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- PDB-6z18: Crystal structure of RNA-10mer: CCGG(N4,N4-dimethyl-C)GCCGG; R32 form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z18
タイトルCrystal structure of RNA-10mer: CCGG(N4,N4-dimethyl-C)GCCGG; R32 form
要素RNA-10mer: CCGG(N4,N4-dimethyl-C)GCCGG
キーワードRNA / RNA DUPLEX 10MER / N4 / N4-dimethylcytidine
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Ruszkowski, M. / Sekula, B. / Mao, S. / Haruehanroengra, P. / Sheng, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1845486 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1715234 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Base pairing, structural and functional insights into N4-methylcytidine (m4C) and N4,N4-dimethylcytidine (m42C) modified RNA.
著者: Mao, S. / Sekula, B. / Ruszkowski, M. / Ranganathan, S.V. / Haruehanroengra, P. / Wu, Y. / Shen, F. / Sheng, J.
履歴
登録2020年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-10mer: CCGG(N4,N4-dimethyl-C)GCCGG
B: RNA-10mer: CCGG(N4,N4-dimethyl-C)GCCGG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4702
ポリマ－6,4702
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area3840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.562, 42.562, 165.919
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

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要素

#1: RNA鎖 RNA-10mer: CCGG(N4,N4-dimethyl-C)GCCGG


分子量: 3235.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.040 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.0, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride, 0.012 M Sodium chloride, and 0.080 M Potassium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月11日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→36 Å / Num. obs: 2771 / % possible obs: 85.8 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 26.95 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.81→1.99 Å / Rmerge(I) obs: 1.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 231 / CC1/2: 0.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.18.1_3865精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CCGGCGCCGG dimer

解像度: 1.81→35.98 Å / SU ML: 0.2079 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.7659
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 149 5.42 %
Rwork0.2537 2599 -
obs0.2558 2748 48.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→35.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 428 0 3 431
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.116740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005722
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4353234
LS精密化 シェル解像度: 1.81→35.98 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 149 -
Rwork0.2537 2599 -
obs--48.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.91535364467-0.1581649679041.332164015151.575563478211.278588500332.162303053410.24017658809-0.474459309726-0.4571583576990.871195658955-0.02301686371690.1871316557260.1827651238920.133830232429-0.02039318390610.588384191957-0.130342553831-0.02983820313060.386688338180.07870845572880.227362830865-3.8373058380813.747410138115.3605942691
21.59339457229-0.226249145068-1.116317572380.1251234260950.7045958606124.015382767930.1096006007790.00588278504236-0.3809201298540.631826856294-0.00450617376919-0.2031287581930.53905549831-0.489940946833-0.04409527282560.757689513332-0.0431615014772-0.1291392245220.4369400449150.0400186428620.325319729684-5.8417734474613.643820497711.110098196
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )AA - B1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 10 )BC1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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