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- PDB-5dmp: Structure of the Archaeal NHEJ Phosphoesterase from Methanocella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dmp
タイトルStructure of the Archaeal NHEJ Phosphoesterase from Methanocella paludicola.
要素Uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE / Archaeal Proteins / Biocatalysis / DNA Repair Enzymes / Phosphoric Diester Hydrolases / Phosphoric Monoester Hydrolases
機能・相同性DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain / DNA polymerase Ligase (LigD) / oxido(dioxo)vanadium / DNA ligase D 3'-phosphoesterase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Methanocella paludicola (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.793 Å
データ登録者Brissett, N.C. / Bartlett, E.J. / Doherty, A.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council(BB/J018643/1) 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Molecular basis for DNA strand displacement by NHEJ repair polymerases.
著者: Bartlett, E.J. / Brissett, N.C. / Plocinski, P. / Carlberg, T. / Doherty, A.J.
履歴
登録2015年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,62110
ポリマ－19,0631
非ポリマー5589
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area9240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.070, 57.070, 105.041
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 19062.793 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-198 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanocella paludicola (古細菌) / 遺伝子: MCP_2127 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D1Z0H7
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-VN4 / oxido(dioxo)vanadium


分子量: 98.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.52 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 200 mM magnesium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.793→49.424 Å / Num. all: 18976 / Num. obs: 18976 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5 % / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.056 / Rsym value: 0.05 / Net I/av σ(I): 8.17 / Net I/σ(I): 16.4 / Num. measured all: 95174
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.79-1.894.90.451.71360027590.2240.453.299.9
1.89-25.10.2552.91328525970.1240.2555.7100
2-2.145.20.1445.21290124720.070.1449.4100
2.14-2.315.20.098.11185122860.0440.0913.7100
2.31-2.545.20.0759.11105721420.0360.07517.8100
2.54-2.845.10.04913.2991919310.0240.04922.7100
2.84-3.2750.03516.3855517070.0170.03528100
3.27-4.014.80.04412.9713514730.0220.04433.699.6
4.01-5.674.30.03418463510790.0180.03433.993.9
5.67-44.7214.20.02229.322365300.0120.02231.376.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 32.66 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å44.72 Å
Translation2.5 Å44.72 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3n9b

3n9b


解像度: 1.793→49.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / WRfactor Rfree: 0.215 / WRfactor Rwork: 0.1838 / FOM work R set: 0.8475 / SU B: 2.571 / SU ML: 0.079 / SU R Cruickshank DPI: 0.1092 / SU Rfree: 0.1057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2045 974 5.1 %RANDOM
Rwork0.1744 ---
obs0.1759 17965 98.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.83 Å2 / Biso mean: 37.484 Å2 / Biso min: 21.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20.19 Å20 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----1.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.793→49.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1341 0 33 90 1464
Biso mean--58.89 48.79 -
残基数----168
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0191362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.071.9851817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.1615167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.26223.57156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.83215239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.018158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0211012
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6633.525671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0535.252837
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0993.859691
LS精密化 シェル解像度: 1.793→1.84 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 74 -
Rwork0.253 1345 -
all-1419 -
obs--99.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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