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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 6en6 | |||||||||
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| タイトル | Crystal structure B of the Angiotensin-1 converting enzyme N-domain in complex with a diprolyl inhibitor. | |||||||||
要素 | Angiotensin-converting enzyme | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / ACE inhibitor / Angiotensin-I converting enzyme / Diprolyl inhibitor | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / exopeptidase activity / regulation of angiotensin metabolic process / substance P catabolic process / tripeptidyl-peptidase activity / peptidyl-dipeptidase A / regulation of renal output by angiotensin / negative regulation of gap junction assembly ...mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / exopeptidase activity / regulation of angiotensin metabolic process / substance P catabolic process / tripeptidyl-peptidase activity / peptidyl-dipeptidase A / regulation of renal output by angiotensin / negative regulation of gap junction assembly / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / metallodipeptidase activity / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / neutrophil mediated immunity / hormone metabolic process / mitogen-activated protein kinase binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / chloride ion binding / arachidonate secretion / post-transcriptional regulation of gene expression / peptide catabolic process / heart contraction / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / positive regulation of systemic arterial blood pressure / regulation of heart rate by cardiac conduction / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / blood vessel remodeling / amyloid-beta metabolic process / hematopoietic stem cell differentiation / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / metallocarboxypeptidase activity / blood vessel diameter maintenance / angiotensin-activated signaling pathway / kidney development / regulation of synaptic plasticity / metalloendopeptidase activity / regulation of blood pressure / male gonad development / metallopeptidase activity / peptidase activity / actin binding / spermatogenesis / endopeptidase activity / calmodulin binding / lysosome / endosome / negative regulation of gene expression / external side of plasma membrane / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Cozier, G.E. / Acharya, K.R. / Fienberg, S. / Chibale, K. / Sturrock, E.D. | |||||||||
| 資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018タイトル: The Design and Development of a Potent and Selective Novel Diprolyl Derivative That Binds to the N-Domain of Angiotensin-I Converting Enzyme. 著者: Fienberg, S. / Cozier, G.E. / Acharya, K.R. / Chibale, K. / Sturrock, E.D. | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 6en6.cif.gz | 1010.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb6en6.ent.gz | 848.9 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 6en6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 6en6_validation.pdf.gz | 5.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 6en6_full_validation.pdf.gz | 5.8 MB | 表示 | |
| XML形式データ | 6en6_validation.xml.gz | 113.4 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 6en6_validation.cif.gz | 169.7 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/6en6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/6en6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
| #1: タンパク質 | 分子量: 72606.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE, DCP, DCP1発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P12821, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素, peptidyl-dipeptidase A |
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-糖 , 6種, 12分子 
| #2: 多糖 | | #3: 多糖 | #4: 多糖 | #5: 多糖 | #6: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #18: 糖 | ChemComp-NAG / | |
|---|
-非ポリマー , 12種, 2433分子 






















| #7: 化合物 | ChemComp-ZN / #8: 化合物 | ChemComp-BJ2 / ( #9: 化合物 | ChemComp-CL / #10: 化合物 | ChemComp-MG / #11: 化合物 | ChemComp-PEG / #12: 化合物 | ChemComp-EDO / #13: 化合物 | ChemComp-ACT / #14: 化合物 | ChemComp-PGE / #15: 化合物 | ChemComp-BCN / | #16: 化合物 | ChemComp-2PE / | #17: 化合物 | #19: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
| Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.39 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.06 M DIVALENT CATIONS, 0.1 M TRIS/BICINE PH 8.5, 30 % PEG550MME/PEG20000 |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å |
| 検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月17日 |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 0.9282 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 1.8→101.89 Å / Num. obs: 305646 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 7.2 |
| 反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC1/2: 0.956 / % possible all: 95.9 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: 3NXQ 解像度: 1.8→79.698 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.57
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→79.698 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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ムービー
コントローラー
万見について




Homo sapiens (ヒト)
X線回折
英国, 1件
引用











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