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万見
- PDB-6z2i: Crystal structure of DeNovoTIM6, a de novo designed TIM barrel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z2i
タイトルCrystal structure of DeNovoTIM6, a de novo designed TIM barrel
要素de novo designed TIM barrel DeNovoTIM6
キーワードDE NOVO PROTEIN / de novo protein design / epistasis / stability landscape / TIM barrel / (beta/alfa)8 barrel
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.901 Å
データ登録者Romero-Romero, S. / Kordes, S. / Shanmugaratnam, S. / Rodriguez-Romero, A. / Fernandez-Velasco, D.A. / Hocker, B.
資金援助 メキシコ, 2件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)254514 メキシコ
Programa de Apoyo a Proyectos de Investigacion e Innovacion Tecnologica (PAPIIT)IN220516 メキシコ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: The Stability Landscape of de novo TIM Barrels Explored by a Modular Design Approach.
著者: Romero-Romero, S. / Costas, M. / Silva Manzano, D.A. / Kordes, S. / Rojas-Ortega, E. / Tapia, C. / Guerra, Y. / Shanmugaratnam, S. / Rodriguez-Romero, A. / Baker, D. / Hocker, B. / Fernandez-Velasco, D.A.
履歴
登録2020年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: de novo designed TIM barrel DeNovoTIM6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5541
ポリマ－22,5541
非ポリマー00
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.480, 87.480, 44.263
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4

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要素

#1: タンパク質 de novo designed TIM barrel DeNovoTIM6


分子量: 22553.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: M (N-terminal) and GLEHHHHHH (C-terminal) come from the expresion vector.
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.3 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.095 M Sodium citrate pH: 5.0, 19% v/v Isopropanol, 25% w/v PEG 4000, 5% v/v Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月31日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.901→30.93 Å / Num. obs: 7620 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 73.8 Å2 / CC1/2: 0.94 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2.901→3.01 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 1.195 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 389 / CC1/2: 0.773 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Rosetta backbone model

解像度: 2.901→30.929 Å / SU ML: 0.62 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 41.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 760 10.03 %
Rwork0.3167 6821 -
obs0.3221 7581 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 183.43 Å2 / Biso mean: 89.2869 Å2 / Biso min: 24.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.901→30.929 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1175 0 0 10 1185
Biso mean---77.07 -
残基数----168
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.901-3.12430.40261500.35331356100
3.1243-3.43830.3871510.32561351100
3.4383-3.9350.3421540.2933135199
3.935-4.95440.38551500.30211377100
4.9544-100.36831550.3283138698
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.2519 Å / Origin y: 5.1599 Å / Origin z: 5.3322 Å
111213212223313233
T0.1664 Å20.0801 Å20.0059 Å2-0.4111 Å20.0735 Å2--0.304 Å2
L2.2179 °20.0148 °20.003 °2-2.4936 °20.4914 °2--1.4105 °2
S0.2682 Å °0.2293 Å °-0.2582 Å °0.0725 Å °-0.0636 Å °-0.2862 Å °0.4435 Å °-0.0132 Å °0.0829 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA6 - 185
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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