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- PDB-6z4n: CRYSTAL STRUCTURE OF OASS COMPLEXED WITH UPAR INHIBITOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z4n
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF OASS COMPLEXED WITH UPAR INHIBITOR
要素Cysteine synthase A
キーワードLYASE / CYSTEIN BIOSYNTHESIS / BETA REPLACEMENT ENZYME / PLP DEPENDENT ENZYME / HOMODIMER / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine synthase / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Chem-Q7B / Cysteine synthase A
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Demitri, N. / Storici, P. / Campanini, B.
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: Investigational Studies on a Hit Compound Cyclopropane-Carboxylic Acid Derivative Targeting O -Acetylserine Sulfhydrylase as a Colistin Adjuvant.
著者: Annunziato, G. / Spadini, C. / Franko, N. / Storici, P. / Demitri, N. / Pieroni, M. / Flisi, S. / Rosati, L. / Iannarelli, M. / Marchetti, M. / Magalhaes, J. / Bettati, S. / Mozzarelli, A. / ...著者: Annunziato, G. / Spadini, C. / Franko, N. / Storici, P. / Demitri, N. / Pieroni, M. / Flisi, S. / Rosati, L. / Iannarelli, M. / Marchetti, M. / Magalhaes, J. / Bettati, S. / Mozzarelli, A. / Cabassi, C.S. / Campanini, B. / Costantino, G.
履歴
登録2020年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Cysteine synthase A
BBB: Cysteine synthase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,00813
ポリマ－69,4252
非ポリマー1,58311
水15,655869
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7120 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area23330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.261, 96.275, 140.835
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB) / NCSアンサンブル: (詳細: Chains AAA BBB)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 Cysteine synthase A / CSase A / O-acetylserine (thiol)-lyase A / OAS-TL A / O-acetylserine sulfhydrylase A


分子量: 34712.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
遺伝子: cysK, STM2430 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A1E3, cysteine synthase

-
非ポリマー , 6種, 880分子

#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-Q7B / (1~{S},2~{S})-1-[(4-methylphenyl)methyl]-2-phenyl-cyclopropane-1-carboxylic acid / (1S,2S)-2-フェニル-1-(4-メチルベンジル)シクロプロパン-1-カルボン酸


分子量: 266.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 869 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
解説: Crystals grew within 5 days at 25C as monoclinic plates of 1.1 mm x 0.4 mm x 0.1 mm dimension. The crystals were soaked for 2 hours at RT in a solution containing 1mM UPAR, 32% (w/v) PEG ...解説: Crystals grew within 5 days at 25C as monoclinic plates of 1.1 mm x 0.4 mm x 0.1 mm dimension. The crystals were soaked for 2 hours at RT in a solution containing 1mM UPAR, 32% (w/v) PEG 4000, 150mM LiSO4, 100 mM Tris pH 7.0 and 5% glycerol (as cryoprotectant agent) and subsequently flash-frozen in N2(l) to be measured.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Drops contained 1 uL of 20 mg/mL StOASS-A mixed with 1 uL of reservoir solution containing 30-31% (w/v) PEG4000, 130-180 mM Li2SO4 (Fluka), 100 mM Tris base pH = 7.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月25日
放射モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→46.648 Å / Num. obs: 214538 / % possible obs: 94.35 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 10.08 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0286 / Rpim(I) all: 0.0286 / Rrim(I) all: 0.04044 / Net I/σ(I): 10.89
反射 シェル解像度: 1.2→1.243 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5601 / Mean I/σ(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 14933 / CC1/2: 0.569 / CC star: 0.852 / Rpim(I) all: 0.5601 / Rrim(I) all: 0.7921 / % possible all: 65.85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OAS

1oas


解像度: 1.2→46.648 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.116 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.039 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1787 10659 4.968 %
Rwork0.1542 203877 -
all0.155 --
obs-214536 94.96 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 16.357 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.685 Å2-0 Å20 Å2
2--2.071 Å2-0 Å2
3----0.387 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→46.648 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4787 0 99 869 5755
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0135375
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0175302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8741.6597309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5741.58712379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2625734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.55723.077234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.585151017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.491531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2743
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other1.9310.26
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.025971
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021002
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.21060
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1790.25019
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.22561
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0840.22305
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2461
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.6090.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0740.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1730.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1160.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4571.5082708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4551.5082707
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8892.2783407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.892.2793408
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3241.7842667
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3161.7842667
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6742.5643859
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6742.5653860
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.26818.7316108
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other2.97418.4265987
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.148310677
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.10.0510107
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.2310.3185300.31410051X-RAY DIFFRACTION63.8756
1.231-1.2650.3136320.29612294X-RAY DIFFRACTION79.8098
1.265-1.3020.2686650.26813514X-RAY DIFFRACTION90.6006
1.302-1.3420.257260.23914190X-RAY DIFFRACTION97.5923
1.342-1.3860.2277440.20913949X-RAY DIFFRACTION99.6068
1.386-1.4340.2167000.19413636X-RAY DIFFRACTION99.7426
1.434-1.4880.2147300.17613074X-RAY DIFFRACTION99.7759
1.488-1.5490.1966780.16612617X-RAY DIFFRACTION99.8873
1.549-1.6180.1866070.14912180X-RAY DIFFRACTION99.8516
1.618-1.6970.1735550.13511660X-RAY DIFFRACTION99.9264
1.697-1.7890.1895970.13711044X-RAY DIFFRACTION99.9142
1.789-1.8970.1735320.12910539X-RAY DIFFRACTION99.8737
1.897-2.0280.165600.1289805X-RAY DIFFRACTION99.769
2.028-2.190.1484470.129226X-RAY DIFFRACTION99.7216
2.19-2.3990.144290.1158519X-RAY DIFFRACTION99.7992
2.399-2.6820.1454160.1067739X-RAY DIFFRACTION99.951
2.682-3.0960.1393700.126818X-RAY DIFFRACTION99.8611
3.096-3.7910.1583390.145811X-RAY DIFFRACTION99.9025
3.791-5.3550.1522520.1524569X-RAY DIFFRACTION99.855
5.355-46.6480.2871500.2752642X-RAY DIFFRACTION99.8212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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