for cos. Here, we reconstituted in vitro a cos packaging system based on bacteriophage HK97 and provided a detailed biochemical and structural description. We used a photobleaching-based, single-molecule assay to determine the stoichiometry of the DNA-translocating ATPase large terminase. Crystal structures of the large terminase and DNA-recruiting small terminase, a first for a biochemically defined cos system, reveal mechanistic similarities between cos and pac systems. At the same time, mutational and biochemical analyses indicate a new regulatory mechanism for ATPase multimerization and coordination in the HK97 system. This work therefore establishes a framework for studying the evolutionary relationships between ATP-dependent DNA translocation machineries in double-stranded DNA viruses.
履歴
登録2020年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terminase small subunit
B: Terminase small subunit
C: Terminase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,24112
ポリマ－55,0993
非ポリマー1,1429
水6,089338
1
A: Terminase small subunit
B: Terminase small subunit
C: Terminase small subunit
ヘテロ分子

A: Terminase small subunit
B: Terminase small subunit
C: Terminase small subunit
ヘテロ分子

A: Terminase small subunit
B: Terminase small subunit
C: Terminase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,72436
ポリマ－165,2989
非ポリマー3,42627
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area27010 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area37340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.281, 123.281, 78.991
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALAA23 - 12322 - 122
21VALVALBB23 - 12322 - 122
12ASPASPAA24 - 12323 - 122
22ASPASPCC24 - 12323 - 122
13ASPASPBB24 - 12323 - 122
23ASPASPCC24 - 12323 - 122

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Terminase small subunit


分子量: 18366.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage HK97 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9MBW4
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 9% (w/v) PEG 3350, 0.1 M succinic acid, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→44.23 Å / Num. obs: 86871 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.4→1.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.707 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3870 / CC1/2: 0.525

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSOct 15, 2015データ削減
XDSOct 15, 2015データスケーリング
SHELXD2013/2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→44.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.981 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1704 4469 5.1 %RANDOM
Rwork0.1591 ---
obs0.1596 82402 98.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.35 Å2 / Biso mean: 22.026 Å2 / Biso min: 12.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å2-0.3 Å20 Å2
2---0.6 Å20 Å2
3---1.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→44.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2465 0 9 338 2812
Biso mean--30.52 33 -
残基数----307
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192516
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4431.963408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98535546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7675310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.30323.543127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.81115466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6351529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02498
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.9557
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded19.46952
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A6580
12B6580
21A6518
22C6518
31B6604
32C6604
LS精密化 シェル解像度: 1.401→1.437 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 327 -
Rwork0.323 5644 -
all-5971 -
obs--91.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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