[日本語] English
万見
- PDB-6z32: Human cation-independent mannose 6-phosphate/IGF2 receptor domain... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z32
タイトルHuman cation-independent mannose 6-phosphate/IGF2 receptor domains 7-11
要素Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Cation-independent mannose 6-phosphate receptor / Insulin-like growth factor 2 receptor / Mannose 6-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / clathrin coat / retromer complex binding / response to tetrachloromethane / insulin-like growth factor receptor activity / insulin-like growth factor binding / insulin-like growth factor II binding / trans-Golgi network transport vesicle / positive regulation by host of viral process / retinoic acid binding ...Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / clathrin coat / retromer complex binding / response to tetrachloromethane / insulin-like growth factor receptor activity / insulin-like growth factor binding / insulin-like growth factor II binding / trans-Golgi network transport vesicle / positive regulation by host of viral process / retinoic acid binding / lysosomal transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / nuclear envelope lumen / D-mannose binding / endocytic vesicle / G-protein alpha-subunit binding / animal organ regeneration / response to retinoic acid / transport vesicle / receptor-mediated endocytosis / post-embryonic development / secretory granule membrane / trans-Golgi network membrane / liver development / phosphoprotein binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / trans-Golgi network / late endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / spermatogenesis / early endosome / endosome membrane / endosome / positive regulation of apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / MRH domain / MRH domain profile. / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. ...Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / MRH domain / MRH domain profile. / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Kringle-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.47 Å
データ登録者Bochel, A.J. / Williams, C. / McCoy, A.J. / Hoppe, H. / Winter, A.J. / Nicholls, R.D. / Harlos, K. / Jones, Y.E. / Berger, I. / Hassan, B. / Crump, M.P.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/J014400/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M009122/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L01386X/1 英国
Cancer Research UKC429/A9891 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Structure of the Human Cation-Independent Mannose 6-Phosphate/IGF2 Receptor Domains 7-11 Uncovers the Mannose 6-Phosphate Binding Site of Domain 9.
著者: Bochel, A.J. / Williams, C. / McCoy, A.J. / Hoppe, H.J. / Winter, A.J. / Nicholls, R.D. / Harlos, K. / Jones, E.Y. / Berger, I. / Hassan, A.B. / Crump, M.P.
履歴
登録2020年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
B: Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,5718
ポリマ－161,6662
非ポリマー2,9066
水00
1
A: Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,2234
ポリマ－80,8331
非ポリマー1,3903
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,3484
ポリマ－80,8331
非ポリマー1,5153
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.204, 139.204, 234.682
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 934 - 1646 / Label seq-ID: 22 - 734

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Cation-independent mannose-6-phosphate receptor / M6PR / 300 kDa mannose 6-phosphate receptor / MPR 300 / Insulin-like growth factor 2 receptor / ...M6PR / 300 kDa mannose 6-phosphate receptor / MPR 300 / Insulin-like growth factor 2 receptor / Insulin-like growth factor II receptor / IGF-II receptor / M6P/IGF2 receptor / M6P/IGF2R


分子量: 80832.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ETGQLKHHHHHHEFTTTDTDQ are vector derived / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGF2R, MPRI / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11717
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 1.6 M MgSO4, 10 mM mannose 6-phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.05811 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05811 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.47→89.72 Å / Num. obs: 30224 / % possible obs: 98.55 % / 冗長度: 14.5 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 6.03
反射 シェル解像度: 3.47→3.59 Å / 冗長度: 14.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 2944 / CC1/2: 0.127 / % possible all: 98.43

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia20.5.902データ削減
DIALS1.14データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Homology models of D7, 8, 9, 10, Crystal structure of D11 (1GP0)

1gp0


解像度: 3.47→89.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 105.945 / SU ML: 0.706 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.628 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 1493 4.9 %RANDOM
Rwork0.2607 ---
obs-30215 98.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 197.426 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.47→89.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10358 0 191 0 10549
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01310834
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179647
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.67514741
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2421.59622532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8625.1961379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.03522.451514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.22115.1831750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8111559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211961
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.74815.0895384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.73915.095383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it15.28822.6336695
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other15.28822.6336696
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.34516.0545448
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other10.34416.0545449
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other16.28623.7498047
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined25.87641726
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other25.87641727
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 18066 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.15 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.47→3.59 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4323 87 -
Rwork0.4212 2943 -
obs--98.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7235-0.74040.46262.0266-0.32670.83420.01270.14010.2854-0.0279-0.317-0.1668-0.17440.08650.30430.14040.03190.11290.0920.04080.5748175.506989.3958246.1218
20.6951-0.5342-0.01670.7613-0.02160.1551-0.0968-0.15480.23940.0504-0.0359-0.1685-0.20560.00890.13270.36580.1212-0.09170.2746-0.00090.6833170.4722100.3902223.3766
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A934 - 1646
2X-RAY DIFFRACTION2B933 - 1646

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る