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- PDB-2yhj: Clostridium perfringens Enterotoxin at 4.0 Angstrom Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yhj
タイトルClostridium perfringens Enterotoxin at 4.0 Angstrom Resolution
要素HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
キーワードTOXIN / PORE-FORMING TOXIN / FOOD-POISONING / ANTIBIOTIC-ASSOCIATED DIARRHOEA
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #1050 / Proaerolysin; Chain A, domain 3 - #20 / Proaerolysin; Chain A, domain 3 / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / Beta Complex / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Briggs, D.C. / Naylor, C.E. / Smedley III, J.G. / McClane, B.A. / Basak, A.K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure of the Food-Poisoning Clostridium Perfringens Enterotoxin Reveals Similarity to the Aerolysin-Like Pore-Forming Toxins
著者: Briggs, D.C. / Naylor, C.E. / Smedley III, J.G. / Lukoyanova, N. / Robertson, S. / Mcclane, B.A. / Basak, A.K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of the Clostridium Perfringens Enterotoxin.
著者: Briggs, D.C. / Smedley III, J.G. / Mcclane, B.A. / Basak, A.K.
履歴
登録2011年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月12日Group: Database references
改定 1.22014年8月13日Group: Other
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
B: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6902
ポリマ－70,6902
非ポリマー00
水00
1
A: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

A: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

A: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,0363
ポリマ－106,0363
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
Buried area5140 Å2
ΔGint-17.7 kcal/mol
Surface area37120 Å2
手法PISA
2
B: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

B: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

B: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,0363
ポリマ－106,0363
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
Buried area5130 Å2
ΔGint-16.6 kcal/mol
Surface area37390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.697, 159.697, 159.697
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.00405, -0.99991, 0.01284), (-0.99995, 0.00394, -0.00912), (0.00907, -0.01288, -0.99988)
ベクター: -39.63819, -40.20411, -40.29426)

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要素

#1: タンパク質 HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN


分子量: 35345.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)
株: NCTC 8239 / 参照: UniProt: P01558

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.3
詳細: 10 MG/ML PROTEIN IN WATER EQUILIBRATED AGAINST 2.0 M HEXANE-1,2-DIOL AND 10 MM ZNCL2 IN 50 MM CITRATE, PH 4.3 .

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.2823
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2823 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→70 Å / Num. obs: 11712 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 85.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 4→4.2 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XH6, CHAIN A

2xh6


解像度: 4→65.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8563 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7484 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: THERE IS NO ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 1-34
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2995 555 4.74 %RANDOM
Rwork0.2468 ---
obs0.2492 11707 --
原子変位パラメータBiso mean: 115.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.025 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→65.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4416 0 0 0 4416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0074504HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.036132HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1512SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes126HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes648HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4504HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.7
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion612SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4877SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 4→4.38 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3078 129 4.72 %
Rwork0.2539 2603 -
all0.2564 2732 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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