[日本語] English
万見
- PDB-6z50: Crystal structure of CLK1 in complex with macrocycle ODS2003208 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z50
タイトルCrystal structure of CLK1 in complex with macrocycle ODS2003208
要素Dual specificity protein kinase CLK1
キーワードTRANSFERASE / kinase / kinase inhibitor / clk1 / macrocycle / nanocyclic / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


dual-specificity kinase / regulation of RNA splicing / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / protein tyrosine kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q7K / Dual specificity protein kinase CLK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Benderitter, P. / Hoflack, J. / Denis, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of CLK1 in complex with macrocycle ODS2003208
著者: Chaikuad, A. / Benderitter, P. / Hoflack, J. / Denis, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2020年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dual specificity protein kinase CLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,32422
ポリマ－39,5821
非ポリマー1,74321
水8,503472
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint32 kcal/mol
Surface area16320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.173, 69.173, 330.581
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-519-

GOL

21A-961-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dual specificity protein kinase CLK1 / CDC-like kinase 1


分子量: 39581.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLK1, CLK / プラスミド: pLIC-SGC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49759, dual-specificity kinase

-
非ポリマー , 5種, 493分子

#2: 化合物 ChemComp-Q7K / 11,15-dimethyl-6-(oxan-4-yloxy)-8-oxa-2,11,15,19,21,23-hexazatetracyclo[15.6.1.13,7.020,24]pentacosa-1(23),3(25),4,6,17,20(24),21-heptaen-10-one


分子量: 480.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H32N6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 23% PEG3350, 0.1M sodium malonate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30.65 Å / Num. obs: 63327 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.9 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/av σ(I): 6.7 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.6-1.699.20.5973.389520.2030.6320.59799.2
1.69-1.7914.70.461.785390.1220.4760.46100
1.79-1.9119.40.3362.380860.0780.3450.336100
1.91-2.0718.60.2033.775670.0480.2090.203100
2.07-2.2619.10.1345.469990.0310.1380.134100
2.26-2.5318.60.0997.263740.0230.1010.099100
2.53-2.9219.20.0749.256880.0170.0760.074100
2.92-3.5818.90.05211.948820.0120.0530.052100
3.58-5.0618.60.0431438870.010.0440.043100
5.06-30.05316.90.0491023530.0120.0510.04999.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.21データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6g33

6g33


解像度: 1.6→30.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.657 / SU ML: 0.047 / SU R Cruickshank DPI: 0.0668 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1795 3126 4.9 %RANDOM
Rwork0.1508 ---
obs0.1522 60050 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.92 Å2 / Biso mean: 22.633 Å2 / Biso min: 10.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20.19 Å20 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----1.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→30.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2735 0 120 472 3327
Biso mean--37.38 39.09 -
残基数----333
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193034
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022914
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6561.9614089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83936730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0745364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.48923.311151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.55715532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0461522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02722
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 230 -
Rwork0.241 4275 -
all-4505 -
obs--98.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5574-0.46450.62030.5888-0.51961.30950.05450.0772-0.04230.0244-0.08680.02740.06260.15830.03230.0550.01-0.00280.04570.0050.014243.57926.8561.205
20.42440.05050.21270.2438-0.14410.99590.01550.03360.06040.0128-0.04150.0178-0.00910.09470.0260.04780.01250.01290.01810.0060.011330.38843.432-15.327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A149 - 252
2X-RAY DIFFRACTION2A253 - 481

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る