+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6z3k | |||||||||
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Title | Structure of protective antibody 38-1-10A Fab | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / EV71 / antibody 38-3-11A / antibody 38-1-10A / EV71-Fab complex | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | |||||||||
Authors | Zhou, D. / Fry, E.E. / Ren, J. / Stuart, D.I. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2020 Title: Structural and functional analysis of protective antibodies targeting the threefold plateau of enterovirus 71. Authors: Kuan-Ying A Huang / Daming Zhou / Elizabeth E Fry / Abhay Kotecha / Peng-Nien Huang / Shu-Li Yang / Kuo-Chien Tsao / Yhu-Chering Huang / Tzou-Yien Lin / Jingshan Ren / David I Stuart / Abstract: Enterovirus 71 (EV71)-neutralizing antibodies correlate with protection and have potential as therapeutic agents. We isolate and characterize a panel of plasmablast-derived monoclonal antibodies from ...Enterovirus 71 (EV71)-neutralizing antibodies correlate with protection and have potential as therapeutic agents. We isolate and characterize a panel of plasmablast-derived monoclonal antibodies from an infected child whose antibody response focuses on the plateau epitope near the icosahedral 3-fold axes. Eight of a total of 19 antibodies target this epitope and three of these potently neutralize the virus. Representative neutralizing antibodies 38-1-10A and 38-3-11A both confer effective protection against lethal EV71 challenge in hSCARB2-transgenic mice. The cryo-electron microscopy structures of the EV71 virion in complex with Fab fragments of these potent and protective antibodies reveal the details of a conserved epitope formed by residues in the BC and HI loops of VP2 and the BC and HI loops of VP3 spanning the region around the 3-fold axis. Remarkably, the two antibodies interact with the epitope in quite distinct ways. These plateau-binding antibodies provide templates for promising candidate therapeutics. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
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PDB format | pdb6z3k.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6z3k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
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Full document | 6z3k_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 6z3k_validation.xml.gz | 128.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6z3k_validation.cif.gz | 179.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z3k | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6z3pC 6z3qC 3dggS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Antibody | Mass: 25188.305 Da / Num. of mol.: 9 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23770.490 Da / Num. of mol.: 9 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 Details: 20% (v/v) PEG 6000, 0.1 M citrate, pH 4.0, 1 M lithium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9763 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: May 17, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→67.5 Å / Num. obs: 124934 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 53.8 % / Biso Wilson estimate: 53.53 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.37 / Net I/σ(I): 16.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 6090 / CC1/2: 0.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3DGG Resolution: 2.7→65.52 Å / SU ML: 0.3588 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.3206 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 65.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→65.52 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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