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- PDB-2rpk: Solution Structure of Domain II of the Positive Polarity CCHMVD H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rpk
タイトルSolution Structure of Domain II of the Positive Polarity CCHMVD Hammerhead Ribozyme
要素RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*UP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*C)-3')
キーワードRNA / HAMMERHEAD RIBOZYME / VIROID / CCHMVD / HEXALOOP
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, restrained energy minimization
Model type detailsminimized average
データ登録者Gallego, J. / Dufour, D. / de la Pena, M. / Gago, S. / Flores, R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Structure-function analysis of the ribozymes of chrysanthemum chlorotic mottle viroid: a loop-loop interaction motif conserved in most natural hammerheads
著者: Dufour, D. / de la Pena, M. / Gago, S. / Flores, R. / Gallego, J.
履歴
登録2008年5月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*UP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4221
ポリマ－6,4221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 60minimized average structure of 33 converged conformers with the least restraint violation energy and total energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*UP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*C)-3')


分子量: 6421.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
2222D 1H-1H NOESY
2322D 1H-1H TOCSY
2422D 1H-1H COSY
1532D 1H-15N HSQC
2642D 1H-13C HSQC
2743D 1H,13C HMQC-NOESY
2843D (H)CCH-COSY
2942D (H)CCH-TOCSY
21043D HCP
21143D 13C-ED-1H-31P HETCOR

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7 mM RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*UP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*C)-3'), 10 mM sodium phosphate, 0.1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.7 mM RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*UP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*C)-3'), 10 mM sodium phosphate, 0.1 mM EDTA, 100% D2O100% D2O
30.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*UP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*C)-3'), 10 mM sodium phosphate, 0.1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*UP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*C)-3'), 10 mM sodium phosphate, 0.1 mM EDTA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMRNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*UP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*C)-3')1
10 mMsodium phosphate1
0.1 mMEDTA1
0.7 mMRNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*UP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*C)-3')2
10 mMsodium phosphate2
0.1 mMEDTA2
0.4 mMRNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*UP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*C)-3')[U-100% 13C; U-100% 15N]3
10 mMsodium phosphate3
0.1 mMEDTA3
0.4 mMRNA (5'-R(*GP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*UP*GP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*C)-3')[U-100% 13C; U-100% 15N]4
10 mMsodium phosphate4
0.1 mMEDTA4
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
112.46ambient 281 K
212.46ambient 296 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
TopSpin1.3Bruker Biospin解析
Sparky3.11Goddardchemical shift assignment
Sparky3.11Goddardデータ解析
Amber8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm構造決定
Amber8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm精密化
精密化手法: simulated annealing, restrained energy minimization / ソフトェア番号: 1
詳細: minimized average structure of 33 converged conformers with the least restraint violation energy and total energy
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: minimized average structure of 33 converged conformers with the least restraint violation energy and total energy
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 1 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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