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- PDB-6z4a: Structure of the human SAS-6 N-terminal domain, F131E mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z4a
タイトルStructure of the human SAS-6 N-terminal domain, F131E mutant
要素Spindle assembly abnormal protein 6 homolog
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / centrosome / centriole / cartwheel / alpha/beta protein
機能・相同性
機能・相同性情報


deuterosome / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / positive regulation of spindle assembly / centriole replication / centrosome duplication / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of mitotic spindle organization / centriole / centrosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SAS-6 coiled-coil domain / Sas6/XLF/XRCC4 coiled-coil domain / Spindle assembly abnormal protein 6, N-terminal / SAS-6, N-terminal domain superfamily / Centriolar protein SAS N-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Spindle assembly abnormal protein 6 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Busch, J.M.C. / Vakonakis, I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N009274/1 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Identification of compounds that bind the centriolar protein SAS-6 and inhibit its oligomerization.
著者: Busch, J.M.C. / Matsoukas, M.T. / Musgaard, M. / Spyroulias, G.A. / Biggin, P.C. / Vakonakis, I.
履歴
登録2020年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8382
ポリマ－17,7461
非ポリマー921
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area9120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.590, 65.130, 38.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Spindle assembly abnormal protein 6 homolog / HsSAS-6


分子量: 17745.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SASS6, SAS6 / プラスミド: pFLOAT2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6UVJ0
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES 30% w/v PEG 6000 Cryoprotected by addition of 20% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→21.98 Å / Num. obs: 26380 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 22.64 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.46→1.49 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 1.118 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1273 / CC1/2: 0.566 / Rpim(I) all: 0.526 / Rrim(I) all: 1.238 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y3V

2y3v


解像度: 1.46→21.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.076 / SU Rfree Blow DPI: 0.08 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.078
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1247 4.73 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.201 26340 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3263 Å20 Å20 Å2
2---1.4837 Å20 Å2
3----0.8426 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.46→21.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1219 0 6 93 1318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092569HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.14678HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d578SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes418HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2569HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.75
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.12
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion167SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2721SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.47 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3472 -4.93 %
Rwork0.2935 501 -
all0.2961 527 -
obs--99.62 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.967 Å / Origin y: 74.0722 Å / Origin z: 13.6684 Å
111213212223313233
T-0.0097 Å2-0.0012 Å2-0.0017 Å2--0.0213 Å20.0132 Å2---0.012 Å2
L1.2382 °2-0.0377 °20.3993 °2-0.2747 °2-0.1295 °2--0 °2
S0.008 Å °0.033 Å °-0.0302 Å °-0.0068 Å °-0.0075 Å °0.028 Å °0.0001 Å °0.0161 Å °-0.0005 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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